第二次雅克萨之战，清军进不去，哥萨克也出不来。雅克萨城内有沙俄哥萨克826人，火炮12门，燧发枪750杆，火绳枪100杆以及炸弹140颗，新雅克萨城更是初代新式棱堡，易守难攻；清军方面是黑龙江将军萨布素率领的2200人以及火炮21门。1686年7月7日，清军在岸上火炮和水师炮火的掩护下开始进攻，这一攻就是一个多月，面对新式城堡，清军的炮火攻坚不足的缺点充分体现了出来，随后清军采取了三次夜袭，每次清军都会在敌交叉火力的攻击下被迫撤退；7月23日托尔布津组织哥萨克出城打了一次反击战，这令清军措手不及，一战阵亡150人，但反应过来的清军随即击退了哥萨克，而后哥萨克又两次冒着大雾出击，皆被清军击退。清军开始围困，哥萨克坚守不出，9月托尔布津被炮击而亡，城内粮仓也被清军水师炮火焚毁，到了11月，城内仅剩下150多人，粮食弹药几乎耗尽，清军也因天气寒冷而减员，双方就这么咬牙坚持着。