但是，自从名为亲族争斗的刚铎内战之后，在第三纪元1432年，刚铎国王刚去世，刚铎就逐渐丧失了对南刚铎的控制，刚铎北部地区的伊西利恩的中心地带都公开支持阿尔达卡，而佩拉杰尔港和乌姆巴尔要塞开始公开支持卡斯塔米尔叛军，南刚铎被夹在刚铎王国和乌姆巴尔海盗之间，变成了冲突频繁的争议之地，但是他们选择支持卡斯塔米尔。随着在第三纪元1447年，卡斯塔米尔被击败以后，刚铎内战引起了非常可怕的后果，因为在内战中落败的卡斯塔米尔叛军占领了南刚铎以南的乌姆巴尔大海湾、下海为盗，他的儿子们带领着刚铎叛军和刚铎海军叛逃了，不仅以后他们与黑努曼诺尔人一起建立起一座反抗刚铎王国的乌姆巴尔要塞，如果说刚铎海军的叛逃是一件大事的话，那么乌姆巴尔要塞的失去则是一场灾难，那时刚铎对哈拉德人的控制也逐渐减弱了，以前的朝贡者哈拉德人开始倒戈，与乌姆巴尔结盟了，从那以后南刚铎地区开始变成了刚铎与反刚铎势力的战场。

接下来的两个世纪历史无疑是血腥的，刚铎国王阿尔德米尔在第三纪元1540年与哈拉德人的战斗中死去，仅仅在11年后，阿尔德米尔的儿子赢得了南刚铎征服者的称号，他就是埃雅尼尔二世，但是叛军很快在第三纪元1631年展开了报复行动，卡斯塔米尔的曾孙们发动了对佩拉吉尔港的攻击，他们杀害了刚铎国王马那迪尔，很快刚铎对乌姆巴尔展开了来自陆地上和海上的攻击行动，这也意味着他们完全占领了南刚铎地区。

我们不知道南刚铎地区发生过多少次战斗，不知道流了多少鲜血，但是很明显这里不是一片和平的地区，除了可怕的战事，大瘟疫袭击了刚铎王国，这场瘟疫不仅杀死了刚铎国王，而且又上百万的刚铎人因此丧命。虽然刚铎王国的实力严重削弱了，但是刚铎从未放弃过对南刚铎主权的占有，因为刚铎将足够多的军队投入到南刚铎的争夺中，刚铎位于安度因河流域的防御遭到了东边的索伦军队和盟友的打击。第三纪元1810年，泰路梅赫塔王曾一度短暂地收复南刚铎与乌姆巴尔，国王杀死恶卡斯塔米尔及其几乎所有的后裔，刚铎王国一直保持着从南刚铎到乌姆巴尔地区，但是这场胜利是短暂的，第三纪元1850年，随着东边的战车民和伊斯特林人开始对刚铎发起进攻，刚铎王国几乎所有的精力都在东部地区，南刚铎地区很快就再一次失陷，落入哈拉德人之手。后来在南刚铎地区，哈拉德人部落之间开始互相争夺和攻伐，直到后来第三纪元1944年，哈拉德人与战车民达成联盟，他们开始向东和向南攻击刚铎领土，值得注意的是刚铎并没有派重兵包围南刚铎地区，相反，在南部统帅埃雅尼尔的带领下，刚铎军队在伊西利恩以南广大地区把敌人拒之千里之外，暂时放弃南刚铎可以说是一件非常值得称道的战略性行动，随后中土南方大地进入了长期的和平警戒期间。

在和平警戒期过去后，东方的魔多势力和索伦势力开始活跃起来，刚铎不得不将其防御重心集中于东部地区，从那以后来自乌姆巴尔的海盗又开始死灰复燃，开始变得活跃起来，他们不断发起对刚铎的沿海袭击行动，他们甚至入侵刚铎王国腹地，组建了几支入侵军队。

第三纪元的第二十九世纪左右，哈拉德人基本上占领了南刚铎，南刚铎与刚铎交界的波罗斯河一带冲突不断。第三纪元2882年，哈拉德人发起了对刚铎南边防线的攻击行动。

第三纪元2885年，哈拉德人试图越过波罗斯河、大举进犯刚铎，刚铎与洛汗的联军在波罗斯河渡口击败了他们，但随军出征的洛汗王子伏尔克雷德和法斯特雷德也战死沙场。洛汗骠骑依照本族风俗安葬了他们，由于是双胞胎兄弟，他们被同葬一穴。这座兄弟墓冢高耸在波罗斯河岸边，令哈拉德人不敢逾越。但是刚铎并没有试图马上夺回南刚铎地区，他们的实力实在太有限了，他们根本无法控制除安度因河以外的任何领土，这里不断爆发刚铎与哈拉德人的战争，更像是一个战争缓冲区，不可能由另外一方长期占领并统治。

第三纪元3019年的魔戒大战爆发，南刚铎地区成为了哈拉德人组织军队和物资，并进攻刚铎领土的中转站，刚铎只能在南刚铎的边境地带组织防御，考虑到乌姆巴尔的舰队常见占据着佩拉吉尔港，刚铎王国只能有限保持战线平稳。

之后，南刚铎可能重归重联王国版图，虽然没有确切记载表明埃莱萨王收回了这块土地，但考虑到有明确记载其收回了乌姆巴尔港，以及他与伊奥梅尔王远过鲁恩内海南至遥远平原的多年征伐[2]，有理由认为他最终征服了此前一直处于争议状态的这一地区。