靖康二年（1127年），金军南下，攻陷汴梁（今开封），掳走两宗北去，北宋灭亡，宋徽宗之子赵构在南京应天府（今河南商丘）正式即位，重建宋朝，是为宋高宗。在金军进逼下，他一面任用岳飞、韩世忠等抵抗金军和伪齐，一面任用汪伯彦、黄潜善、秦桧等负责对金媾和，南徙扬州、建康（南京）、杭州、越州等地，最终在绍兴八年（1138年）正式定都临安（杭州），称行在。那么南宋为什么选择定都杭州，而不是六朝古都的南京？
南宋首都应是东京汴梁，而非其他什么地方，临安是行在，其他候选城市最多也只能是行在，这在南宋初年，至少是官面上的共识，但是由于汴梁太过接近金国大军的兵峰，且几乎无险可守，这才有了驻跸何处的问题。
南宋建国初期南宋还用不着加那个“南”字，北方州郡尚存大半，两淮、荆湖、川蜀、广南基本稳定，当时宋廷在李纲、宗泽等大臣坚持下，也修复了部分地区的防御能力，京畿路集结了号称百万的义军，当时有三种主流意见建立行在：关中、襄阳、金陵，此外，宗泽在证明了自保能力后，还不断上书促请赵构还都汴梁。
结果金兵前锋南下，赵构二十万御营军聚在身边，却不管北方的警讯，全不知抵抗，放着二十万大军和公卿百官、满城百姓不要，立时自己逃过长江，在金兵追逐下连番改变驻跸所在，最终飘到了海上，金人称之为为“搜山检海”。
而在迁徙到杭州后，赵构也曾多次在主战派官员要求下，数次返回南京建都，甚至已经在南京建造行宫和太庙，并把之前建在临安的太庙降格为圣祖殿。但因为惧怕金国，赵构每次都寻找各种理由，最终返回杭州。
建炎二年（1128年）七月金太宗拒绝赵构的求和，派兵南下追击赵构，此时宗泽去世，留守开封的杜充无力抵抗，只能用决开黄河的方式阻挡金军南下。此举虽然给百姓造成灾难，却未能阻挡金军的步伐，金军转而从山东继续南下，此后金军迅速攻陷了南宋的河北河南山东之地。
建炎三年（1129年）二月听到金军已攻陷天长，逼近扬州的消息后，赵构迅速逃到平江（今苏州），在平江期间赵构跟杭州官员卫肤敏的讨论中，卫肤敏认为建康（南京）比杭州更适合做国都，并认为建康是王者之都，可以暂时去杭州躲避金军锋芒，但等金军退兵后，应该还都建康，对此赵构也表示认同。
肤敏在维扬，数为帝言扬州非驻跸地，请早幸建康，帝思其言，复召入......为今之计，莫若暂图少安于钱塘，徐诣建康。
因此虽然赵构一度去了杭州避难，但几个月后，建炎三年（1129年）五月赵构就回到建康（南京），并将当时的南京由江宁改回古名建康，作为行在所。在这期间赵构明确对手下文武百官宣称：“朕欲定居建康，不复移跸”。并任命洪皓为“大金通问使”，携金乞和，表示“愿去尊号，用正朔比于藩臣”，但金国没有理睬赵构。
同年七月，赵构听到金军打算继续南下进攻建康的消息，立刻将长江防务交给被赵构评价有“古之名将风范”的重臣杜充后，就逃往越州（今绍兴），之后又逃往明州（宁波），定海等地，又渡海逃至昌国（舟山岛）。
在这期间金军提出了搜山检海捉赵构的军事行动，攻陷建康后，金军一路南下，横扫两浙诸州县，一直攻到了浙江沿海地区，而金军主帅宗弼为了捉住赵构，就派阿里、蒲卢浑为先锋领兵四千人追袭赵构，阿里军连破宋军，逼近明州，赵构登船逃入海上。
宗弼随后率军赶到，取明州城，阿里、蒲卢浑泛海至昌国县（今浙江省舟山岛），捉获宋明州太守赵伯谔，得知宋高宗已取道温州逃往福州，旱鸭子出身的金军硬着头皮又入海追击，受到宋海上水军的阻击才退兵。
但在金军退兵，建康等地被南宋收复后，南宋朝廷就又动了定都建康之议。
绍兴四年（1134年）赵构在主战派大臣张浚的建议下，下令移跸建康，并启程前往建康，但在这一年金军和伪齐南侵，伪齐军一度攻陷楚州饮马长江，赵构听闻前方军情后，行至平江就寻找各种理由逗留不前，次年赵构就以建康的官府没有建造好为由，返回了杭州。
到了绍兴六年（1136）伪齐再度南侵，这次伪齐皇帝刘豫请求金军派兵助战侵宋，金国居然拒绝派兵，任由刘豫自己看着办，不想管伪齐的事。无奈之下，刘豫让他儿子刘麟带着手下的伪军穿着金人衣服假装成金军南侵，然后就把驻守江淮防线的南宋中兴四将之一的刘光世吓得够呛，负责江防的南宋刘光世等部被伪装成金军的刘齐伪军，吓得要不战而逃放弃江防，但被主战派大臣张浚制止，然后在张浚的督战下，宋军击败伪齐军，建康转危为安。
经过这次胜利后，主战派张浚再次敦请赵构前往建康，这次，赵构也胆气大壮，终于下决心建都建康，绍兴七年（1137）四月，赵构下令在建康建太庙，另将临安的太庙降格为圣祖殿，就在南宋定都建康即将成为定局时，南宋的江北防线又出问题了。
绍兴七年（1137年）八月，驻守江北的南宋军队原隶属刘光世所部的统制官郦琼、王世忠、靳赛等发动叛乱，杀死监军官吕祉等人，带领全军四万余人，还有江北百姓十余万人投降伪齐刘豫，史称“淮西兵变”，南宋江淮防线直接轰然倒塌，伪齐刘豫得到这一重大助力后，打算发兵南侵，但此时金国忽然废掉了伪齐政权和刘豫的皇位，使得南宋得以保全江北之地。
但这次事件导致主战派张浚失势，主张定都杭州的主和派秦桧、赵鼎上台，赵构对定都建康也产生了恐惧和怀疑，最终赵构选择灰溜溜的退回杭州。
但同时为了平息舆论压力，所以赵构在绍兴八年从建康返回杭州后，虽然实际定都杭州，但只给杭州行在所的名义，却把留都（京）名义给了建康。
南宋皇帝不敢定都南京，另外一个重要原因就是南宋始终都没能在江淮建立一个稳固的军事防线，即便是在赵构退位后，南宋在江淮的经营可以说处处漏洞，此后的金宋对峙时期，金军多次南下横扫江淮，饮马长江，赵构之后，金军饮马长江依然跟日常喝水一样容易，当然这也体现了南宋统治者的短视和鸵乌，因为古往今来南北对峙之时，一旦江南最重要的地理屏障建康（南京）失守，后面的苏杭也会在短时间内迅速沦陷。
有能力定都南京的政权必然要保证江北江淮一带的控制权，说白了，控制江淮，就有进军中原的可能性，南宋政权没有能力对长江以北有绝对的控制力，只能继续往南后撤，因为南宋皇帝和大多文武没有能力也没有北伐的意志，彼时的南京或者说江淮一带已经是宋金的战争前线了，定都南京就是定都前线万万不可能。
