山东义和团运动的发展同山东巡抚的态度和对策也有关系。义和团运动期间，山东巡抚历经四任，先后是李秉衡、张汝梅、毓贤和袁世凯。

对于前三任巡抚，传教士和外国公使、领事都斥责他们为顽固派排外。事实当然不是。但从外国公使和外国教会的谴责之词中也可反映出前三任巡抚对民教矛盾不采取偏袒教民的态度。前三任巡抚的方针，可用李秉衡提出的应该“持平办理”来概括。事实上持平办理很难做到，所以就采取“调和民教”对策。即使如此，仍为外国势力所不容，通过外交军事逼使清政府撤换巡抚。

对于拳会的对策，前三任巡抚之间并无多大不同，因为制定具体政策时都同毓贤有关。毓贤先是于1889年署曹州知府，1891年得实授，1895年授兖沂曹济道，1896年补山东按察使，直至1899年3月补授了山东巡抚。这三任巡抚的主张是对拳会采取“会、匪有别”“剿抚兼施”政策。两江总督刘坤一对此亦不持什么异议。张汝梅任期时又多出了“改拳勇为乡团”的对策，企图将拳会“化”“改”在民团之内。这个措施仍然没能得到贯彻。所以后来毓贤也放弃了这一政策。总的说，前三任巡抚对拳会的对策是在一定程度上影响了清廷的决策。光绪二十五年十二月十一日颁布上谕指出：“因念会匪有别”，“严伤地方官办理此等案件，只问其为匪与否，肇衅与否，不论其会不会、教不教也。”这是有利于山东义和团运动的发展。

袁世凯任巡抚后，由于倚仗外国势力使他上任山东，你原打算通过肥城教案而向山东拳会大开杀戒；但上任半个月内，却连接遭到言官的十封折片弹劾。为此，袁世凯暂时不敢公然实施其残酷镇压政策。袁世凯与毓贤不同，毓贤只把“滋事”拳民诬为“匪徒”，而袁则不分滋事与否统视为匪类，一律剿杀。

毓贤是希望设立乡团以图改化拳会；而袁世凯则动员乡团配合官军镇压义和团。袁对义和团是集中兵力对付大股，而对分散于各地乡村的义和团，由县级地方官动员乡团配合剿击。直至庚子之战爆发后，袁世凯才转而采取残酷镇压的手段。尽管山东义和团在庚子之战爆发前未遭到严重屠杀，但由于袁采取了更为狡猾的手段，所以在袁世凯任山东巡抚仅两个月，义和团活动被迫转入直隶、山西，山东地面义和团运动在也渐趋于沉寂。