马英九对赖清德提出两个告诫：一、两岸关系绝不是“两国关系”，民进党当局不要一再玩火，必须小心谨慎，才能避免肇祸；二、赖清德太天真，“台独”再务实都不可能实现，台湾真正支持“台独”的人并不多。马英九还认为，两岸关系现在危机四伏，但美中都不愿意台海开战，因为一旦动武是两败俱伤。

今年4月初，马英九率领台湾青年学子再次“登陆”，前往广东、陕西与北京，进行为期11天的参访交流。回台后的马英九在社交平台上发文建议一个多月后就要上台的赖清德，“能够遵循‘宪法’，依据‘宪法’的‘一中’架构，确认两岸不是‘两个国家’，并保证不走‘台独’道路，让两岸回到共同政治基础‘九二共识’，‘对等、尊严’展开各项交流。”他还衷心期盼，为了台湾民众的福祉，赖清德能以民为念，务实回应，如此方是台湾安全之幸，两岸人民之福。

但是，赖清德上台第一天即抛出“新两国论”并一直在各种公开场合反复强调这一“台独”论调，引发两岸紧张局势进一步升级。前不久，陆委会副主委梁文杰又在广播节目中公然抛出“两岸关系就是‘两国’关系”，引发一片挞伐。随后陆委会主委邱垂正出来表态，“两岸关系就是两岸关系”。当时，马英九就表示，陆委会主委出面灭火，是赖清德“执政”至今，第一次有大陆事务相关部门的首长，明确把两岸关系从“两国”拉回“两岸”，算是一个好的开始，只是邱垂正出来讲明显不够，解铃还须系铃人。赖清德应该公开且明确宣布，两岸关系绝对不是“两国”关系，并要求各部门同调，不要再让两岸关系出状况。

一周之后（13日），马英九再度发文提醒赖清德，陆委会灭火不够！作为始作俑者的赖应明确宣示两岸关系不是“两国”关系。他说，两岸关系现在危机四伏，民进党当局必须小心谨慎，才能避免肇祸，连累台湾与人民。

马英九指出，现在民进党当局对两岸敏感议题，毫无警觉与准备，一再扭曲与蔑视“一中宪法”，极度伤害“宪法”的崇高地位。从近来发生的事件来看，民进党当局处理两岸议题完全以意识形态出发，丝毫不顾台湾人民安危，遇到危机不仅束手无策，还祭出旅游警示吓唬民众，根本没有解决问题的能力，只让事态不断升高。

他强调，要非常严肃地提醒，民进党不要一再玩火，置“宪法”与台湾安危于不顾。马英九也“劝告”赖清德，要以台湾人民为念，把个人的意识形态与政治主张放一旁，把台湾民众的安全与福祉放最优先。

另外，马英九日前在接受马来西亚《星洲日报》专访时直言，赖清德虽常常说自己是“务实的台独工作者”，但不管怎么务实，“台独”都不可能实现，这绝对不是非常务实的事情，有时觉得赖清德有点天真。

马英九说，他非常关切当前台海局势，但不至于到担忧的地步，因不论美国或中国大陆都不至于愿意看到台海发生战争。他认为，中国大陆发展到目前阶段，已取得不错成就，相信大陆一定会珍惜。大陆在经济科技方面可说突飞猛进，中国人的智慧应该是可以想像的，越往前发展的话，大陆就会越谨慎，因成果得来不易，不要一下子遭遇到伤害，像美中关系现在也是越来越好。美国会了解有些领域不可能永远领先中国大陆，双边和平竞争对双方都有利。马英九对美国和中国大陆的关系没有那么悲观，因为双方都知道一旦动武是两败俱伤。

马英九强调，国民党和平统一立场未变。国民党主张基本上符合中国历史传统，且支持和平，反对台湾独立，这跟绝大部分的台湾人想法一致，在台湾真正支持“台独”的人并不多。

此前，马英九就表示，世界战火频仍，两岸更需要和平共兴。他提醒，“两岸如果陷入战火，将是中华民族不可承受之重，两岸的中国人有足够的智慧和平处理争端。 ”