元世祖至元二十七年（1290年），西藏再次出现动乱，元朝乘机出兵西藏，在萨迦地方

元世祖至元二十七年（1290年），西藏再次出现动乱，元朝乘机出兵西藏，在萨迦地方军队的配合下，击败了挑战萨迦派权威，勾结西蒙古叛军扰乱地方的止贡政教势力，焚毁其根本道场——止贡替寺院，处死僧人万余名，此即元朝西藏历史上十分有名的“止贡之变”（vbri gung gling log）。 止贡之变的发生事出有因，它是失去原先统治地位，不甘心屈居萨迦管辖之下的止贡势力，夺回地方领袖地位的一次尝试。 当然，这种行为直接损害到萨迦的根本利益，因此也损害到元朝在西藏地方的管理体制，遭到朝廷和西藏地方的强烈反对，最后以失败而告终。 止贡派在蒙古入主西藏之前，是西藏地方最有影响的一股势力。蒙哥当政时期，在西藏地方推行诸王分封制，止贡即归蒙哥汗本人管辖，因此得到大力扶持。 而忽必烈即位后，一度失势的萨迦派再次获得在西藏地方的领导地位。萨迦派和止贡派双方一直展开激烈的争斗，在13世纪80年代演变为武力对抗。 而导火索则是止贡派杀死了萨迦派为自己扶持的座主那查扎勒瓦。 更为严重的是，他们还联络正在西部地区和元朝对抗的西北蒙古叛王。 按照藏文史书记载，至元二十二年（1285年），止贡派贡巴衮多仁钦领来了西部蒙古军9万人进藏，向萨迦发动进攻。同年焚毁了归依萨迦的甲域寺，该寺僧主桑杰藏顿遇害。并且扬言要夺取在西藏的首领地位。 止贡派对抗萨迦派政教势力的行动，反映出许多问题。首先，它是一个失去统治地位的政教势力和重新崛起的政教势力之间争夺领导权的斗争。其次，也是不同西藏佛教不同宗派，即势力强大的噶举派和颇具影响的萨迦派之间宗教领袖地位的争夺。再次，也是前藏贵族势力和后藏贵族势力之间的争夺，止贡派代表着前者，而萨迦派代表着后者。当止贡派以失败而告终后，前后藏地区的矛盾依然深刻地存在，影响到后来西藏地方历史的发展。此外，它还是元朝中央和反抗朝廷的察合台后王在西藏地方的角逐，其意义不限于西藏一隅。 （二）铁木而不花和搠思班率兵入藏 面对这一严重的地方局势，忽必烈皇帝采取了严厉的措施，在萨迦地方势力的配合下，派兵坚决予以镇压，平息了这场变乱。受命出兵平息叛乱的蒙古军统帅，即是出镇西藏的西平王奥鲁赤的儿子、镇西武靖王铁木而不花及其子搠思班。而此时担任西藏地方行政长官（萨迦本钦或者乌思藏本钦）则是阿迦仑，他是一位很有才干的地方军政领导者。藏史记载，在他担任本钦之时，“止贡派请来上部霍尔（西蒙古）的军队，向萨迦进攻。元朝皇帝忽必烈派遣了一支由铁木而不花率领的蒙古骑兵，进藏援助萨迦派，与萨迦本钦阿迦仑率领的十三万户军队配合行动，一举歼灭了上部霍尔的军队。止贡派的贡巴温布在春堆那乌玛地方被处死，上部霍尔人的王子仁钦也被俘虏，后来被正法。……当时，皇子铁木而不花和本钦阿迦仑率领的大军，先后攻占了甲尔、达、工（工布）、艾、涅、洛和工甲德乌等两洛扎三部，还袭击了门拉噶布等南部地区”。彻底平息了这场叛乱，既打破了止贡派政教势力恢复失去地位的梦想，也挫败了察合台后王插手西藏事务的阴谋。 （三）诸王出镇对西藏稳定的作用 元朝时期，在西藏地方推行其固有的诸王出镇制度，对平定地方发挥了十分巨大的作用。元朝建立初期，忽必