范加尔代替罗布森执教巴塞罗那时，瓜迪奥拉一直处于伤病之中。伤病影响了瓜迪奥拉，2001年，巴萨队长瓜迪奥拉在30岁时就被迫离开巴塞罗那。 瓜迪奥拉已经与尤文图斯的主教练安切洛蒂谈好，准备加盟尤文图斯。但不久尤文图斯解雇安切洛蒂，里皮成为主教练，里皮为尤文图斯引入了新核心内德维德，否决了瓜迪奥拉。 瓜迪奥拉又与温格谈好，当年维埃拉可能转会皇马，如果维埃拉去皇马，那么温格会引入瓜迪奥拉。但当年维埃拉最后没去成皇马，瓜迪奥拉转会阿森纳也就不可能发生了。 最后，差点无地可去的瓜迪奥拉转会去了意甲布雷西亚。 效力布雷西亚一个赛季之后，瓜迪奥拉在转投罗马，在卡佩罗手下一直坐冷板凳，2003年再回到布雷西亚，之后去踢卡塔尔联赛。 2005年瓜迪奥拉加盟墨西哥球队多拉多斯，2006年瓜迪奥拉回到了西班牙获得了教练员资质。 2006年11月15日，35岁的瓜迪奥拉宣告退役。