明代自永乐迁都以及宣德朝之后逐步形成了“两京制”，即首都北京和陪都南京。南京作为故都，除了没有皇帝之外，其他衙门基本都有设置。南京距离北京较远，那么朝廷是如何加以控驭的呢？

早在永乐十一年成祖北巡时，便下旨让靖难功臣永康侯徐忠协助太子留守南京，协助太子处理南京军务。也就是从徐忠开始，便有了“守备制度”的雏形。

成祖最后一次北征于途中驾崩，仁宗充满即位，当时的形势十分紧张，为了确保南北两京的局势稳固，尤其是南京不驻皇室，故仁宗认为需要派遣勋戚留守以体现皇权的存在，这也是南京守备制度形成的根本原因。

把南京交给勋戚只是权宜之计，皇帝并不完全放心，需要采取制衡策略。仁宗以勋戚守备南京的同时，还派出数名守备太监，及由文臣充任南京参赞机务的制度。

也就是说，南京的最高军政长官共设有守备大臣、守备太监、参赞机务三个岗位，以达到彼此牵制的作用。

当然，职务设置也需讲究主次，仁宗朝南京诸守备大臣中，名义上政治地位以守备勋臣最高。正常情况下守备勋臣之下还会设置一个协守勋臣，作为守备勋臣的副手。

大明历史上第一个南京守备勋臣是襄城伯李隆，根据文献的记载，李隆镇守南京的时候上下官僚无不敬畏，政治地位极高，权力也极大。

仁宣两朝，只要是被派往南京充当守备大臣的，都是皇帝最信任的心腹勋臣。如成化、弘治年间的守备大臣成国公朱仪，就是两朝皇帝的绝对亲信，南直隶所有的军政、民政以及漕运等事，只要朱仪上奏，皇帝无不允准。

然而，守备勋臣只是南京名义最高的军政长官，实际上从明中期开始，作为皇帝最直接的代表守备太监才是真正的一把手。

重用宦官是明代一个基本的体制，在京有司礼监牵制内阁，在边疆有监军太监监督大将。同样南京作为陪都，守备太监代表的是皇权，自明中期以后，风头完全盖过守备勋臣。

南京参赞机务最初的时候，不过是守备勋臣的佐贰。参赞从字面意思上就不难理解，明显带有辅佐、谋划的意思。明初时很多文臣都以参赞的头衔，被派到军中参佐。

随着明中期“以文统武”的制度在全国逐步推行，统兵文职大臣主要领总督、巡抚、提督等高等级的钦差官衔，或兼领“赞理军务”职衔，文臣有了这个兼衔就从法律层面被赋予了节制各级武职的功能，这与后来总督兼兵部尚书衔的性质是一样的。

自明代督抚制度正式建立后，南京参赞军务一般由南京兵部尚书兼领。而且明中期以后，南京参赞机务的权势也在不断提升，并在很大程度上压过守备勋臣。

比如1644年李自成攻陷北京后，江南的官僚集团以史可法为首暂领军机，当时的史可法就是兵部尚书兼南京参赞机务。

成化二年，朝廷正式在南京设立武职操江提督，专门负责南京周边长江下游一带的巡防缉捕，以及保障盐政。操江提督自设置的那天开始，一直到明代灭亡，都是由勋臣担任的。

操江提督权责亦重，当排在第四位。皇帝对操江提督的人选十分慎重，从前几任的名单来看，他们除了勋臣这一身份外，其家族还多与英宗、宪宗父子两代皇帝有某种特殊的亲近关系，甚至在特殊时期为皇室做出过重大的牺牲与贡献。

比如陈韶的哥哥绥安伯陈埙于正统十四年扈从英宗死于土木堡，陈韶后来袭了爵位，并在成化即位后成为皇帝重点培养的年轻勋贵，之后委任为操江提督。

又如成山伯王琮原是成山侯王通的儿子，王通在永乐朝督建长陵，又在土木堡之变中护卫天寿山陵寝，对保障皇明祖宗贡献颇大。

王通死后，其子王琮被英宗封为成山伯，并准子孙世袭，王琮后来也被派往南京担任操江提督。

皇帝选任亲近勋臣担任操江提督明面上是加强南京江防，实际用意是确保盐政带来的巨大赋税。盐课对于历代王朝来说都是至关重要的。成化初年长江下游盐贩横行，是故朝廷设置了操江提督一职沿江缉捕，以保障朝廷财税。

从以上的大致介绍中就可以看出，陪都南京鞭长莫及，皇帝采取了多种方式加以制衡，以守备大臣、守备太监、参赞机务三人共同管理南京的大小事务。同时，又单独设置了操江提督，以确保盐政的正常运行。

至于南京的六部和其他衙门，则基本上都是闲曹，没有什么太多的紧要的政务。一般情况下，担任南京六部尚书的大臣，都为在朝失势者，讲得体面一点就是把他们放在南京养老，说得难听一点，就是发配南京让他们远离最高权力中心。