1946年4月，陶峙岳受时任国民党西北行营主任兼新疆省主席张治中邀请，出任新疆警备司令，负责负责维护地方秩序。
当时，陶峙岳备受国民党军内部排挤，以至于在酒泉担任河西警备司令，实权几乎都被胡宗南剥夺，心情正是郁闷，恰在此时受到邀请后，欣然同意赴任新疆。
张治中后来被抽调至军调处后，陶峙岳就出任了新疆省主席兼新疆警备司令，彻底掌握了新疆军政大权。
也因为任职关系，整个解放战争时期，陶峙岳不仅没有同我军作战，反而还在张治中影响下，做了许多有利于我党我军以及人民的事。
不过，陶峙岳也并没有想到，正是这一决定，让他后来走上了一个光明的前程。
至1949年春，随着渡江战役在即，新疆的战与和也被提上议事日程，当时张治中遵照周恩来指示，给在新疆的陶峙岳发去了一封电文，建议他根据形势维持新疆稳定，并在关键时刻举行起义。
陶峙岳同意张治中的主张，还积极抵制了李宗仁意图调新疆的国民党军驰援各地战场，但那时候他秘密筹划起义，其实也有很多阻碍，并不是一蹴而就的。
一陶峙岳虽然掌握新疆军政大权，但奈何当时新疆局势混乱，反动势力遍布新疆军政各界，仅凭陶峙岳一个人，是很难控制的。
当然，陶峙岳治理新疆多年，是左右是影响新疆局势走向的关键人物，他利用身份，也提拔了不少亲信到各个要害部门去掌握实权，比如堂弟陶晋初就出任了新疆警备司令部参谋长。
另外，总部所属八大处中，除情报处、政工处人员无权任命外，其它各处都先后调换了人。
可即便如此，局势也不是陶峙岳一个人说了算。
1949年3月，陶峙岳在新疆警备司令部召开军事会议，就新疆未来发展征询所有人看法，结果会上一批反动军官鼓动要“为党国而战”。
陶峙岳考虑再三，也只能暂时偃旗息鼓，以待时变，他在会上写下四个字“保国安边”，模糊的表达自己的观点。
显然起义并不能一蹴而就，要徐徐图之。
从49年3月至9月的半年多时间里，陶峙岳通过广泛的宣传教育，在全疆部队中半公开的做了大量的起义工作，当时驻北疆的绝大多数官兵都已经接受了起义主张，唯独只有驻南疆的部队因为太分散，做工作颇为不便。
1949年8月19日，陶峙岳以检查部队后勤工作为名义，与南疆警备总司令赵锡光会面，赵锡光作为一名爱国将领，当时也倾向于起义，所以陶峙岳整个准备工作做的都很顺利。
即便如此，仍然还有一小撮顽固分子，拒绝起义，企图负隅顽抗。
陶峙岳“视察”南疆回到警备司令部不久，陶晋初就告诉他，下面部队时不时的来电话询问司令到南疆的事儿，这让陶峙岳也忍不住心头一沉。
事实上，就在陶峙岳回到司令部不久，国民党整编78师师长叶成就打来电话，并且暗含威胁意味的询问：
“总司令是不是去南疆与赵副司令商议，举起白旗向共产党投降之事！”
陶峙岳勃然大怒，拿出总司令的威严警告叶成：
“叶师长，你作为一师之长，说话可要注意影响呀！”
叶成是浙江青田人，黄埔三期毕业，从这一出身经历不难看出，他本身是国民党军嫡系出身，对蒋介石十分忠诚，同时也是起义最大的阻碍，毕竟他手里掌握的可是一个整编师几万人。
当然，像叶成这样的人也不只有一个。
这批人代表的就是国民党军嫡系派中最顽固的人。
二当时，驻新疆的国民党军主要有三个整编师，又分为两派。
其中一派就是以原来胡宗南部国民党军嫡系为主，包括整编42师、整编78师。之前我们提到的叶成就是整编78师师长。另外还有以赵锡光为师长的整编42师。
赵锡光我们之前提到过，他是一位爱国将领。
另外一派就是马家军派系，主要以马呈祥率领的整编骑兵第一师为主。
马呈祥是马步芳的外甥以及侄女婿，亲缘关系可谓深厚，所以马呈祥对马步芳十分忠诚，他之所以入新疆，主要是受国民党当局指示，去镇压新疆三区革命运动，蒋介石虽然不愿看见这个局面，但鞭长莫及之下，只好默认了这个事实。
以叶成、马呈祥为首的国民党军顽固派，是新疆起义最大的障碍。
1949年8月26日，兰州解放后，西北的局势基本上就已经稳定，可叶成、马呈祥仍然持反动态度。
当时，陶峙岳视察南疆回来以后，就以吃饭为名义，邀请叶成、马呈祥以及罗恕人（时任整编178旅旅长）来谈话。
可即便陶峙岳将军话里话外几番暗示，三人都不接茬，马呈祥虽然不是嫡系出身，但他对马步芳很忠心，加上当年西路军之事，马家军同我军有血海深仇，所以他也很抗拒起义。
“我马呈祥无论如何不困死在这荒漠之中，就是提着脑袋出疆我也心甘情愿。我们马家军是家族式的，一荣俱荣，一亡俱亡……”
显然这样的谈话注定不可能会有结果。
事实上，叶成、马呈祥几人也不傻，他们早就从陶峙岳若有若无的表现就看出情况有些不对头，所以私底下密谋，想要破坏起义。
