陈九畴是明朝中期的一名官员，出生在山东曹州（也就是今天的菏泽人）。其性格洒脱，多智谋。
自从成为诸生（明清两代称已入学的生员）开始，就学习武艺。
弘治十五年（1502年），陈九畴考中进士，被任命为刑部主事。
有一次，有重犯越狱，其他人都不敢上前，陈九畴却手持长矛追赶并捕获了逃犯，因此以勇武强健而知名。
正德初年，陈九畴被派往南畿地区审录囚犯，因触怒了刘瑾，被贬为阳山知县。刘瑾倒台后，他恢复了原职。
他历任刑部郎中，后升任肃州兵备副使。
在成化和弘治年间，明朝与西北土鲁番之间多次因哈密问题多次爆发矛盾，但总体上还维持较为缓和的状况。
而到了正德时期，由于哈密内部出现矛盾，内斗严重，土鲁番趁机屡次进犯哈密。哈密作为明王朝西北地区的重要藩属国不肯坐视不管，其为了保住哈密也不得不多次派遣大臣前往经略。
正德八年，朝廷任命彭泽为山西和甘肃总督，前往经略哈密事宜。然而，彭泽由于种种原因，消极处理哈密事务。
期间，彭泽认为可以通过利诱土鲁番来解决问题。为了贿赂土鲁番，便派遣哈密总督写亦虎仙带着币二千、银酒枪前往，希望土鲁番能够归还哈密城印。
然而，土鲁番这边接受了哈密总督的银子，却没有做出明确的回应。而彭泽也直接在没有得到对方明确同意的情况下，便直接向朝廷上奏表示，事情已经摆平了。
身为肃州兵备副使的陈九畴得知此事后，愤怒地说：“彭公接受天子的命令，镇守边疆，不能亲自承担利害得失，怎能如此模棱两可！”
接着，陈九畴独自整顿军队，修缮营垒，始终像面对大敌一样。后来，果真证明了，哈密总督写亦虎仙与敌人相互勾结。
正德十年（1515年）春正月，吐鲁番速坛满速儿联合瓦刺族，发兵河西和青海，侵入赤金、苦峪及关外诸卫，杀掠甚惨，逼近嘉峪关。
次年秋九月，吐鲁番速坛满速儿以万骑从西面攻破嘉峪关，从关南进逼肃州，至黄草坝（今本市文殊乡塔湾村到冯家村一带）。
肃州参将派游击将军芮宁率千户许钊，百户张玺，吴英、陈泰、王忠、刘威等人前往御敌。
在战斗中，芮宁等英勇奋战，自朝鏖战至暮，但终因寡不敌众，芮宁中流矢死，全军陷没。
不久后，吐鲁番便采取新的策略，先是派遣斩巴思等人带着驼马，假意前来求和。同时暗中给写亦虎仙及其姻党阿剌思罕儿、失拜烟答等人写信，让他们做内应。
陈九畴知道了敌人的计划后，立马下令逮捕了阿剌思罕儿，并斩杀了斩巴思，将他们关入监狱。
通事毛监等人负责看守，但他们与犯人勾结，打算放走他们。
陈九畴察觉后，处决了毛监等人。敌人失去了内应，于是拔营逃走。
在这一过程，陈九畴明明是立下莫大的功劳的，然而兵部尚书王琼因彭泽的过失而迁怒于陈九畴，将他逮捕入狱。最后，因失拜烟答在狱中死亡，陈九畴被免去了罪名。
嘉靖皇帝即位后，陈九畴被起用为原职。
不久，他升任陕西按察使。几个月后，甘肃总兵官李隆煽动部下殴打并杀害了巡抚许铭，焚烧了他的尸体。
于是，陈九畴被提拔为右佥都御史，巡抚甘肃，负责调查许铭的案子，并诛杀了李隆及参与叛乱的首犯。
陈九畴到任后，发现额定军额七万多人，但实际存活的不到一半，而且大多是老弱病残，于是他请求朝廷允许招募新兵。朝廷同意了他的请求。
嘉靖三年（1524年），速檀满速儿再次率领两万多骑兵围攻肃州。陈九畴从甘州昼夜兼程赶到肃州，射杀敌军，使敌军大量伤亡。
随后，他又出兵击退了敌军。
那些分兵掠夺甘州的敌军，也被总兵官姜奭击败。朝廷论功行赏，陈九畴升任副都御史，并赏赐金币。
陈九畴上奏说：“土鲁番的敌人敢于入侵，是因为我们接纳他们的朝贡，纵容商贩，使他们得以探知我们的虚实。写亦虎仙的叛逆阴谋已经暴露无遗，他却通过贿赂权贵而得到宠幸，以侵犯边境的敌人身份享受朝廷的礼遇。”
“边疆大臣们因为害怕利害关系而拱手听命于他们，导致归附朝廷的番人勾结串通、里应外合。现在即使不能像汉武帝那样兴兵讨伐大宛国，也应该效仿光武帝断绝与西域的交往。”
“目前尚未归来的贡使有二百多人，应该将他们安置在两广地区；对于那些有谋反迹象的人，应该加以严惩。这样，敌人内部就没有依靠了，必定不敢再来侵犯。如果我们再继续容忍和隐忍下去，恐怕河西十五卫所将永无安宁之日。”奏章呈上后，总制杨一清采纳了他的建议。
嘉靖四年（1525年）春天，陈九畴辞官归乡。
当初，土鲁番战败逃跑后，都指挥王辅说速檀满速儿和牙木兰都死于炮火之下，陈九畴将此消息上报朝廷。
后来，这两人上表请求恢复朝贡关系，皇帝感到奇怪并产生怀疑。
而先前在京城的一些番人则散布谣言说肃州被围是因为陈九畴的激怒所致，皇帝更加相信了这些谣言。
恰逢百户王邦奇诬告杨廷和、彭泽等人时牵连到了陈九畴。吏部尚书桂萼等人想利用陈九畴来陷害彭泽，于是请求朝廷允许土鲁番恢复朝贡关系，并追究陈九畴的“激变”之罪。
大学士杨一清说事情已经预先裁决了。但嘉靖皇帝不听劝告，将陈九畴逮捕入狱。
刑部尚书胡世宁在朝廷上说：“如果让我这个掌管刑罚的人去杀忠臣，我宁愿被杀。”
于是他上疏为陈九畴申冤说：“番人狡猾多变、妄图诽谤中伤我们的大臣是想害我们的谋臣啊。他们蓄谋已久想要发动内乱。”
“一旦他们拥兵深入我国境内时，各部落约定内应响应他们，如果不是陈九畴预先奋力杀敌并近遣属夷击退他们的营帐、远交瓦剌骚扰他们的老巢使他们内顾不暇而返回的话，那么肃州这座孤城岂能保得住？”
“我认为文臣中有勇有谋、敢于忘身殉国的没有超过陈九畴的，所以番人才会深深地忌恨他并想杀了他。只是因为听了部下士兵的妄报而说速檀满速儿等人已死，那么他的罪责是难免的。”
不久后，司法部门审理此案时也认为胡世宁所言有理。
嘉靖皇帝最终听从了桂萼等人的意见将陈九畴贬谪到极边地区戍守。十年后他获得赦免并返回故乡。
