除了干细胞本身能够产生各种对身体有益的细胞因子外，它们还能够刺激、诱导和促进原本存在于身体中的细胞也开始分泌因子，这是一种神奇而又特殊的旁分泌机制，它使干细胞在体内的角色类似于一个分布式的发电站，它们在适当的时间和适宜的地点将各种类型的细胞因子以广泛分散的方式向外输出，从而充分发挥干细胞的积极功能。

例如，可以促进细胞分泌神经生长因NT、神经营养因子BDNF和血管内皮生长因子VEGF等，这些细胞因子在损伤后的微环境中可发挥重要作用，能够有效地促进局部微血管再生、神经再生和重构，这一过程也被称作“神经修复”。这些细胞因子的分泌可以促进损伤细胞的修复，从而促进神经功能的恢复。

干细胞具有旁分泌效应，可以表达、合成、分泌各类生长因子、细胞因子、调节因子、信号肽等多种生物活性分子。这些生物活性分子具有不同的功能，可以互相调节和相互作用，共同维持机体的正常功能。

通过这些因子，干细胞可以调节代谢、免疫、增殖、迁移、营养、凋亡等活性因子，从而平衡了机体的内稳态。这种旁分泌效应为干细胞免疫调节、抗凋亡等提供了适宜的环境，使得干细胞能够更好地发挥其功能。