日本海上自卫队的基地有5座大型海军舰队基地、10座小型支援性基地、10座大型航空兵基地和5座直升机基地。
一、大型海军舰队基地
5座大型海军舰队基地分别是横须贺、吴、佐世保、舞鹤和大凑。
1.横须贺海军基地
横须贺海军基地位于日本本州岛神奈川县横须贺市横须贺港长浦港和本港西部周边地区内，正好处在东京市西南方65千米的东京湾入口，西临神奈川县，南、北与横须贺市和横滨市相接，是沟通东京湾与浦贺水道的咽喉。主要由长浦、本港两个港湾及吾妻岛组成，水域面积23.2平方千米，水深4.6-40米。整个港区形似人的手掌，“大拇指”直接触摸横滨市，为第四区；由吾妻岛分割成的“食指”根上，有两道防波堤(东防波堤和东北防波堤），东北防波堤将“掌心”一分为二，在外的一半是外港，也是检疫锚地；靠里的一半是内港的第三区。
日本海上自卫队横须贺基地主要由两个水面舰艇停泊区码头和一个楠浦基地潜艇停泊区码头组成，其中水面舰艇停泊区由吾妻岛分割成一南一北的长浦和吉仓两个军舰停泊区。此外，还包括大量的基地兵营、办公区等基础设施。据横须贺市地方政府的详细统计显示，日本海上自卫队在横须贺港内共建设了32处海军基础设施，这些设施的占地总面积为111万8284平方米。
横须贺基地为日本海自的指挥中枢所在地，包括自卫舰队司令部、护卫舰队司令部、潜水舰队司令部、扫雷队群司令部、横须贺地方总监部等高级作战指挥机关都部署在这座基地内，并且护卫舰队所辖第1护卫队群司令部、潜水舰队所辖第2潜水队群司令部、海自第2术科学校、舰船补给处等也部署在横须贺海军基地。
2.吴海军基地
吴海军基地位于日本九州岛广岛县吴市、濑户内海北面的吴湾，通常称为吴港。这里三面环山，一面靠海，海港深邃，风平浪静，是造船良港。
日本海自的吴海军基地包括吴市和江田岛地区的基地群，总面积达340万平方米，其中吴市的昭和地区最重要，这里部署有海自第1输送队司令部、开发指导队、第1扫雷队、第2海上训练指导队、吴基地业务群、吴卫生队、吴地方总监部、吴地方警务队、吴造船修船补给所、第4护卫队群司令部、练习舰队司令部、吴潜艇基地队、第1潜水队群司令部、潜艇教育训练队、吴潜艇基地教育队、吴潜艇资料馆、自卫队吴通信队等单位，港务区第三区部署有第101扫雷队以及各单位所辖舰艇。其中驱逐舰、潜艇泊地是位于石川岛播磨重工第二船坞旁边的系泊区，面积为48374平方米，设有供驱逐舰停泊的E栈桥（264米长）、F栈桥（480米长）、第六突堤，供潜艇停泊的S栈桥（400米长），另外像昭和码头(320米长）也可供海自舰艇停泊。在S栈桥东侧的乌小岛上还有10339平方米的系泊区(其中A栈桥通常供音响测量舰停泊）和67705平方米的训练场。支援舰艇主要停泊在中央栈桥，第101扫雷队的扫雷艇停泊在港务部第三区(面积2272平方米）。
吴市还设有大丽女弹药库（面积21467平方米）和吉浦燃料贮存所（面积318763平方米)。其中大丽女弹药库是在大丽女岛上将山腹掏空而成，弹药库设有多道厚重的铁门，并有栈桥与陆地连接；吉浦燃料贮存所是海自最大的，储油能力达11.5万吨，一度整个海自55%的油料都由这里提供。
