菩提祖师是西游世界中一位比较神秘的大神，他隐居灵台方寸山斜月三星洞，很少与外界交往，虽然收下了不少弟子，但为人熟知的只有孙悟空。而关于他的真实身份，一直让人津津乐道。

很多人认为，菩提祖师的真实身份是如来，如来假扮成菩提祖师的模样，传授孙悟空一身本领。

然而，如果菩提祖师真是如来，他想传授孙悟空本领，大可直接引导孙悟空前往灵山拜师学艺，又何必假扮成菩提祖师的样子？况且，如来后来策划取经大业，又让孙悟空拜唐僧为师，而唐僧的前世是他的二弟子金蝉子，这不是乱了辈分吗？

事实上，按原著情节推测，菩提祖师不可能是如来，因为如来根本无法假扮菩提祖师。

我们知道，孙悟空大闹天宫，如来奉玉帝之命镇压。然而，他见到孙悟空后，却并没有直接出手，而是利用打赌飞出手掌的方式，待其打赌失败心情沮丧之际，猛地把手一翻，将他压在五行山下，可见他的实力虽然强于孙悟空，但并不具备绝对优势，否则何必多此一举？

反观菩提祖师，他的实力显然远在孙悟空之上，因为孙悟空的一身本领，不过他利用短短三年时间培养。

所以，菩提祖师的实力应该强于如来，既然如此，如来如何假扮一位比自己实力更强的大神？更不必说，这位大神还是一位道教人士，如来作为佛祖，怎么可能做到假扮成道教大神并传授孙悟空道家顶级法术？

菩提祖师除了身份可疑，其实他还有一个秘密，这个秘密三界只有一位大神知晓，孙悟空后来更是靠它保了一命。

这个秘密读者们当然很清楚，正是他曾收下孙悟空为徒，但在西游世界中，显然极少有人知晓，否则，菩提祖师当初赶孙悟空下山时，犯不着警告他，闯祸之后不许泄露师父名讳了。

那么，三界唯一知晓菩提祖师和孙悟空关系的大神是谁？

原著第七回，孙悟空大闹天宫，打败十万天兵天将，直朝凌霄宝殿杀来，玉帝急忙派人前往灵山，宣如来救驾。

如来见到孙悟空后，不仅没有直接出手镇压，也没有立刻提出和他打赌，而是不断询问他的来历和背景。

他先是问孙悟空何年何方生长，何年得道，为何这等暴横？又问他为何敢如此放肆，妄图篡夺玉帝宝座？再问他除了生长变化之法，在有何能，敢占天宫胜境？直到孙悟空一一回答后，才提出和他打赌，决定利用打赌的方式镇压他。

如来为何不厌其烦询问孙悟空的来历和背景？真相很可能是，他知道孙悟空是菩提祖师的弟子，故而通过不断询问的方式试探孙悟空，看他是否会说出师承。如果孙悟空会说出师承，他就不能明知孙悟空是菩提祖师的弟子，还对他大打出手；如果孙悟空不会说出，他自然也可以装作不知情，毫无顾忌镇压孙悟空。

由此也可见，如来正是三界唯一知晓菩提祖师曾收下孙悟空为徒这一秘密的大神。

由于菩提祖师警告过孙悟空，不泄露师父名讳，所以，无论如来如何询问，他始终没有流露出半点泄露师承的意愿。也正因如此，如来才会决定出手镇压他。

不过，也因为如来知晓孙悟空是菩提祖师的弟子，所以，他可以毫无顾忌地镇压孙悟空，却不能毫无顾忌地诛杀孙悟空，毕竟一旦杀了孙悟空，菩提祖师追究起来，可不是一句不知情可以化解恩怨。所以，他降服孙悟空后，只是将他压在五行山，判了五百年有期徒刑。