1688年初，土谢图汗察珲多尔济领兵突袭札萨克图汗部，杀死了札萨克图汗沙喇、准噶尔部大汗噶尔丹的弟弟多尔济扎布。同时，他的女婿，和硕特部的罗卜藏衮布阿喇布坦也出兵牵制噶尔丹，俘虏了很多准噶尔部众。
其实，在土谢图汗动手之前，清廷已经看出准噶尔部与外喀尔喀部局势十分紧张，随时可能爆发战争。所以，康熙在1687年下半年就已经派出使者前往西藏，要求五世达赖派人去见察珲多尔济，劝他不要冲动，然而还是晚了一步，等五世达赖使者见到土谢图汗时，这场战事已经结束了。
当时清廷担心土谢图汗的军事行动会成为噶尔丹开始侵吞外喀尔喀的借口，于是康熙也派人前往准噶尔部去安抚噶尔丹，但是随着事态升级，噶尔丹的弟弟被杀，清廷的一番努力也随之付诸东流。
更何况，“五世达赖”本意并不是真心调解外喀尔喀的内部矛盾。此时五世达赖已经圆寂六年，掌权者是他的大弟子桑结嘉措。他的真正意图是希望噶尔丹吞并外喀尔喀，从而扩大自己在宗教界的影响力。
1688年五月，噶尔丹集结三万兵力东进攻打外喀尔喀，从科布多西北至克鲁伦河，横扫外喀尔喀诸部。噶尔丹大军此次出征途径区域，差不多是如今蒙古国的西部边境至东部边境，行军跨度达两千多公里。大军所到之处，其部民要么被征服，要么望风而逃。
翻越航爱山后，噶尔丹派出哨探，四处寻找土谢图汗察珲多尔济的下落。六月，土谢图汗得知噶尔丹兴兵来攻，也赶紧集结外喀尔喀右翼各部兵力匆忙应战。当土谢图汗之子噶尔丹多尔济与赛音诺颜部首领善巴，各自领兵五千前来支援察珲多尔济之时，在途中正好遇到噶尔丹的军队。一番激战过后，噶尔丹多尔济不敌，最后仅带领三百多人逃走。
之后，噶尔丹兵分两路，派七千兵力攻打察珲多尔济弟弟所在的额尔德尼昭，自己亲自带领主力部队渡过土拉河，直奔克鲁伦河，准备攻打车臣汗部首领乌默克。此时乌默克刚刚继位，尚且年幼，与他叔叔纳木扎勒一起统领着十万车臣汗部部众。
察珲多尔济弟弟得知消息后，带着家人、侍从连夜逃入了车臣汗部，其部众大多舍弃帐房、牲畜，向南逃去。噶尔丹的军队抵达额尔德尼昭后，四处找不见人，便愤怒的用一把大火，将已建成整整一百年的额尔德尼昭焚烧殆尽……
