美国疾病控制与预防中心（CDC）也未能幸免，在该机构2800名试用期雇员中，已有近一半被裁，同时约有400名雇员似乎接受了“买断”方案。这意味着该机构将失去约十分之一的员工。而疾控与预防中心的上级机构——美国卫生与公众服务部（HHS）也有超过2000名试用期员工被解雇。疾控与预防中心已推迟发布告知公众流行病形势的分析报告，并中断与医生、研究人员及世界卫生组织的沟通。原计划通过该中心健康警报网络发布的一份关于季节性流感的关键分析报告，目前已被搁置。而媒体记者提前看到的该分析报告中的一张图表显示，美国流感病例数可能已创下历史新高。
