康熙三十八年，康熙南巡，特地到南京钟山南麓拜谒明孝陵。在朱元璋的陵墓前，康熙皇帝三叩九拜，肯定了朱元璋的功绩，还为其立碑，盛赞：“朱元璋治隆唐宋”。他发誓赌咒要对朱元璋后裔行“三恪”之礼，敕访明后，备古三恪之数，且举元后蒙古之恩礼不替为证，天下未尝不闻而义之。意思是要对前朝子孙竭尽尊重。可九年之后，当真正寻访到“朱三太子”的时候，却是户灭三族。并将涉及到的原任湖广总督、巡抚、云贵总督、陕西巡抚等多名封疆大吏都以“纵容滋蔓”“溺职”等罪名遭到降职查办。
《明史》当初记载，崇祯皇帝一共有7个儿子，虽然记载有所出入，但基本上可以确定为：第一子朱慈烺，第二子怀隐王朱慈烜，第三子定王朱慈炯，第四子永王朱慈炤，第五子悼灵王朱慈焕，以及皇六子合皇七子。
这里的所谓的朱慈焕究竟是崇祯第三子还是第四子并不确定。而清朝官修史书《明史》把朱慈焕记为第五子。任何史书虽然对崇祯的儿子的记载有所出入，但有一点是一致的，崇祯的二子、五子、六子、第七子均早夭。当李自成的起义军攻入紫禁城前夜，崇祯的身边只剩太子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈焕。
崇祯十七年三月十九日，崇祯自缢煤山之前，让三个儿子改穿旧衣服各自逃命，并告诉三个儿子，：“尔等今日是太子，王城破，即小民也，各自逃生去吧。”三个皇子乔装打扮后，被送出宫，他们以后的便踪迹消失，外人难以得知。
有一种说法是，护送的太监将三个皇子献给李自成邀赏。李自成为了安定民心，封太子朱慈烺为宋王，其他两个皇子也被封为公爵。四月十三日，李自成亲征吴三桂，随军带上了吴三桂的父亲，以及三个皇子，作为要挟吴三桂的人质，但未能如愿。李自成的大顺军在山海关一片石大战中惨败，退出北京西走。
在这个过程中，三个皇子被大顺军裹挟着撤退，随后不知所踪。也有说让李自成所杀，其中太子朱慈烺潜入北京城，求助于外公大明朝国丈周奎家里，结果就是，周奎就以有人假冒太子，而且将这个可怜的少年上报帝国的新主人——大清摄政王多尔衮。
多尔衮下令辨别太子真假，找来明朝贵妃袁氏和东宫太监一帮人辨认，都说这个太子是假的。但有几名太监坚持说是真的，结果这些说太子为真的人都被处死。实际上无论真假都得处死，御史赵开心在上疏中就因说了一句实话：“太子若存，明朝之幸”，被认为是留恋故明的流露被罢黜。从此之后，凡是有人冒名“朱三太子”的一律以“冒名顶替”的名义处死。可在对外的声明中，摄政王多尔衮大言不惭的表示：“有以真太子来告者，太子必加恩养。其来告之人亦给优赏。”但实际上却是截然相反。
对此明清史专家孟森认为，此案中被处死的所谓“伪太子”实为真太子，而被喊来证明太子为假的袁贵妃，其实才是冒牌货。
而就在在北京的“太子案”刚刚平息之后，位于南京的南明弘光朝廷又冒出来一个自称是朱慈烺的入宫要见弘光帝，弘光帝得知消息之后，将其安排暂时居住在金华观音寺。随后，朱由崧派遣了地位更高的太监李继周作为特使，以正式礼节持御札召见太子。三月初一甲申日，太子被送往南京，“太子案”至此正式拉开序幕。
当时朱由崧就组织大臣们“面试”太子，地点在武英殿。还请来了曾在北京东宫给太子讲课的刘正宗、李景濂，还有因为“从逆案”被关在监狱里的前少詹事方拱乾，特意把他从牢里提出来。这么做，也算是比较透明、公开了，起码不是掩人耳目。实际上朱由崧得知消息之后十分紧张，对内阁首辅马士英说：“朕将何以自处？卿等细细查辨。”潜台词很明显，如果此人真是太子朱慈烺，那我还有什么资格坐这个位子？
马士英自然是心领神会，立马组织了一帮人对少年辨别真伪，经过众人辨认都说是“伪太子”，一顿板子打下来之后，这个少年招供称，自己本名叫王之明，是驸马的侄孙，乱世中突发奇想，假冒太子之名来求取富贵。马士英立即将审讯记录颁行天下，以正视听，但没有将王之明处死，仅仅是入狱。
尽管弘光朝宣布这是个“伪太子”，但反对朱由崧登基的反对派却认为王之明是真太子，在武昌拥兵自重的左良玉此时借口救护太子，打着“清君侧”的旗号，出兵准备攻入南京。马士英将原本在东线防御清军的部队西调，去打左良玉。这场致命的内讧很快终结了弘光朝这个短命小朝廷。清军还没来呢，自己先窝里反，就此清军一路畅通无阻地渡江攻破南京。