起义前夕，叶成几次电请胡宗南，早就得到胡宗南授意，必要时把部队拉去南疆，如果陶峙岳不从，可裹挟他随部队一起转移。
叶成后来秘密召集了一批反动军官密谋，并有了一个详细的计划。
不过，他们对陶峙岳，还是留了一番脸面，为后来新疆和平起义算是做了一点贡献。
1949年9月20日深夜，叶成与马呈祥、罗恕人密谋之后，决心先动手，清理新疆警备司令部，抓捕刘孟纯、屈武、陶晋初等人，部队未行动时，叶成当先一步赶到陶峙岳住处，计划控制住他。
只是没想到的是，陶峙岳口才出众，他听了叶成汇报后，吃惊之余立马嘱咐叶成，召集马呈祥、罗恕人等人，晓以利害关系，劝说几人放弃反动计划。
“你们要捕人,第二步怎么办?新疆情势特殊，一声枪响，能保住地方不动乱?这样于你们有什么便宜？”
陶峙岳一句话，说的三人面面相觑。
叶成、马呈祥、罗恕人三人中，马呈祥是最先被说动的，因为他本就不是国民党军嫡系，大势所趋之下，他只能被叶、罗二人裹挟着走，他其实很早就与陶峙岳有过沟通，陶峙岳也答应他，放他东归与家人团聚。
叶成、罗恕人意欲裹挟部队走，本质上也是为自己考虑，毕竟他们手上血债累累，担心起义后被我军清算。
本来像他们这一批人，在起义之前就应当被扣留，但陶峙岳考虑到新疆局势太复杂，不愿多生事端，一再晓以利害，最终劝服了他们。
1949年9月21日，担心三人有所反复，陶峙岳还专程赶赴老满城骑一师部劝说，当时叶成、马呈祥等人正同他们的党羽一起开会，见陶峙岳亲自赶过来，心里很不安，可随后发现陶峙岳竟然只带着一个警卫，孤身一人赶到，心下也就释然了。
三在所有的反动军官中，马呈祥是比较特殊的，毕竟他不是嫡系身份。
马呈祥去台之心，并不像叶成那么坚定，所以他一开始的想法就是脱离部队，然后到海外去定居，做一个寓公。
陶峙岳也很赞同，毕竟少一个阻碍，对将来起义是一个很大的臂助，不过在走之前，陶峙岳严令马呈祥放下手中的军权离开。
马呈祥遵照陶峙岳意见，把师长一职交给了部整七旅旅长韩有文代理。
1949年9月24日深夜，在陶峙岳正式宣布新疆起义的前夜，马呈祥、叶成、罗恕人等一大批不赞同起义的军官以及其家属在骑一师特务连的1个排的护送下，从迪化老满城军部出发。
当然，为了防止他们在关键时候捣乱，对于这批人的行程，陶峙岳进行了严格的掌握，抵达阿克苏后，在当时驻军整编235旅看管下，还被缴了械。
马呈祥等人一见要被缴械，吓得还以为是要处理他们，当即就要逃跑，结果被当地守军控制住无法动弹。
后来他们才发现，自己的担心纯属多余。
据马呈祥的随从副官马得勋回忆，部队当时驻扎在阿克苏时，还发生了个意外，叶成上厕所时被一士兵击伤了肩膀，后来才了解到，是一名原来在他麾下的士兵开小差被抓，差点被叶成枪毙，此人后来出于报复，故意打了叶成一枪。
当然，绝大多数人都是抱着看笑话的名义，这些士兵中也有不少油滑者，见叶成、马呈祥等人包袱沉重，借口以军饷没发为名，向几人勒索黄金。
叶成装作畏惧，竟然一毛不拔，马呈祥无奈，只好自掏腰包解决。
一行人抵达喀什后，受到了时任国民党南疆警备总司令赵锡光的接待，特别是对马呈祥，临行时还赠送了500两黄金
马得勋后来推测赵锡光这样做的原因：
“马呈祥虽没有谈及此事，但我们当时有两种看法：一是马呈祥曾将阿克苏事件的经过向赵谈过，赵锡光知道后甚为生气，因李祖堂旅是其所部，所以他照样拿出500两黄金作为补偿；二是过去酝酿新疆警备副总司令人选时，原拟由马呈祥出任，但马认为那是个副职，又怕离开部队，实权旁落，遂顺水推舟，给赵锡光做了个人情。赵为此感激在心……”
尽管一路波折，但马呈祥一行人还是都逃走了。
新疆“九.二五”起义后，有人指责陶峙岳不该放走敌人的反动军官，陶峙岳为此很苦恼，后来还是毛主席发了话：
“（陶峙岳这一举动）不但没有错，而且应该给予表扬，这有利于全局。对不愿起义的人员，中国共产党历来不强求，可以来去自由，送他们出境是明智之举。”
王震当着许多将领的面亲自传达毛主席这一指示：
“新疆和平解放对国家对人民都是一件功在当代，利在千秋的大事，幸事。陶峙岳将军果断机智地排除了反对派的阻挠，成功地领导了国民党部队的起义，对国家做出了巨大贡献。虽然看似放走了反动派叶成、马呈祥等人，但是，保全了部队内部的安定，避免了流血事件的发生，经过努力宣传引导后，部队将士普遍认同归顺社会主义阵营，从而使得起义过程秩序井然。对陶峙岳将军的义举我们不但要肃然起敬，更要认真学习老将军顾全大局的爱国精神。”
