蒋介石当年败逃台湾时，曾经运走大量故宫文物，后来这些文物被收在台北故宫博物院内。有些人认为既然运走那么多文物，北京故宫博物院内留下的自然不会太多了，所以有了北京故宫博物院和台北故宫博物院一个有宫无宝，一个有宝无宫的说法，其实这个说法并不准确。

11924年第二次直奉大战爆发以后，直系大将冯玉祥突然率军赶回北京，发动政变，囚禁了贿选大总统曹锟，随即黄郛在冯玉祥的支持下组建了摄政内阁。黄郛和冯玉祥早年都是革命党，参加过反清起义，对于民国成立以后溥仪还保留着皇帝尊号、并居住在紫禁城内颇为不满。于是在11月4日，黄郛内阁通过了《修正清室优待条件》，废除了溥仪的皇帝尊号，并要求其搬出紫禁城。

11月5日，京畿警卫司令鹿钟麟就前往紫禁城，逼迫清室迁出。6日，以李煜瀛等学者组成的清室善后委员会对紫禁城内保存的历代文物进行清点、整顿，改变了此前溥仪随意将宫中文物赏赐他人和宫中人员倒卖文物的弊病，避免了文物的流失，对于文物保护可以说意义极大。之后紫禁城被改为故宫博物院对普通人开放，很多文物在故宫博物院展出。

1931年九一八事变爆发以后，由于担心日本会扩大侵略范围，战火波及北京，故宫博物院决定对文物进行整理，以便必要时转运到安全之处。1933年初，随着华北局势进一步紧张，故宫理事会决定将馆藏文物运到上海。2月6日起故宫共13427箱又64包文物开始启运，陆续运抵上海。后来南京朝天宫故宫分院保存库建好以后，这些文物又陆续运到南京保存。

抗战爆发以后，考虑到南京也已经不大安全，故宫文物又被转运到四川，分开放置各地保管，直到抗战结束以后，才陆续运回。可是到了1948年秋，随着解放战争的进展，故宫理事会不得不再次考虑将文物转运到台湾的事宜。

不过由于故宫文物众多，运力不足，所以只能选择其中精品转运台湾。经过理事会的选择，第一批故宫文物320箱在1948年12月21日由中鼎轮运抵基隆。1949年1月6日，第二批故宫文物1680箱由海沪轮运往台湾。1月30日，昆仑号运输舰又装载故宫文物972箱前往台湾。

这样共计有2972箱故宫文物被运到台湾，和当初故宫文物南迁时总计13427箱又64包的文物相比，其实还不到1/4。更何况故宫还有一些文物没有南迁，这部分文物也有相当部分留在了大陆。因此实际上就文物总数来说，北京故宫共有186万件文物，台北故宫则只有70万件，数量上北京故宫占据了绝对优势。如果考虑到北京故宫后来将大批档案文献、古籍图书调拨给第一历史档案馆、国家图书馆等单位，那么这个数量差距就更大了。

而且虽然说是择其精品运往台湾，不过由于当时鉴定水平不足，运往台湾的文物中还混入了不少赝品。比如说当初运到台湾的30几件黄公望的书画中，真迹只有3件，其他就全是赝品。所以北京故宫的文物和台北故宫的文物相比，不仅数量大大超出，质量也毫不逊色。

当然了，台北故宫中的文物毕竟经过专家挑选，而且文物本身又具有稀缺性和不可替代的特点，因此台北故宫中的文物也有不少无法取代的珍品。比如说被誉为“九大镇国文物之一”毛公鼎，目前就保存在台湾，还有像目前存世最完整的一部《四库全书》也在台湾。

所以北京故宫和台北故宫的馆藏文物具有很大的互补性，只有合在一起才能真正体现其价值。