曹操的妹夫因故被诛杀，曹操因受牵连而被免去了官职，但后来因为曹操在古学方面的造诣深厚，又被重新征召任命为议郎。

在此之前，大将军窦武和太傅陈范曾密谋诛杀宦官，但反被宦官所害，曹操为此上书陈述窦吴等人的正直，以及他们遭受的陷害，指出朝廷中奸邪之人当道，善人被排挤，言辞十分恳切，但灵帝并未采纳他的建议。

此后灵帝下诏书给三辅太尉司徒司空，要求他们举荐并弹劾那些治理州县不利，导致民间出现谣言的官员，并予以免职或罢免，然而三公们却都偏袒权贵，迎合皇帝的心意，导致贿赂横行，强者横行霸道而不受惩罚，弱者坚守正道，却常被陷害，曹操对此深感忧虑和愤慨。

同年，因发生灾害和异象，灵帝广泛征询意见以了解朝政得失，曹操借此机会再次上书恳切的劝谏皇帝，指出三公在举荐和弹劾时，专门回避权贵和亲戚的问题，奏章呈上后，天子深受触动，将奏章展示给三公看，并责备他们，那些因谣言被征召的官员，都被任命为议郎，然而此后朝政日益混乱，豪强和狡猾之徒更加猖獗，曹操知道已经无法挽回局势，于是就不再进言了。

在光和年，黄巾军起义爆发，曹操被任命为骁骑都尉，负责讨伐颍川一带的黄巾贼，随后他又被调任为济南国相，济南国辖有十多个县，但当地的官员大多依附权贵，贪赃枉法，声名狼藉，曹操上任后，立即着手整顿立治，上奏朝廷，罢免了其中八个贪赃枉法的官员，同时他严禁营私活动，使得那些违法乱纪之徒纷纷逃窜，济南国的政治环境得到了显著改善，社会秩序井然。

此外，济南国还存在一个特殊的问题，那就是成阳景王刘璋，因为对汉朝有功，所以他的后代在济南国建立了许多祠堂，随着时间的推移，这些祠堂的数量不断增加，甚至达到了600多座，一些商人甚至假借高官的名义，穿着华丽的衣服，前呼后拥的进行祭祀活动，奢侈之风日盛，这导致百姓生活贫困，但历任长吏都无人敢禁止，曹操到任后，不仅毁坏了这些祠堂的房屋，还严禁官吏和百姓在进行祭祀活动，后来他掌权时，更是彻底清楚了这些奸邪鬼神之事，使得社会上的营私活动从此绝迹。

过了很久，朝廷征召曹操回京担任东郡太守，但曹操没有接受任命，而是以生病为由辞官归乡。

当时朝廷大权被权臣所掌握，而贵戚们则横行霸道，为非作歹，曹操不愿违背自己的原则去迎合他们，因此多次与他们发生冲突和抵触，他担心这样下去会给家族带来灾祸，于是请求留在京城担任议郎之职，但常常以生病为由请假回到乡里，他在城外建造了房屋，春夏时节便专心研读经史传记，秋冬时节则进行狩猎活动，以此来自我娱乐和排遣。

不久之后，冀州刺史王芬，南阳的许攸，沛国的周京等人联合了一些豪杰之士，密谋废除汉灵帝，并打算拥立合肥侯为新帝，他们曾将这一计划告知曹操，但曹操却拒绝了他们的邀请，最终王芬等人的计划失败，

根据司马昭的九州春秋记载，当时陈藩的儿子陈怡与庶世侯项凯在王芬的聚会上相遇，项凯对陈怡说，根据天象来看，宦官们的运势不利，黄门长侍这些宦官们将会遭到灭族的灾难，陈怡听后非常高兴，王芬则趁机表示，如果真是这样，他愿意亲自出面来驱除这些宦官。

而曹操之所以拒绝参与这一计划。曹操说，废立皇帝这样的大事是天下最不祥的事情，古时候有人权衡利弊，计算得失后决定行动的，如伊尹，霍光便是这样的例子，伊尹心怀志忠之诚，凭借宰臣的地位，处于百官之上，所以他能够进退自如，废帝之事也都能顺利实行，而霍光则是受托国之重任，凭借宗臣的地位，内有太后秉政的支持，外有群臣同心的助力，昌邑王即位时间不长，尚未树立权威和崇信，朝中又缺乏正值的奸臣，决策都出自亲近之人，因此他的计划能够像转动圆轮一样顺利，事情也能像摧毁朽木一样轻易成功，然而如今你们只看到过去那些成功的例子，却没有看到当前形势的艰难。

你们自己掂量一下，你们劫众连党，与当年的七国之乱相比又如何呢？七国之乱时，吴王等诸侯王势力强大，地广兵多，尚且不能成功，而你们现在的情况，无论是从实力，声望，还是人心向背来看，都远远不能与七国相比。

曹操继续他的论述说道，再来看合肥侯的尊贵地位，他怎么能与昔日的吴楚七国之乱中的诸侯相比呢？吴楚七国拥有广袤的封地和强大的军事实力，即便如此，他们发动叛乱也未能成功，而今你们却想要在没有足够实力和正当名义的情况下，做出这种非常之举，希望能够一举成功，这岂不是太危险了吗？

于是曹操与许攸等人开始秘密结盟，共同商讨对策。

汉灵帝打算北巡至河涧他的旧宅，而王芬等人则密谋借此机会发动政变，他们上书朝廷，谎称黑山一带的盗贼正在攻击并劫掠郡县，请求允许他们起兵平叛，然而就在这时，北方天空出现了赤色的云气，横跨天际，异常壮观，太史们观测到这一现象后纷纷上书说，这是有阴谋的征兆，陛下不宜北行，汉灵帝听后便取消了北巡的计划，并下诏命令王芬等人停止征兵行动。

不久之后，朝廷又征召王芬入京，王芬得知消息后感到十分恐惧，担心自己的阴谋败露会遭到严厉的惩罚，于是选择了自杀。

在金城地区，边章和韩遂等人杀害了当地的刺史和郡守，以叛乱的名义聚集了十多万人众，导致天下动荡不安。

为了应对这一局势，朝廷征召曹操担任典军校尉一职，然而就在此时，汉灵帝突然驾崩，太子即位，并由太后临朝听政，大将军何进与袁绍等人密谋诛杀宦官，但太后并未听从他们的建议，于是何进决定召董卓进京，希望借助他的力量来胁迫太后，然而董卓尚未到达京城，何进就已被杀害。

董卓到京后，废除了皇帝，改立宪帝，导致京都陷入一片混乱之中，董卓上表朝廷，任命曹操为骁骑校尉，并希望与他共商大事，但曹操深知董卓的野心和残暴，不愿与其同流合污，秘密离开京城返回东方。

在出关途中，他经过中牟县时，被亭长怀疑身份被逮捕并押送至县衙，幸运的是，县中有人偷偷认出了他，并为他求情，使他得以解脱。

董卓随后杀害了太后和废帝，进一步巩固了自己的权势，而曹操则逃到了陈留郡，他散尽家财，召集义兵准备讨伐董卓，在公元189年的冬天12月，曹操正式起兵，揭开了他一生征战天下的序幕。