皮卡丘在与烈雀的激战后，受伤严重，小智带它赶到附近的常青市，路上遭遇了正在追捕两位嫌犯的君莎小姐，在通过图鉴证实了自己的身份后，小智与皮卡丘被君莎小姐送往宝可梦中心。
当乔伊小姐在处理皮卡丘的伤势的时候，小智与大木博士通了电话，告诉大木博士他看到奇怪的宝可梦，但大木博士不太相信他。
之后在宝可梦中心等待时，小智遇见了跟过来索取自行车被损坏的赔偿的小霞。
随后两位嫌犯突袭宝可梦中心并造成大停电，火箭队三人组先介绍了他们，然后尝试偷取宝可梦中心里所有的宝可梦。
乔伊小姐立即开始传送中心里的宝可梦到深灰市的宝可梦中心，而小智和小霞尝试和火箭队对战。
宝可梦中心的皮卡丘和小智的皮卡丘合力使用电击，成功击败火箭队但同时也破坏了宝可梦中心。
火箭队决定跟着小智，偷他的皮卡丘。小霞也决定跟着小智，直到小智赔偿她的自行车。
之后小智一行人决定穿过常青森林前往深灰市。
以下为第2集出现的宝可梦第17只宝可梦：吉利蛋，图鉴编号113。
第18只宝可梦：喵喵，图鉴编号052。
第19只宝可梦：瓦斯弹，图鉴编号109。
第20只宝可梦：阿柏蛇，图鉴编号023。
第21只宝可梦：角金鱼，图鉴编号118。
