前言

上期小编给大家分享了微生物多样性分析报告中的物种组成分析（Venn 图分析、群落结构组分图分析、样本聚类树与柱状图组合分析、群落Heatmap图分析）。本期小编将继续给大家分享微生物多样性-物种组成分析中其它的几个分析项：Core microbiome分析、优势物种群落结构组分图分析、单样本多级物种组成图分析以及分类学系统组成树分析。

Core microbiome分析

根据OTU在各样本中的丰度，找到在50%以上样本、60%以上样本、70%以上样本、80%以上样本、90%以上样本、所有样本中存在的core microbiome，并绘制core microbiome曲线。

在元莘生物扩增子报告中Core microbiome分析结果目录：

优势物种群落结构组分图

选取单个或者所有样品丰度最高的一些物种（属水平）绘制柱状图并显示该物种对应的门水平分类信息，反映了样本中优势物种的信息。如下图所示：横轴代表的是属水平的物种信息，纵轴代表的是相对丰度，图中每一个柱子表示一个物种，柱子颜色表示该物种门水平分类信息，同一颜色物种表示来源于同一门类。

在元莘生物扩增子报告中优势物种群落结构组分图结果目录：

单样本多级物种组成图

单样品多级物种组成图通过多个同心圆由内向外直观地展现出单个样品在域、门、纲、目、科、属等分类学水平的物种比例和分布。Krona圈图中，从内到外代表不同的分类水平，依次代表界，门，纲，目，科，属，种。其中，扇形的大小代表不同OTU注释结果的相对丰度，移动点击鼠标即可在查看当前模块的物种注释信息（右上角），左上角可以调整展示的层级数目，同时图片大小、字体大小也可以进行调整。

在元莘生物扩增子报告中单样本多级物种组成图结果目录：

分类学系统组成树

通过前面已经得到的每个OTU的丰度和对应的分类学信息，将测序得到的物种丰度信息回归至数据库的分类学系统关系树中，可以从整个分类系统上全面了解测序的环境样本中所有微生物的进化关系和丰度差异。以树状图形式表现物种的丰度情况和群落结构，反映微生物的组成情况，这种方法构建的系统树不同于利用序列碱基差异构建的系统发育树，不能反应物种间的时间进化信息。

注：图中的支点表示该处在 NCBI 数据库中有相应的 Taxonomy 记录，支点附近有该英文名称拼写。如果在图中标注分类丰度信息，会在英文后有两个数字，第一个数字表示仅仅比对至该 Taxonomy 记录的序列数目，第二个数字表示，所有包含该 Taxonomy 记录和下一级分类的序列数目。例如，在某个环境样本中，有 10 条 Moraxellaceae序列，有 5 条是 Pseudomonadaceae 序列，有 1 条属于前两者上一级分类 Pseudomonadales 的序列，则，在Pseudomonadales 后的两个数字分别为 1，16（1+10+5）。同时，第一个数字越大，则该支点的圆圈面积越大。多个样本同时作图时，可在树枝或结点处通过小型饼状图以不同颜色表示不同样本的相对丰度差异。

在元莘生物扩增子报告中单样本多级物种组成图结果目录：

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