朱棣发动的靖难之役，在深受儒家思想浸染的齐鲁大地上的人们看来，简直就是大逆不道，就是犯上作乱，山东军民处于维护大明王朝统一的考虑，曾于建文二年（1400）与南犯的燕军分别在德州、济南、东昌三地展开过三场激烈战斗。战斗有胜有败，一度阻碍了燕军南进的步伐，但最终没能改变朱棣登极代替建文帝的事实。
德州战役，朱棣收粮百万石
德州历史上最惨烈的战争是发生在明初的靖难之役。以建文帝为首的南军将交通便利的德州作为其北伐基地，征战的粮草和军队，从四面八方纷纷向德州集中。为了确保粮草安全，建文二年（1400）春，南军在德州仓以北以东区域修建了十二连城。十二连城南起现在的北营、张庄，北至哨马营，西倚运河，东至长庄王家道口，南北长约4公里，东西宽2.5公里。从南至北依次为：鲍家城、夏家城、王家城、何家营城、肖家城、顾家城、瞿家城、白贺城、钱家城、哨马城、边家城、陈家城。因十二连城是驻兵打仗的军事堡垒，故老百姓口语相传中，就称其为“十二连营”。
十二连城大部分刚刚建好，甚至有的才建了一半，二次北征的膏梁竖子李景隆，率60万大军在白沟河一带被燕军打得一败涂地。李景隆单骑跑回德州，燕军穷追不舍，一直追到德州城下。还没有完全建好的德州十二连城，也就仓卒间应用于战斗。
四月三十日，燕军开始进攻德州。南军凭借十二连城，与燕军展开了生死搏斗。可惜，德州保卫战才打了几天，燕军就迅速占了上风，李景隆也放弃德州逃奔济南。
五月九日，德州城被燕军攻破，得粮100万担，大大壮大了燕军的实力。由于燕王发动的“靖难”之役为不义之战，遭到各地官民强烈抵抗，军队连连受挫，燕王遂下令每攻一城池，屠其城，赤其地，残杀百姓，即所谓“燕王愤甚，燕京以南，所过为墟，屠戮无遗”，德州的受害程度可想而知。
济南战役，朱棣险些遭暗算
夏天的德州之战后，大获全胜的朱棣立即率领燕军分两路向济南行进，一路沿陵县、临邑进发，一路由平原、禹城、齐河进发，企图拿下济南城，打通两京之间的通道。指挥济南保卫战的将领是邓州人铁铉。铁铉，是元朝色目人的后裔，性情刚决，聪明敏捷，其才干深得明太祖朱元璋器重，由国子生被选为礼部给事中，后调任都督府断事。建文帝时，铁铉升任山东参政。
六月八日，燕军大举围攻济南城，此时的铁铉与山东都指挥盛庸则紧密合作，沉着应战，他们一起整顿兵马，训练兵士，决心死守济南城。
朱棣先是用箭向城内射了一封劝降信，铁铉等人誓死不投降。朱棣遂下令攻城，在四周筑起堡垒昼夜攻打。铁铉等人亲自督促军民固守，屡出奇谋焚毁燕军的攻城器械，还派出小股部队潜出城外，攻击扰乱敌营。济南城久攻不下，朱棣只能继续合围。
三个月后，朱棣命令燕军在城外筑起高坝，挖开大清河河道引水灌城。铁铉招募水性好的勇士，悄悄在水中撬塌了堤坝，水反流灌进了燕军军营。朱棣极为恼怒，斩了负责灌城的将官，重新让人筑坝灌城，济南城一时之间变成了水城。
为了济南城内百姓的安全，铁铉计划诈降，以诱杀朱棣。他派人暗中在城门上放置千斤闸，要求燕军退后10里，由朱棣单骑入城接受投降。燕军连日征战，已经极其疲惫，朱棣闻听铁铉要降大喜，遂令军士移营后退，自己则带数名护卫入城。
朱棣刚进城门，预先设置好的铁闸轰然落下，砸烂了朱棣的马头，朱棣知道中计，换马急忙往回跑。回营之后，朱棣非常恼怒，发誓“不破此城，不擒此贼，誓不回军”。命令士兵背土填河，架云梯攻城。
两军相持中，燕军运来了数门大炮轰城。火炮射出的石弹特别厉害，一旦命中，就将坚固的城墙砸个窟窿。眼看济南城将破，铁铉急中生智将明太祖朱元璋的画像悬挂于城墙上，燕军在远处看得清清楚楚，不敢继续开炮，否则就会使主子背负“大不敬”的罪名。朱棣无可奈何，下令停止攻城，济南城得以保全。
由于铁铉率领济南军民顽强坚守，燕军猛攻三个月也没有攻下济南城，此时又传来建文帝派出的20万大军准备收复德州掐断燕军粮道的消息，朱棣便听取了谋士姚广孝的建议，暂时撤回北平，重新谋划绕开济南的南下路线。
东昌战役，朱棣痛失爱将张玉
秋天的济南之战后，建文帝由于济南之战的胜利，任命盛庸为大将军，统率各路大军，又任命铁铉为兵部尚书，辅佐大将军作战。南军气势高涨，准备趁势北上攻击。但目睹冬天的来临，急红了眼的朱棣再次发动了更加惨败的“东昌战役”。
十二月，朱棣在采用“声东击西”的战术夺取沧州之后，绕开济南沿运河来到临清，移屯馆陶，掠大名，抢汶上，劫济宁，焚军饷。盛庸、铁铉率兵蹑其后，营于东昌。先锋将孙霖营滑口，燕将朱荣、刘江袭破霖军，都指挥使唐礼被执，孙霖逃走。
二十五日，燕军来到东昌城下，盛庸率部出城迎击。朱棣仍然亲自率军冲锋，沿用之前的战术，先冲击其左翼，但因盛庸部署了精锐步兵于彼而不动；然后又冲击其中坚，盛庸开阵将朱棣诱入，然后合围。朱棣被重重包围，燕将张玉、朱能（一说还有朱高煦）分别引兵来救，朱能（或朱高煦）负责杀入重围援救朱棣，张玉则负责吸引分散敌军，终于朱棣和朱能（或朱高煦）会合，逃离战场。但大量燕军士兵被预先布置的火器剑弩所伤，朱棣爱将张玉中箭而死。急切盼望登上皇位的朱棣不得不再次退回北平。
公元1400年发生在山东境内德州、济南、东昌的三场战役，可谓是朱棣靖难之役中所经历的大喜大悲之变局。夏天的德州战役，使朱棣得到了充足的军事补给，为其继续南下夺取政权奠定了经济基础。而秋天的济南战役和冬天的东昌战役，朱棣又被盛庸、铁铉率领的朝廷军队打得损兵折将、溃不成军，几乎使他取代建文帝的梦想化作泡影。但这三场战役，不仅将山东儿女历来具有的忠君思想演绎的淋漓尽致，同时也向世人证明了作为孔孟之乡的山东大地历来是正义之邦。但老谋深算的朱棣，及时吸取了这几次战役失败的教训，不得不绕开山东直逼南京城下，最终还是登上了他梦寐以求的皇帝宝座。
