1492年收复失地完成后，西班牙就面临着如何处理大量异教徒的难题。 特别是在伊斯兰影响颇为广泛的南部地区，西班牙国伊莎贝拉王最初没有采取极端地去伊斯兰化措施，而是同格拉纳达苏丹签订了《科尔多瓦条约》，规定居民有保留自己宗教信仰的权利，伊莎贝拉希望以此感化异教徒。 但由于当时西班牙民族主义高涨，西班牙的宗教宽容政策并没有延续太久。1502年，西班牙要求穆斯林皈依天主教。在这种大环境下，一些不愿意皈依的穆斯林不得不离开了几代人居住的西班牙，一部分愿意皈依的穆斯林在西班牙被称作“摩里斯科人”。 为了树立权威，西班牙对摩里斯科人和异教徒采取了更加严厉的制裁措施。西班牙大设宗教裁判所，迫害异教徒，大量“身在曹营心在汉”的改宗人士也因此惨遭迫害。仅仅在伊莎贝拉时期，每年大约上千人被宗教裁判所以异端的名义处死。 1567年，西班牙国王菲利普二世颁布禁令，强制同化伊斯兰教徒。根据禁令，阿拉伯语以及穆斯林的黑面纱被禁止。菲利普二世的强制同化政策激怒了摩里斯科人。他们随即拥戴格兰多纳苏丹的后裔为王，摩里斯科战争爆发。在西班牙强大的军事实力面前，摩里斯科人败下阵来。 最终，在宗教裁判所的运作下，1609年，西班牙对摩里斯科人下逐客令。就这样，大批摩里斯科人被驱逐，西班牙南部基本上完成了去伊斯兰化，西班牙完全变成了一个天主教占主导地位的国家。