阿古柏
阿古柏，十九世纪中亚细亚浩罕国（今乌兹别克斯坦）塔什干人，他早年作过塔什干阿奇木（最高长官 ）近卫军的百户长，后出任过阿克米奇特（白清真寺） 的阿奇木。以后，浩罕国的统治者胡达雅尔汗和买来汗争夺最高汗位，狡黠的阿古柏先后向二汗竭力邀宠，曾在胡达雅尔汗帐下一名将领麾下立过战功，获胡达雅尔汗青睐擢拔，逐渐飞黄腾达。
阿古柏在胡达雅尔汗的栽培下，在安集延（今吉尔吉斯斯坦境内）任浩罕王的帕夏（总司令） 。由于阿古柏生性狡诈多变，浩罕国另一位统治者买来汗对他渐生不满，他手下的军事将领毛拉艾力木库勒对野心勃勃的阿古柏也很不放心，极力掣肘、排挤他，并设法削夺了他的部分兵权。
1864年7月间，受西北回乱的影响，新疆各地的穆斯林也纷起响应，起兵反清。维吾尔族宗教首领托合提马木提起兵占据了喀什噶尔城（今喀什市）。接着，柯尔克孜族阿奇木伯克（最高长官） 斯迪克也起兵与维吾尔兵混战，将托合提马木提击走，攻占了喀什噶尔回城（维吾尔族聚居处）。
斯迪克为了攻下喀什噶尔汉城 （今新疆疏勒），考虑自己兵力不足，就派与自己合伙的排素巴特（今伽师）回民金相印等去中亚浩罕国，请求浩罕王将原在南疆策动叛乱遭到失败后亡命浩罕的畏吾儿贵胄张格尔之子布素鲁克和卓（伊斯兰教对有威望之人的尊称） 遣回。于是浩罕国摄政王胡达雅尔汗 便让布素鲁克和卓潜回新疆喀什噶尔，同时命让他不太放心、有所忌惮的阿古柏一同前往。此前，阿古柏率军抵御沙俄军队入侵，在一系列战役中惨遭失败，又参与了推翻浩罕国的阴谋活动。曾遭阿古柏反对的胡达雅尔汗夺取王位后， 阿古柏为了躲避其报复打击，主动请缨协助布素鲁克杀回南疆。
阿古柏
1865年春，阿古柏带少量军队同布素鲁克抵达喀什噶尔后，柯尔克孜叛军首领斯迪克对布素鲁克的到来非常欢迎，而对浩罕军阀阿古柏的不请自来深为不满。阿古柏知道自己兵单势弱，对于斯迪克的冷遇隐忍不发，暗中在喀什噶尔当地网罗、收买了一批亡命之徒，突然用武力将斯迪克驱逐，并袭占了喀什噶尔回城。随后，阿古柏击败了斯迪克五、六千大军对喀什噶尔回城的围攻，《维吾尔族史料简编》记载——
“经过这次挫折，柯尔克孜的力量被粉碎，斯迪克伯克逃亡到塔什干的阿利姆 .库里那里。阿古柏伯克对柯尔克孜人的第一次战役就这样胜利结束 ”。
就这样，阿古柏在喀什噶尔站稳了脚跟。随后，他便紧锣密鼓地从俄国人那里采购军械，制定作战计划，在南疆扩展自己的势力。
大约在1864年8月间，叶尔羌发生了回民叛乱。叶尔羌阿奇木伯克尼牙斯也纠集一帮人马，既与清军作战，也与回军对抗，以保住自己的权位。 为了抵御当地回民军和库车维吾尔暴动军的联合进攻，尼牙斯秘密派人邀请阿古柏进军叶尔羌。阿古柏认为机会来了，仅率500侵略军冒险深入叶尔羌。哈木丁率库车维族暴动军，在当地回民军的配合下，猛攻叶尔羌城。阿古柏侵略军被打得丢盔撂甲，死伤数十人，残敌纷纷跳墙逃命；阿古柏在漆黑夜里跌落城墙，差点丧命。阿古柏军遗弃了大量兵器帐篷，狼狈逃回喀什噶尔。
阿古柏在叶尔羌惨败，但他的部下却攻克了英吉沙尔，擒杀了清廷派驻英吉沙尔的领队大臣托克托布、回务章京穆图善、提督依明阿等清朝官员，还屠杀了1000多维族、汉族、回族居民。意外攻取英吉沙，阿古柏有了一个新据点，并在这里大肆抢掠。
阿古柏将掠夺来的部分东西作为礼物 ，派亲信押送到中亚浩罕国（乌兹别克）献给胡达雅尔汗王。这些礼物是“九尊和太（清军）大炮，几位美丽温柔的汉族姑娘，9个年少标致的维族男童，9匹蒙古骏马，几大箱金银元宝......” 。此后，阿古柏军每攻下一座城池，尝到甜头的他就纵兵进行一次大规模的烧杀抢掠。
浩罕军阀阿古柏率军入侵南疆使得清廷在这里的统治岌岌可危。而且也使与清军对抗的库车暴动回军、维军调转枪口与外国入侵者鏖战。参与暴动的维吾尔族武装这一决策倒也是正确的。1865年7月，暴动首领热西丁派贺提甫、哈木丁父子率军从乌什出发，到阿克苏与加马里丁的队伍会合，组成一支近两万人的大军，准备进攻喀什噶尔。大军在疏勒境内的汗伊热克与阿古柏军遭遇，旋即展开激战。维军虽击伤了阿古柏本尊，却未能重创其军，面对实战经验丰富、装备精良的侵略军，最终也没能取胜。维族暴动军见难以取胜，遂退回了阿克苏。
1865年9月1日，阿古柏匪军攻克了喀什噶尔汉城，守城清军战死者极多。原来，喀什噶尔回城发生回民暴乱后，清军守备何步云率3000绿营将士退守汉城，死守长达1年之久。阿古柏围攻喀什噶尔汉城时，久攻不下，遂用重金收买清朝守将何步云，何守备接受贿赂后，便将无耻地把喀什汉城献给了浩罕侵略者，甚至把自己的女儿也嫁给阿古柏为妾。
阿古柏入喀什汉城后，下令屠城，清办事大臣奎英、帮办大臣福珠凌阿以及百余位文武官员均遭戕害，城内数千满、汉、回、维军民被屠杀殆尽。
阿古柏利用布素鲁克和卓在南疆的影响力，以及沙俄的暗中支持，逐步在喀什噶尔立足——
“他则在幕后巩固自己的地位，并且只在极短的时间内使政权掌握到自己的手中”。《阿古柏伯克传》
阿古柏架空布素鲁克和卓，逐渐势焰熏天，这日益引发在驻守喀什噶尔一带吉尔吉斯人的不满。吉尔吉斯官兵趁阿古柏率军外出攻掠受挫的时机，发动兵变，拥立布素鲁克为汗，准备将阿古柏弄死 。阿古柏闻讯，立刻率军返回，以破竹之势攻入被吉尔吉斯军占据的喀什噶尔城，将发动政变的主谋倭力罕逮捕处死，强迫布素鲁克前去英吉沙尔，旋即将他囚禁起来。阿古柏进一步巩固了自己在南疆的地位。
不久，浩罕国王宫中的一个叫玉努斯江的军官率领被俄军击败的7000多名残兵败将辗转来到南疆，投靠了阿古柏，使阿古柏实力大增，其军队也成为南疆一支令人望而生畏的武装力量......。
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