江田岛地区设有第1术科学校、飞渡濑燃料贮存分所、切串弹药库、长滨射击场、大原训练场，另外这里还设有驻日美军秋月弹药库(面积559393平方米）。其中切串弹药库是海自最大的弹药库，面积达965376平方米，储存有各种舰用和航空弹药、火炸药、化学器材、鱼雷标靶等，并且具备完善的保管、补给、整备、制造、改造、维护、修理、监督、检查、试验、发射、回收处理等能力。
在江田岛、大小黑神岛、宫岛、阿多田岛之间以及大黑神岛、甲岛以南还专门划出了两块供海自LCAC气垫登陆艇训练的海域。
目前，吴海军基地是日本海自最大的潜艇基地、最大的航母母港、唯一的运输舰基地和大型的扫雷舰队基地之一、两大重要的常规动力潜艇基地之一、日本海自日向级轻型航母二号舰“伊势”号（DDH-182）的母港（2011年3月16日部署到吴港）。截至2014年初，吴海军基地内部署军舰总数为51艘，远超横须贺海军基地内37艘军舰的部署数量。
综合比较，无论是从基础设施建设和基地占地规模上来看，还是从军舰停泊能力和部署军舰总数量上来看，吴海军基地都当之无愧的是日本海自现役最大的基地，并且从历史的角度来看，在日本帝国海军时期中，吴海军基地就一直是日本帝国海军的指挥中心、军舰部署中心、军舰建造中心和名副其实的海军大本营。
从长远战略发展来看，吴海军基地的复活标志着日本海上自卫队性质的根本改变，今天的日本海自也正在逐步恢复往日的日本帝国海军时代元气。
3.佐世保海军基地
日本海自佐世保基地位于日本西部九州岛长崎县佐世保市佐世保湾内，它是日本西南地区最大的海军基地，规模仅次于吴海军基地和横须贺海军基地，名列第三。佐世保海军基地是重要的水面舰艇基地之一，共计部署各种水面舰艇25艘，其中包括日本海自现役最先进的金刚级和爱宕级“宙斯盾”导弹驱逐舰。与同在一座海军基地内的美国海军驻日本佐世保两栖攻击舰队基地相比，日本海自佐世保基地部署军舰规模是美国海军的近3倍。不过，日本海自承担的岛屿防守任务也更多更繁重。日本海自佐世保基地的主要作战方向有三个，分别是中国海军的北海舰队、东海舰队和朝鲜海军的西海舰队（西朝鲜湾）。
从整体布局上来看，美国海军驻日本佐世保两栖攻击舰队基地的基础设施主要分布在佐世保湾西侧一线沿岸地区内，由北至南包括赤崎町、庵崎町、横濑町等地区，而日本海自佐世保基地内的基础设施则主要分布在佐世保湾东侧一线的沿岸地区内，包括平濑地区、干尽地区等，其中，有一些日美两军共同使用的基础设施，比如干船坞、靶场等，这些共用基础设施主要分布在佐世保湾北部的平濑町、立神町地区和佐世保湾东部的针尾岛地区内，而军舰停泊码头、油库、武器弹药库、司令部办公区等核心基础设施则均是各自部队专用。
作为防守西南诸岛的海军部队大本营，日本海自佐世保基地承担着众多岛屿的防守任务，包括九州岛、对马岛、五岛列岛、冲绳群岛等以及中日之间存在激烈争议的岛屿——钓鱼岛。
4.舞鹤海军基地
日本海自舞鹤基地唯一位于日本海沿岸的一座大型海军基地，主要作战方向面向朝鲜海军的东海舰队(东朝鲜湾）和俄罗斯海军的太平洋舰队(彼得大帝湾）。因此，在日本海海域，舞鹤海军基地的存在具有非常重要的战略地位和无可替代的作用，并且随着未来几年俄罗斯海军加强对彼得大帝湾海军基地群建设的投入和军事部署力量的增加，身处彼得大帝湾正对面的舞鹤海军基地也在承担起更重要的海上防御任务。
舞鹤海军基地位于日本海南岸日本本州岛西南部京都府舞鹤市若狭湾南岸的六个地区内，占地总面积超过1000英亩。
5.大凑海军基地
