1621年，后金已经攻陷了整个辽东半岛，开始对辽西推进。

明朝派遣王化贞为辽东巡抚，镇守广宁；熊廷弼为辽东经略。两人将相不和，给努尔哈赤提供了可趁之机。

1622年正月，带领金军攻打广宁，广宁陷落。此后，熊廷弼和王化贞都被处决。

然而，努尔哈赤攻下广宁后，有四年的时间没有对辽西发动进攻，这给明朝的反攻提供了机会。

这四年的时间内，辽东大乱，努尔哈赤无暇西顾。原来努尔哈赤非常仇视汉人，他占领辽东后，就将他们迁徙，圈占汉人的土地，强制汉人剃发，甚至将汉人沦为奴婢。

在这样的情况下，辽东的汉人大多数选择了逃亡。根据文献记载，当时逃亡到关内的百姓大约百万，涌入朝鲜的也多达几十万，还有几十万逃到沿海的岛屿上，从辽东渡海到了山东的也有数万之多。

没有能够逃走的就据守城池、山林，向水井投毒，消极生产。当时辽东的生产遭到了毁灭性的破坏，后金出现了粮食危机。而努尔哈赤则采取屠杀的方式来镇压汉民的反抗。

1621年，王化贞派遣毛文龙到辽东去接应汉人起义，对东北的战局造成了很大的影响。

毛文龙，浙江杭州府钱塘县人，从小“耻学举子业，好孙吴兵法”。9岁的时候，其父亲去世，母亲只好寄居娘家，得到舅舅沈光祚的照顾。

1605年，在沈光祚的推荐下，毛文龙得以参军，加入了李成梁的军队。当时辽东进行武举考试，毛文龙取得第六名的好成绩。1608年，他成为叆阳守备。

毛文龙接到王化贞的命令，带着197人乘船出发。六月，毛文龙到达辽东海岸，开始不断招抚辽东旧将和汉人，将他们安置在辽东半岛以东的各个岛屿上。

当时，后金尚未建立海军，因而无法威胁岛屿。七月二十日，毛文龙偷袭了镇江（丹东），在辽东引起了轰动，辽东的汉人以为“王师”将至，纷纷投靠毛文龙。一时间，辽东四州纷纷暴动，响应毛文龙。

随后，后金派遣大军镇压辽东起义，击溃了毛文龙的军队。不得已，毛文龙逃到了朝鲜境内。当时，逃亡朝鲜的辽东汉人也多达百万，他们都以毛文龙为依靠，明朝也任命了毛文龙为都司。

此后，袁可立为登莱巡抚，提拔毛文龙为总兵。但是毛文龙进驻朝鲜，使得朝鲜颇感危机，于是朝鲜让毛文龙转移到皮岛。皮岛，现在被称为“椵岛”，当时是无人居住的岛屿。因此，该岛既不属于朝鲜，也不属于明朝。

毛文龙到了皮岛后，建立了东江镇，成为了辽东后方的游击根据地。至此，明朝在海外多了一块岛屿。此后，袁可立和毛文龙相互配合，在辽东取得了一些战绩。

袁可立曾经策反后金女婿刘爱塔，毛文龙联兵策应，夜袭金州，收复旅顺，连克金、复、盖三卫，后金“四卫已空其三，沿海四百余里之地奴尽弃之而不敢据，所余者酉虏千人而已。”这样的胜利，这是明朝在萨尔浒之战后的第一次反攻。

但是，就在朝廷以为毛文龙大有可用的时候，毛文龙却打起了自己的小算盘。他经常谎报战功、杀良冒功，以获得朝廷的物资支持。

实际上，这些物资大多进了个人的腰包。毛文龙还在明朝、后金、朝鲜之间搞起了中转贸易，自己大发横财，实际上就是国难财。

自己的财富增加了，抗金斗志却下降后。此后，毛文龙基本上不主动出击，使得自己的牵制价值有名无实。

因此，在1626年，努尔哈赤得以镇压辽东之乱，然后带领大军进攻宁远。这一年，努尔哈赤去世，皇太极上台。

为了打击毛文龙的势力，皇太极于1627年派遣5万大军东征朝鲜，迫使朝鲜停止对毛文龙的援助，并铲除了毛文龙在朝鲜半岛上的基地。此后的毛文龙只能龟缩于皮岛。

鉴于后金不断强大，毛文龙开始成为了朝秦暮楚。一方面，他继续担任明朝的将军，另一方面又暗中和皇太极通信，甚至谈论投降的条件。

就在毛文龙准备投降皇太极的时候，他却意外被袁崇焕给杀了。实际上，袁崇焕并不知道他已经暗中投降后金，只是觉得他空有牵制之名，实际上耗费巨大，应该调回辽西。

1628年5月，袁崇焕以阅兵为由会见毛文龙，并趁机将他杀害。袁崇焕杀毛文龙后，为了安抚其部下，又增加了东江军的粮饷。

但是东江军的部将孔有德、尚可喜、耿仲明对此非常不满。这些将领此后大多数都投靠了山东的登莱巡抚孙元化。

1631年，祖大寿受困大凌河城，孙元化派遣孔有德等前往支援。然而，孔有德到达吴桥后，立即发动了兵乱，在山东境内连陷数城，史称“吴桥兵变”。

孔有德攻陷了登州后，得到了旧兵六千人、援兵千人、马三千匹、饷银十万两、红夷大炮二十余位，西洋炮三百位。1632年，孔有德、尚可喜、耿仲明等正式投降后金。

孔有德等给后金带去了急需的舰队、红夷大炮及匠人，所以皇太极亲率诸贝勒出盛京十里迎接。此后，孔有德的一万军队被设置为“天佑兵”。

在之后清朝的征战中，孔有德、尚可喜、耿仲明发挥了重要的作用，地位也非常重要。自从有了先进的火炮，明军的优势也就不复存在，清兵的作战能力进一步提升。

毛文龙被杀后，皮岛防御陷入了混乱状态。1631年，皇太极调遣骑兵1500人，步兵4500人，进攻皮岛。但是由于后金军船只匮乏，士兵习水战，最终失败。

1637年，皇太极派遣孔有德、耿仲明等汉军进攻皮岛，终于将皮岛拿下。此战，标志着清朝完全取得了对辽东和沿岸的控制权。

皮岛沦陷后，明朝曾经多次出兵试图收复。1643年，明朝海军到达皮岛，然而被朝鲜守军击退。第二年，明朝就灭亡了。因此，皮岛就被朝鲜占据了。