据《平定关陇纪略》 记载，湟中之战后，刘锦棠在西宁下令参加暴动并有投降意向的回民：“先将所有马匹枪械悉数分日呈缴，然后言抚”。西宁县属从各处回民那儿缴获战马1600余匹，枪支刀矛4000余支（把）。大通县缴马500余匹， 火枪戈矛1000余支。观音堂沟及陕西回众也上缴战马数百匹，枪支千余。陕回头目崔三（名崔伟）等受抚时“皆款营献良马”。

西宁回族首领之一的马永福一直“在城助官民守御甚力”，召集逃散回民3000多人，并派人“促马本源等速归” 就抚，被马本源等诱杀。

溃逃青海的陕西回民首领崔三、毕大才、禹中海等厌倦了四处逃亡、颠沛流离的日子，“倾心向化” ，被刘锦棠招降，所部被收编，随后裁汰老弱，选其精壮，建立“旌善营马队”。（铁马作品，严禁剽窃、洗稿）此后，又招抚陕回约两万人，“择地安插”。

最凶顽的白彦虎等所部陕西“回匪（清朝文献称呼）”自大小南川驻地被清军攻陷后，已退往肃州（今甘肃酒泉）。

1873年2月1日，有晚清“飞将”之称的刘锦棠率吴隆海、蒋月华、熊隆名、陈汝俊、余虎恩、董福祥等部，开始围攻向阳堡，该堡由回将马寿率2000余回军扼守。清军发起进攻后，马寿率部抵抗，无奈寡不敌众，堡寨很快就被清军攻破。马寿率部与清军进行了激烈而血腥的巷战，回军不是对手，相继被围杀殆尽，马寿、马进禄、韩起寿等头目均被生擒，马进禄、韩起寿将领等旋即被处死，单留主将马寿一人。2月4日，刘锦棠督军攻克大通县城并当众将马寿凌迟肢解。

史载，西宁回军首领马桂源、马本源在清军进入西宁府城后，曾经“遍诣各军求抚，而仍持两端，暗行勾结”。马桂源“求抚”，就是乞降、请求招安之意，同他之前率西宁、河湟回民向左宗棠“求抚”一样，可以视作一种策略，并非真降。彼时他赶赴定安面见左宗棠时，左让他督促西宁回军以及甘肃河州、狄道的回、东乡族暴动军首领马占鳌赶快缴械投降，否则，大军开到，玉石俱焚...... 左宗棠一向心细如发， 但他一时也并未察觉马桂源的伎俩 ，他在写给记名道员冯邦棅的信中说：

“马桂源贪滑，亦所素知。然继为西宁求抚而来，自未可拒绝，且看所办如何......马永福之投诚，似是真心，与马尕三（马文义）迥异。马桂源虽贪滑异常，然鼠窃狐假之术耳，未必竟有异志，西宁汉回当可无浩劫之忧。此中只看办法如何。剿抚操纵，权固在我。如果办理妥当，则舍其旧而新是图，似亦非难” 。《纪略》

后来发生的事证明左宗棠也有误判或失误的时候。马桂源获准就抚后，立刻赶回西宁，就立即加紧布防，还与白彦虎、崔三等陕回首领商议联手作战，坚持抵抗清军的进攻。这说明马桂源“乞抚”只是一种拖延策略，他和老谋深算的左氏进行周旋，在一定程度上麻痹了慧眼如炬的左宗棠。

马桂源乘清军大举攻打向阳堡、大通县城时，率千余回军前往米剌沟，随后自米剌沟经细巷（地名）抄袭清军后路。左宗棠获知后， 似有所悟，速调臬司陈湜、河洲镇沈玉遂等率部紧急由河州前往堵击，又遣提督刘明灯、总兵敖天印、戴定邦、杨芳桂、提督张仲春、陈广发等分兵扼守险要，并合力向米剌沟推进。

马桂源本想抄刘锦棠的后路，不料遭各路清军截击，部众死伤不少，他率数百残骑逃到巴彦绒格，清军大举追至，又逃到扎什巴城（今青海化隆） 。途中遇到大雪封山，寒冷彻骨，处境极为困难、狼狈，追随他的部众或战死或逃散，没剩下几个，眷属十余人被清军俘虏。

2月27日，提督刘明灯带领杨生魁等率部继续追赶，清军紧追不舍，马本源等仓惶逃命。3月2日，刘明灯率军追上，将马桂源、马本源等全部抓获。随后将他们押解回省城，经左宗棠等亲自“会讯录供”后，马桂源、马本源被凌迟处决，其幼弟马桢源也被“斩决”。

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