面对左宗棠带领西征军从兰州出发，侵占新疆的叛军首领阿古柏做出了双管齐下的应对措施，而刺杀这事做的最为卑鄙，怪不得他的外号叫做“中亚屠夫”；在左宗棠到达离哈密还有一千二百里的酒泉时，左宗棠将西征军统帅部设立在这里，任命三十二岁的老湘营首领刘锦棠为西征军前敌总指挥，准备完善后将带领五万主力部队不日兵发哈密，在哈密休整与先锋汇合后再计划收复其它的城池。   而阿古柏的长子很快就找俄军司令订购好了一批武器，俄军可谓是坐收渔翁之利，卖粮食给左宗棠，卖武器给阿古柏，还要侵占着伊犁等周边的州县；而之所以这么爽快的卖武器给阿古柏，其实都有着更深层的意思，乌鲁木齐和玛纳斯是伊犁的屏障，守在这里就相当于守住了他们的伊犁，这是一个利益共同体，而卖粮食给左宗棠又有高额的利润，这是互不耽误的事情。   左宗棠到达酒泉后，马上就部署往新疆运粮；而在王观察运粮之前，左宗棠已经派了一位徐将军带着一个营先试运了一趟，结果很满意，沿途除了小偷小摸外，并没有受到什么骚扰！于是徐将军觉得不要派战斗部队押送，沿线很安全，请求与战斗部队一同出关去征战；但左宗棠很小心，运粮是大事，绝不能马虎大意！所以左宗棠的运粮队本身就是战斗部队，一个运粮营配备超过五百杆长枪，一百箱子弹，运粮是非常艰巨的，左宗棠得知向俄国买的五百万斤粮食只到位了一百万斤，且还向阿古柏卖了大批的武器弹药，左宗棠本以为粮食事情会制造大量的舆论，俄国会与阿古柏不和，没想到这么快就混在一起了，这对西征军的困难又加大了一些！   但左宗棠正是通过完善的后勤系统来确保粮草供应；他‌在巴里坤设立转运局，在酒泉设粮食专用局，除‌了用战斗营进行护送外，主要利用民间驼队进行运输‌：每个骆驼负重250公斤，单程需要两个月的时间才能将粮食运到巴里坤县城；运到的粮食随后通过骆驼驮运，一节一节送到前线‌。西征军除有到兰州到巴里坤专线外，还包括凉州到哈密线、包头到巴里坤、宁夏到巴里坤等多条军粮线；就这样左宗棠解决了西征军数万人的粮食问题下一步便是西征军主力出关的问题了，但阿古柏早就在各大城池加大了防线，就这样西征军开始了漫长的收复新疆之旅！