日本海自大凑基地位居日本领土最北端，由一座主基地区和三座分海军基地组成，辖区范围内有津轻海峡和宗谷海峡两条非常重要的海上国际航道，同时又有与俄罗斯存在争议的北方四岛，因此大凑海军基地的存在有其不可替代的战略地位。但大凑海军基地远没配备其战略地位所要求的应有的军事部署规模，这是因为日本海自的战略重点已经转到了西南诸岛。在可以预见的未来，随着俄罗斯海军太平洋舰队的不断复苏和壮大，包括来自符拉迪沃斯托克方向彼得大帝湾内的水面舰艇舰队和来自彼得罗巴甫洛斯克方向阿瓦恰湾内的核潜艇舰队压力都会与日俱增，届时，大凑海军基地也许会有一番作为和防御措施。
二、小型支援性基地
10座小型支援性基地分别是隶属于横须贺地方队管辖下的父岛海军基地，隶属于吴港地方队管辖下的阪神海军基地、由良海军基地和佐伯海军基地，隶属于佐世保地方队管辖下的下关海军基地和胜连海军基地(冲绳海军基地），隶属于舞鹤地方队管辖下的新潟海军基地，隶属于大凑地方队管辖下的函馆海军基地、余市海军基地和稚内海军基地。
三、大型海军航空兵基地
10座大型海军航空兵基地分别是八户海军航空兵基地、厚木海军航空兵基地、岩国海军航空兵基地、鹿屋海军航空兵基地、那霸海军航空兵基地、硫黄岛海军航空兵、下总海军航空兵基地、德岛海军航空兵、小月海军航空兵基地和南鸟岛海军航空兵基地。其中厚木海军航空兵基地是日本海上自卫队航空兵部队的指挥中枢，日本海上自卫队航空集团司令部就坐落在这里，下总海军航空兵基地为日本海上自卫队航空兵教育与训练部队的指挥中枢，日本海上自卫队航空教育集团司令部坐落在这里。
上述10座海军航空兵基地中，4座为P-3C大型固定翼反潜巡逻机基地，分别是八户、厚木、鹿屋和那霸海军航空兵基地，其中有2座是美日两国海军共同使用的超大型海军航空兵机场，分别是岩国海军航空兵基地和厚木海军航空兵基地。需要强调的是，厚木海军航空兵基地目前为亚洲第一座大型航母舰载机母基地，以及亚洲范围内最大的航母舰载机基地；但从2014年开始，岩国海军航空兵基地将取代厚木成为亚洲范围内最大的海军航空兵基地，以及美国在远东地区内设置的最大海军基地。
八户、鹿屋和那霸三座海军航空兵基地的建设规模也很庞大，拥有全面的油库、弹药库等基础设施，分别于北、中、南三个位置控制着日本全部海疆的反潜任务。下总、小月和德岛海军航空兵基地为3座教育与训练基地，主要承担日本海上自卫队航空兵部队各种飞行员、机组人员的教育与培训任务，下总海军航空兵基地为P-3C大型固定翼反潜机训练基地。硫黄岛和南鸟岛海军航空兵为日本海上自卫队在太平洋深处设置的支援性基地，其中，硫黄岛海军航空兵基地为华盛顿号航母舰载机夜间飞行训练基地。
四、直升机海军航空兵基地
五座直升机海军航空兵基地分别是馆山海军航空兵基地、大村海军航空兵基地、小松岛海军航空兵基地、舞鹤海军航空兵基地和大凑海军航空兵基地。其中除小松岛海军航空兵基地外，其他四座为日本海上自卫队舰载反潜直升机部队基地。
综上所述，日本海上自卫队共拥有15座海军基地和15座海军航空兵基地，数量在亚洲地区是最多的。而在这些基地中，又以横须贺、吴、佐世保、舞鹤和大凑舰队基地，厚木、岩国2座海军航空兵基地为核心基地。近年来，日本一直在投巨资改建和扩建这7座基地，未来它们将会分别成为日本海上自卫队相应作战力量的核心基地和指挥中枢。