王之明事件，无疑是压垮弘光王朝的那根至关重要的脆弱稻草。弘光政权的倾覆，直接导火索是左良玉发动的兵变，而这场兵变又全然是假借“太子”事件之名兴起。搞笑的是，攻破南京城后，清军主帅豫亲王多铎故意命人将关在狱中的王之明释放，毕恭毕敬地迎接、让座，并对南明降臣说：“此真太子也。”此时此刻，多铎说太子是真，就是真，没人敢质疑和反对。为此多铎还将朱由崧所选的妃子，赐给了所谓的“真太子”王之明。可最后王之明清廷仍以假冒前朝太子之名，匆匆将其处死。
南、北两起“太子案”终结后，历史上再无关于太子朱慈烺的任何消息。但是，崇祯剩下的三皇子，开始以影子的形式频繁活跃在反清复明的舞台上。这就是所谓的“朱三太子”——清朝入关七八十年间，一个最神秘的政治敌人。
自顺治至雍正中期，帝国内部打着“朱三太子”之名起义、谋反或行骗的事件，至少发生了20多起。顺治十三年，直隶真定府出现了第一个自称是“朱三太子”的人。这个“朱三太子”亦欲举事抗清，先搞庙会集资，香客按照未来明朝光复后的官职捐献相应价码的香火钱。结果，两个捐了未来七品县令的人因为争抢道路大打出手，把整个反清复明的大计划捅到了官府。自称“朱三太子”被处死。
类似事件在顺治朝发生多起，但相比当时的南明政权，这些“朱三太子事件”给清朝造成的影响并不大。康熙继位后，除了台湾的郑氏集团坚持抗清之外，清廷基本实现了对明朝疆域的全面征服，此后，以“朱三太子”为旗号反清复明的事件越来越多，影响也越来越大。
康熙十二年十一月二十一日，吴三桂在云南起兵，扬言要把朱三太子推上帝位。一个月后，消息传至北京，汉人杨起隆伪称自己就是“朱三太子”，并组织了千人规模的八旗汉人奴仆起义队伍，约定十二月二十三日五更时分在“京城内外，放火举事”。因消息走漏，杨起隆提前一天仓促起事。康熙得知这起发生在天子脚下的“朱三太子事件”，极为震惊，命令关闭京师九门，缉拿起义者，杨起隆随后成为仅次于三藩之乱首领人物的特级通缉犯。
康熙十六年福建漳州人蔡寅自称“朱三太子”，组织抗清。康熙十八年，清军在湖南新化县一座寺庙内俘获了一个自称“朱三太子”的人。最后以假冒之名处死。对于此起彼伏的、大大小小的“朱三太子事件”，康熙一概十分关注，并亲自介入。
后世真正认为的“朱三太子”应该是这一位，朱慈焕最后流落到安徽凤阳，偶遇一名姓王的明朝给事中，说明了自己的真实身份，王大人收养了他，并为他改名王士元，随其子弟读书。朱慈焕十九岁时，王家突遭变故，朱慈焕再度流落江湖，几年后，他娶了胡姓女子为妻，落户浙江余姚，在家开设私塾，人称“王老先生”。
朱慈焕曾向密友透露过他非同寻常的身份，消息由此传开来。张念一等人得知后，遂拥戴这个“朱三太子”反清，这让朱慈焕很害怕，从起义一开始就四处躲藏。期间，他的妻妾、女儿、儿媳等人因官府通缉而上吊，三个儿子也被捕。他本人被捕后供述：“我从没有非分之想。遇见他们要妄为的人，我惟有躲避了，因劝不住他们，所以躲到山东，苟延残喘而已。”
在康熙的授意下，清廷对这个“朱三太子”的审讯规格定得非常高。朱慈焕祖孙三代七人被押解到京城，由九卿会审。当时，朱慈焕已经75岁高龄，他对主审官员说：“吾今年七十五岁，血气已衰，鬓发皆白，乃不作反于三藩叛乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招买军马，打造军器，吾曾有一此乎？”
张廷玉结案上奏说：“王士元自认崇祯第四子，查崇祯第四子已于崇祯十四年身故，又遵旨传唤明代老太监，俱不认识。王士元明系假冒，其父子俱应凌迟处死。”
康熙要朱慈焕死，底下人自然明白怎么操作——就以假冒前朝皇子罪名处死，这个罪名既能让清廷摆脱严苛无情的骂名，又能让不管真真假假的帝国潜在敌人消弭于无形。因为，朝廷毕竟说过，前朝皇子没罪的，还必须优待。就这样，75岁的朱慈焕被凌迟处死，他的儿孙也被杀。整个家族遭遇了灭顶之灾，无一幸存。总之，民间仍以“朱三太子”为反清复明的象征，但通通都是假托其名而已。
清廷自以为以“假冒”之名可以从肉体上消除明朝宗室敌对力量，却没想到，由于那些“真身”迟迟未被认定，导致后续有无数的“真身”冒出来。“朱三太子”在清朝入关后80年内层出不穷，这就叫“假作真时真亦假”，真真假假，官民双方都可以从自身立场出发进行阐释，各取所需。
实际上，如果清廷从一开始就“以假为真”，认定具体的一个人为“朱三太子”，那么，哪怕真正的朱三太子现身了，他也难以自证为真，“朱三太子”这个名号的能量想必就会小很多，不至于折磨了清朝几十年。后来雍正中期以后，“朱三太子”再未出没，但“朱三太子案”后遗症，仍然深深笼罩在清廷心中。
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