1928年7月7日，主政新疆的杨增新被自己的部下军务厅厅长兼交涉署署长樊耀南刺杀。 樊耀南是湖北公安人，字早襄，日本早稻田大学毕业，清朝末年被分发到新疆，任地方审判厅长兼法政学堂教员。那时，有些作官的为了避免旅途的劳累，往往假道西伯利亚从塔城进入新疆，樊耀南也走了这条路。 辛亥革命后，樊耀南回到内地，在北洋政府工作。1917年黎元洪任总统时，又分发他到新疆来，这一次他被任命为阿克苏道尹。 正当樊耀南动身前来新疆的时候，杨增新接到了自己布置在北京的坐探报告，北洋政府意图插手新疆，派樊耀南出关是了解虚实，相机赶杨下台。于是，1918年，樊到达迪化便被杨增新留下了。 还有人传说，杨增新本人在新疆是由阿克苏道尹起家的，他不愿意把北洋政府派来的阿克苏道尹放到任上去，是由于迷信的关系。 总之，樊耀南在杨增新的眼中，是个不受欢迎的人。随樊耀南来新疆的，还有个湖北人蓝肇华，这个人更引起杨增新的警惕。 樊耀南在省城坐候了许久，才被杨增新安置在迪化道尹任上。樊耀南生活十分朴素，除了不修边幅之外，其他生活习惯同杨增新很相似。在旧社会，惺惺相惜是句空话，两雄相斥却是常事。 不过，樊耀南十分谨慎。杨增新又自负，认为总能够笼络住樊耀南，甚至可以把他“改造”过来，所以彼此尚能相安达十年之久。 樊耀南并不是个如一般官吏那样，专以作官发财为目的的人，像他这样的人在当年的新疆是罕见的。 樊耀南常常说，杨增新的政策是不合理的，天山南北到处是贪官污吏，不给老百姓办一件好事。他还指责杨增新利制造仇恨来巩固地盘，这样人为地在“砌墙、挖沟”，是十分危险的。应该绝对平等，一视同仁。 当时新疆的官吏虽然也有清廉自守的，但却没有谁敢指责杨增新的政策，更没有谁讲过类似樊耀南的主张。 杨增新也知道樊耀南是个“异类”，但他认为自己能够笼络得住。 1922年，杨增新派人给樊耀南送去一万两省币，当时这笔钱值几百两黄金，不是个小数目。 杨增新说：“樊道台一个人在新疆，口里有家小，有两个大孩子在北京大学念书，负担很重，应当给他一些津贴，好让他安心工作。” 钱送到樊耀南那里后，樊感到很为难，知道这是杨用钱来收买他，考虑了许久才把这笔钱收下。此后，杨增新还派人给樊送过钱，但樊的政治主张并没改变。 后来杨增新又用官爵来羁縻樊，除了迪化道尹，又任命樊兼督署军务厅长、交涉署署长。表面上看，樊耀南除了在外交上有几次向杨表示过不同的意见外，一般是依照杨的指示办事。其实樊的内心非常不满。 1921年12月3日，驻奇台的伊犁马步两营营长宋金山、高士豪发动兵变。宋、高二人都是内地人，可他们的部下大部分是伊犁当地的锡伯族人和蒙古族人。 兵变的真实原因，杨增新没有宣布。据说同内地北洋的一些军政人员有关系；也有人说同甘肃的军阀有关系。 当时，兵变情况十分严重，但是杨增新通过宋、高部下的锡伯、蒙古族官兵，把兵变平息了，高被击毙，宋被生擒后也丢了性命。 这次奇台兵变牵连到了蓝肇华。杨增新根据情报，说蓝肇华同宋金山等有关系，准备把蓝杀掉。经过樊耀南向杨力保，最后把蓝肇华驱逐出新疆了事。 从此，杨对樊更加警惕，却不放樊走。杨认为，樊在内地政治上关系颇多，而且有奥援，如果回去同他捣乱，更加难以对付。 但是，杨不知出于什么原因，也一直没有对樊采取行动。相反，在一般人心目中，樊已经成了杨手下最红的人。 当时，杨的高级干部有政务厅长金树仁、财政厅长徐益珊、实业厅长阎毓善、教育厅长刘文龙和军务厅长樊耀南，其中只有樊兼的事最多，而且是办理对外交涉的台柱。 但是，北伐开始后，樊耀南感觉到一旦关内局势剧变，杨增新免不了要镇压异己。于是，樊又向杨试探，请求放他回内地。可杨依然不放他走，说道:“像我们这些戈壁滩上的游魂孤鬼，想回去，将来一道回去吧。” 樊耀南挣不出牢笼，而留下来又施展不开自己的抱负，对杨便由憎而恨，开始暗自计划先发制人。 1928年6月12日，杨增新得到奉军退出北京的消息，便决定根据他“认庙不认神”的一贯做法，准备于7月1日通电承认南京国民政府。 在过去的十几年内，杨增新认为内地混战，谁也没有余暇和力量干预玉门关外的事。但是这一次，他感到北洋政府彻底完了，庙搬到南京去了，他准备承认了。他还把家眷送回了内地，准备一旦在新疆支持不下去，就假道苏联去天津或大连作寓公。 樊耀南对杨增新的杀机，肇于杨增新通电前后。 杨增新虽然有离开新疆的打算，但是更有恋栈心情。特别是是他看到，一些北洋军阀如阎锡山等人归顺了南京，依然保持住旧日的地盘，这就加强了他拖下去看看的念头。 樊耀南在新疆也十年了，仇恨总是要爆发的。他认为北伐是个最好的机会。如果在这一次全国性的大变动中，他还不能在边疆有所作为或者回内地去，那么毕生抱负便将与岁月俱逝，遂于是便派人刺杀了杨增新。