两晋之际有关般若学的研讨，造就了所谓的“六家七宗”。据汤用彤先生考证，六家分别为：本无、即色、识含、幻化、心无、缘会，而本无又区分为本无和本无异，正因如此，虽言六家实则有七宗。其中，文人士大夫参与学习和研讨的便有本无异、即色、识含以及心无这四宗。支道林创立了即色宗，于法开创建了识含宗，支、于二位高僧时常产生争论。
《高僧传》称，名士郗超宣述支道林的即色义，何默拥护于法开的识含义。《祐录》所记载的陆澄《法论》目录中存有《郗与开祛师书》和《郗与支法师书》，想必是郗超宣述即色义以及驳斥识含义的两篇专论。再者，陆澄《法论》目录中还有郗超《本无难问》，乃是竺法汰发难，并附郗超之答，往返回应。竺法汰乃本无异宗的代表人物，如此难与答往返回应，应当是竺法汰树立心无异义驳斥即色义，而郗超树立即色义驳斥本无异义的驳论文。
陆澄《法论》目录中存有桓玄《心无义》，系王稚远发难，桓玄作答。另有刘遗民《释心无义》。前者想必是王稚远驳斥心无义，而桓玄反驳王稚远之驳的专论，后者则应当是刘遗民树立心无义的论文。此外，支道林的《即色玄游论》是应答王洽询问即色义而创作（王洽之问现存，见于《广弘明集》），支道林的《释即色本无义》系应答王幼恭询问即色义、本无意义。至于涅粲学，争论的核心问题存有三个：究竟何为正因佛性？佛性是本有还是当有？是顿悟成佛抑或渐悟成佛？
正因佛性即为众生所具备的内在的成佛之依据。鉴于《涅架经》对于佛性正因的阐述存在差异，故而涅粲学者针对此提出了各类不同的阐释。三论宗的创始人吉藏于其《大乘玄论》里罗列了有关何为正因佛性的十一家观点。
梁武帝主张：“真神”抑或“神明”抑或“心”（即人的精神抑或灵魂）即为佛性。（参阅《弘明集·立神明成佛义记》及《广弘明集·净业赋》）《大涅粲经》传入之后，佛教学者通常皆信奉“一切众生皆有佛性”这一说法，然而众生是原本（“无始”以来）就具有佛性呢，还是将来必定成佛从而当有（始有）佛性呢？对此，《涅粲经》未给出明晰的说法，中国佛教学者的回应亦各不相同。佛性本有始有之争论，直至隋唐仍未得出定论，玄奘西行求法的目的之一便是想要化解此问题。
自竺道生创立顿悟成佛之说以来，文人士大夫中既有宣述此说之人，亦有驳斥此说之人。谢灵运阐述竺道生的顿悟之义，其文章《辩宗论》（载于《广弘明集》，现今尚存）获得竺道生的认同。当时与谢灵运反复辩论的僧俗共有六人（法昴、僧维、慧辚、法纲、慧林、王弘），辩论往复最少者有六首，最多者达十四首，足见辩论之激烈程度。（上述辩论文章均载于《广弘明集》）。
其中王弘除与谢灵运展开辩论外，还曾与竺道生进行过辩论。（见于《广弘明集·竺道生答王问》）除谢灵运主张顿悟外，宋文帝也曾阐述竺道生的顿悟之义，然而沙门僧弼等提出重大疑难，文帝辩论不过僧弼，只好言道：“若使逝者（指竺道生）可兴，岂为诸君所屈？”（见于《高僧传》）南齐隐士刘虬亦阐述顿悟成佛之义。（《祐录·无量寿经序》）主张渐悟成佛者，除与谢灵运辩论的王弘以外，还有晋末宋初撰写《明佛论》的隐士宗炳。此外，文人士大夫有关佛教的著述当中还有诸多着眼于“护法”的内容。
伴随佛教传入的印度声明论，促成了南朝声韵学中四声的发明以及诗歌格律上八病的订立，助推了唐代格律诗这一新体裁的开创。佛教禅宗对诗论的影响颇为显著，宋代严羽的《沧浪诗话》便存有以禅论诗的趋向。佛教对我国古典小说在思想结构、形象构成以及表现手法方面皆具影响。佛教对古典小说形象构成的影响，主要在于使古典小说“虚”化。
儒家的治世思想致使小说过于直白显露，而佛教思想令其变得隐晦迂回。一些极具虚幻色彩的人物和故事融入了小说，如《幽明录·赵泰》里的地狱景象，《搜神后记》中能够清洗内脏、脸孔放光的番僧佛图澄。《西游记》中的如来、观音形象是在佛教幻想的启迪下塑造而成的，猪八戒错投猪胎源自佛教轮回转世的思想。《封神演义》中哪吒的莲花化身源自佛教对莲花的尊崇，哪吒、吕岳、殷郊的多头多臂源自佛教的天神，有三只眼的想象源自佛教的法眼。《金瓶梅》中的主要人物最终都投胎转生至他处。
《西游补》里的孙悟空被鲭鱼精所迷惑，于梦幻之中踏入西施、项羽所生活的“古代”，又进入秦桧所生活的“未来”，此情形显然源自佛教的三世说、三报论。而据《西游补答问》所述，迷惑孙悟空的鲭鱼精乃是“情”的具象呈现，这实则导源于佛教有关“情魔”的宗教观念。
佛教的影响亦使人物形象趋于复杂。《西游记》中的唐僧玄奘乃是一位出家的佛教徒，然而他取经的目的却又是“祈保我王江山永固”。贾宝玉既怀有化灰化烟的空无之思想，又沉醉于现实生活；贾宝玉出家之后，还违背了佛教不拜俗人的规定，在儒家父为子纲观念的支配下，向他的“俗父”贾政“拜了四拜”。
