从贞观元年（627年）开始，杜如晦就帮助唐太宗进行地方行政区划的调整。杜如晦主持省并州县的同时，总体规划和领导着针对不合理行政区划进行的改革，设置十道[不断派遣使者分道巡察州县，加强中央政权对地方长吏的监察和控制力度。唐朝五品以上的官员选授，是不经过考试，直接由宰相提名后，皇帝批准的。六品以下官员的选授则是通过考试，由尚书省吏部和兵部主持铨选。贞观二年（628年）杜如晦任吏部尚书，贞观三年（629年）任尚书右仆射，仍掌管官员选拔事宜。唐太宗想征用瀛洲刺史卢祖尚入朝，也是由杜如晦负责谕旨。由此可见在贞观初年，杜如晦承担着高级官吏的选授职责。除了官员的选拔之外，杜如晦还负责官员考课工作。在职官员的考核集中于尚书省，杜如晦与房玄龄一起“掌内外官考”，选拔了一大批优秀的人才。
