太平天国灭亡的原因众多，比如农民阶层在思想上的局限性，战略上的失误，领袖们的腐朽、以及内部的自相残杀等。另外，还有个原因很少被提及，就是没有和友军搞好关系，相互配合，甚至坐视友军被消灭，最后也使自己势孤力单，不可避免地走向灭亡。

　　1853年，上海小刀会在太平天国的影响下，也聚众起义，占领了上海县城。其首领刘丽川也曾上书太平天国，表示接受其领导。

　　小刀会起义后，清廷被迫从围困天京的江南大营抽调兵力，南下镇压小刀会。

　　此时太平军如果南下，配合小刀会作战的话，小刀会有可能不会那么快覆灭。但太平军没有任何行动，小刀会坚持了一年多，到1855年1月彻底失败。

　　太平天国领导层是如此，著名将领石达开则做得更过分。

　　天京之变后，石达开率部出走。湘军在胡林翼等人的指挥下，围攻九江。早在湖口大捷前，清军就曾围攻过一次九江，不过以失败而告终。此次湘军卷土重来，水陆并进，势力更为强大。

　　1857年10月，石达开出走后，来到安庆，视九江安危于不顾，甚至绕开九江，屯军于景德镇，并招收旧部。湘军在占领湖口时，石达开除了见死不救外，还将附近的太平军都调去景德镇集合，这种釜底抽薪的行为使九江最终孤立无援。次年5月，九江被攻破，林启荣所率的九江守军全部战死。

　　1859年，石达开带领十几万人，发动了著名的宝庆会战，却被几万湘军以少胜多。石达开逃入广西老家，占领了庆远。

　　自太平军离开广西后，陈开、李文茂等人率领的天地会起义军进入广西，建立了大成国，一度占领了大半个广西。此时，大成国正遭到湘军蒋益澧、刘长佑等军队的围攻，情况十分危急。大成国闻知石达开部进入了广西，派人向石达开求救。石达开不知怎么想的，竟然没有派人救援。

　　大成国最终灭亡，陈开被俘牺牲，余部投奔石达开。

　　 除了石达开外，忠王李秀成等人也犯了同样的毛病，在安庆保卫战时，李秀成见死不救，拥兵自重，坐视陈玉成在安庆外围浴血奋战，直到城破身死。陈玉成死后，太平天国末日也就不远了。

　　太平军未能和天地会搞好关系，也是导致其最后败亡的主要原因。

　　早在金田起义后不久，天地会会众纷纷来投靠，包括罗大纲、张钊等人。但因为洪秀全等人坚持让其改变信仰，加入拜上帝会，导致这些原本可以成为友军的人除了罗大纲，其余纷纷离去，有人甚至加入了清军，与太平军为敌。

　　湖南一个天地会首领洪大全（原名焦亮）在投靠了太平军后，因为指出了太平军诸多问题，最后竟被关了起来。在永安突围时，洪大全被扔给了清军，使他被俘，惨遭杀害。

　　总之：太平军因为自身目光短浅，未能团结友军，与他们并肩作战，致使他们被清军各个击破，最终相继走向败亡。