大明开国皇帝朱元璋可能做梦也没有想到，自己花费重金打造的凤阳皇陵，在经过200多年风光以后，竟然被一群和自己当年一样的农民起义军给毁了，估计此时的朱元璋真想跳出来，将自己的无能的子孙朱由俭痛打一番。
1640年，明末起义军按照荥阳大会的分工，李自成和高迎祥、张献忠合兵一处，迅速往东南方向挺进。他们接连破密县、上蔡等地，很快到达汝宁府（今河南汝南）。
他们在这里兵分两路，分头进攻凤阳。一路由高迎祥率领，由新蔡、寿州（今安徽寿县）趋凤阳。另一路由李自成和张献忠率领，往东直取颍州（今安徽阜阳），由颍州再东取凤阳。
正月十一日，李自成和张献忠率兵包围了颍州，知州尹梦鳌和通判赵士宽督众防守，致仕兵部尚书张鹤鸣也协力防御。
李自成等在城外的一高楼上用火炮猛攻，城内守军抵挡不住，城很快被攻陷。守城的官员表现得很有气节，城陷后仍督众巷战，后受重伤，投水而死。
尹梦鳌家死七人，只有一个在襁褓中的幼子未死，官印也没丢失。
赵士宽在城陷后仍用金簪募勇士，誓死御敌，力竭投于河中。他的妻子自缢，两个女儿也随其母自缢而死。
张鹤鸣已85岁，原属于魏忠贤阉党，被农民军倒悬在一棵大树上，作为靶子被乱箭射死。他的儿子张大同抱尸大哭，立被农民军杀掉。他的弟弟张鹤胜年八十二岁，也“骂贼而死”。
颍州乡绅有多人被杀，“生员死者七十七人”。
当张鹤鸣被吊在树上的时候，一个农民军士兵朝他身上捅了三刀，并指着他说：“你还能再用皮鞭抽打我的脊背吗！”
可以看出，农民军中确实有一些曾为明军士兵的人。
李自成接着赶到寿州，和高迎祥合兵一处，一起向凤阳进发。他们先挑选300名精明强干的军士，有的扮做商人，有的扮做车夫，预先进入凤阳。他们在凤阳卖布匹、果枣之类，分别投宿在各旅店。
还有的人扮做僧人、道士，在凤阳四处游走，将凤阳的驻军情况都掌握得清清楚楚。
凤阳是明王朝的所谓“龙兴”之地，明初即定为“中都”。
明太祖朱元璋的父母都葬在这里，也就是所谓凤阳皇陵。朱元璋小时的家境十分穷困，他的父母死时都是草草安葬了事。
朱元璋为此一直很愧疚，称帝后便在凤阳大兴土木，不仅把他父母的陵墓修建得富丽堂皇，而且建造了一些和京师差不多的宫殿。
自明初以来，这里一直有重兵驻守，设有中都留守司，辖八卫和一个千户所，驻有所谓班军、高墙军、操军和护陵新军等。这里还驻有一巡抚和镇守太监。
凤阳巡抚常驻淮安，兼掌运河漕运。当农民军再次进入河南时，一些大臣就估计到可能会进入凤阳。南京兵部尚书吕维祺为此上奏，请早作防备。
朝廷也没有什么大的举措，只是发了一纸敕令，要凤阳巡抚杨一鹏在要害处及早设兵防守。杨一鹏年老多病，也没采取什么切实有力的措施。
令一般人不解的是，当李自成等农民军向凤阳逼近的时候，这里的老百姓对朱明皇帝并没有特别的厚爱，而是向农民军通风报讯，迫切希望农民军能早日赶来。
据史料记载：“凤（阳）之穷民，远几百里相邀，具以册授贼：某家富厚，某处无兵。于是，贼遂拥众焚劫，震动祖陵。”
送信的士兵还将书信丢在路上，表示要和农民起义军联合，一起来攻打凤阳。
据记载，在农民起义军攻破凤阳的头两年，在凤阳突然出现“恶鸟数万。”
这种鸟的头像兔子，身子像鸡，足像老鼠，长相奇异。人们不知道这种鸟叫什么名字，深感惊奇。有的人则认为是不祥之兆。尤其是这种鸟的肉很肥嫩，但一嚼它的骨头，人就会立即死去。
人们就更为这种鸟的出现而增添了几分恐怖。
就在崇祯八年的元宵节那天，凤阳的老百姓也像全国各地的老百姓那样欢度节日的时候，农民军突然赶来，犹如自天而降。这天早晨大雾弥漫，农民军神不知鬼不觉地赶到凤阳。
当地守官还蒙在鼓里，有人报讯说来了农民军，竟还被打了一顿板子。突然间外边一片喧嚷声，秩序大乱，官员们才知道农民军真的来了。
扫地王和太平王最先赶到，李自成和张献忠的大队人马随后源源赶来。他们越城而入，马上焚烧了皇陵享殿。
凤阳留守朱国相，千户官陈弘祖等人仓促迎战，很快被农民军击溃，他们也都死于战阵。李自成放火焚烧了龙兴寺。
这是朱元璋曾出家当和尚的地方，后被改名龙兴寺，朱元璋曾亲书“第一山”。驻守的官员被杀的被杀，投降的投降，守兵则绝大部分不战而降。
农民军很快就完全占领了凤阳。知府颜容暄身穿囚服，藏在狱中，打算乘农民军释放囚犯之机逃出，被农民军认了出来，立即被杖杀。
李自成下令毁掉所谓“凤阳高墙”，将宗室犯人也全部放出。农民军还挖掘了皇陵的墓葬，似乎是想借以挖掉“龙兴”的风水。
关于皇陵被掘毁一事，地方官害怕因此加重失守罪责，则只报告享殿等被烧，未说陵墓被掘。
尤其引人注目的是，农民军在凤阳曾打出了“古元真龙皇帝”的旗号。数种史书和一些明廷官员的题本都曾说到此事。
据有的史书记载：“……自称古元真龙皇帝，盖（张）献忠也。”此事大体可信，因为后来当杨嗣昌督师时，崇祯帝曾给他下过密谕，因张献忠“曾惊祖陵”，其他的人都可以宽宥，只有张献忠“罪在不赦”。
看来，农民军首领确曾在凤阳改元称号。但这只是偶一为之，在此后的六七年间再没有看到类似旗号。
当明王朝被推翻的最后一两年，李自成和张献忠才又分别打出了类似的旗号。至于“古元真龙皇帝”的用意，颇令人费解，学者们至今未得出令人满意的解释。
如果说农民军要恢复元朝，显然不合常理；如果说农民军以此来为被明朝取代的元朝复仇，似乎亦无此必要。笔者以为，以下解释可能更接近实际：古人大都很迷信，当他们自己还不是所谓“真龙皇帝”的时候，就需要借古代的“真龙皇帝”以自壮。
在中国古代，挖坟掘墓被认为是很坏阴德的事，更何况挖掘的是当今皇帝的祖陵，难免有些人犯思忖，担心遭受报应，于是就打出“古元真龙皇帝”的旗号，用被明朝推翻的“真龙皇帝”来弹压当今江山不稳定的皇帝。
农民军在凤阳尽情发泄对明朝皇帝的仇恨，不仅大肆焚烧宫殿建筑，而且还烧掉了陵区松树三十余万株，大火连烧数日，“光烛百里”。
有的农民军“剖孕妇，注婴儿于槊”，对明宗室的一些成员大举屠戮。
张献忠还抓到十二名善于弹唱的小太监，要他们奏乐伴酒，真有点飘飘然、忘乎所以了。
李成居然也向张献忠索要这种小太监。张献忠不肯，两人为此弄得老大不愉快，几乎决裂。
凤阳被攻陷的消息传到京师后，崇祯皇帝十分震惊，立即罢免经筵，素服避殿，遣官告天地社稷，自己亲自到太庙中哭祭，命驸马都尉王诜等行祭慰礼。
皇帝的祖陵被毁，这对崇祯皇帝来说是个很大的精神上的打击。兵部尚书张凤翼惊恐万状，立即上书请罪。崇祯皇帝命他“戴罪视事”。
凤阳巡抚杨一鹏被下狱处死，巡按凤阳御史吴振缨被逮系下狱，遣戍边地。
鉴于农民军长期不得平息，崇祯皇帝于当年十月发布了颇为沉痛的“罪己诏”：
朕以凉德，缵成大统。不期倚用匪人，边乃三入，寇则七年。师徒暴露，黎庶颠连。国帑匮诎，而征调未已；闾阎凋敝，而加派难停。中夜思惟，不胜愧愤。今调劲兵，留新饷，立护元元，务在此举。唯是行间文武吏士，劳苦饥寒，深切朕念。念其风食露宿，朕不忍安居深宫；念其饮水食粗，朕不忍独享甘旨；念其披坚冒险，朕不忍独衣文。择此十月三日，避居武英殿，减膳撤乐，非典礼事，惟以青衣从事。与我行间文武吏士甘苦共之，以寇平之日为止。文武官员各省愆淬厉，用回天心，以救民命。
这篇奇文的确很能博得人们的同情，所以直到崇祯皇帝丢了江山时，人们仍然认为他是个不坏的皇帝。无怪乎有的学者称他为“汲汲邀誉的专家”了。
仔细看一下这篇“罪己诏”就会发现，他并没有“罪己”，而是把责任都推在“倚用匪人”上，即臣下身上。
对民间凋敝和加征之苦等情事，看来他都知道，并且很清楚，但就是没拿出什么切实的解决办法。
至于“减膳撤乐”之类的举动，充其量也只能换来点同情，而对挽救明王朝的危亡没有任何实际意义。
农民军在凤阳待了三天，明军就从各个方向赶来。张献忠自为一军，南下卢州。
李自成和高迎祥一起西走河南，继而辗转返回陕西。
