1859年（咸丰9年），太平天国因天京内讧、石达开闹分裂率大军出走等一系列变故而屡遭重挫，之后在洪仁玕、李秀成、陈玉成等人的竭力辅佐下，天王洪秀全打起精神，重建了领导核心，试图挽回日益衰败的的颓局。

1860年3月，太平军后起之秀、忠王李秀成率军袭占杭州，在清军江南大营被迫分兵救援时迅速回师北上，会同李世贤、刘官芳、陈坤书、杨辅清、陈玉成等部约10万大军攻破江南大营。随后，太平军乘胜东进，连破丹阳、常州、无锡、镇江等地，李秀成旋即挥军攻占苏州，并在此建立了苏福省，不仅开辟了新的地盘、税源，还夺得大批财物、粮食以及枪炮弹药等作战物资。

正是在这种新的形势下，带勇出征六、七年仍然只是兵部侍郎衔的曾国藩终于在当年6月等来了朝廷特赐的兵部尚书衔，并署理两江总督。因彼时清廷的经制之兵八旗、绿营早已被太平军打残，或因腐败而不堪一用，因此只能把平定“发匪”的希望全部寄托在曾国藩等人编练的团练武装——湘军身上了。而左宗棠此时也因“樊燮构陷案”沦为被控查办的对象摇身一变为清廷急欲罗致重用的人才。当然，这都要归功于曾国藩、骆秉章、胡林翼等人不遗余力地营救、举荐。不过，当时左宗棠并不知晓朝廷的意图，而且他在曾国藩设在安徽宿松的湘军大营中收到了儿子左孝威得了重病的消息，于是急匆匆离开宿松大营，搭船返回湖南。就在同一天，左宗棠前脚刚走，朝廷的谕旨后脚便送达宿松军营——

“命兵部郎中左宗棠以四品京堂候补，襄办署两江总督曾国藩军务”。 《清实录》

左宗棠风尘仆仆抵达长沙后，得知曾国藩署理两江总督的消息，并接到了曾氏转来的朝廷谕旨。才高八斗却半生坎坷的他喜出望外，做梦都没想到自己因祸得福，竟在横遭冤案后官升数级， 还被赋予统兵之权，这可是他梦寐以求的事啊！他在写给朋友的信中感慨道：

“恩遇优渥，实非梦想所期”。《左文襄公全集》

知悉具体工作职责的左宗棠立即着手规划，准备招募、遴选2000多位年轻精壮之士训练成军，以备调遣。不久，他接到曾国藩的命令，让他募选5000人， 练成后奔赴皖南前线。之前曾国藩曾上奏清廷，在奏折中大力举荐左宗棠，明确回复了咸丰帝对能否启用左宗棠的问询，说眼下正值朝廷用人之际，而左宗棠人品端方，才堪大用，可以命左宗棠办理湖南团练（团防）之事，或派他到地方担任藩（台）、臬（司）等官职，他一定能安心任事，对朝廷忠心无二，这样安排对时局大有好处云云。

曾国藩的信任和器重让左宗棠很感动，同时也备受鼓舞，他立即回信，表示严格遵行，并在军事全局上向曾国藩提出两点建议：（1）、先以部分军队原地待命，为将来进一步收复苏南等地做准备；（2）、大力整饬江西军务，极力筹集粮饷事宜。

随后，左宗棠开始在湖南筹建军队。他网罗了一批原先在曾国藩、曾国权麾下效力、有带兵作战经验的将领作为骨干，比较出名的有崔大光、李世颜、朱明亮、戴国泰、黄有功、蒋益澧、罗近秋等，然后再由他们具体负责招募勇丁。他仿效曾国藩，规定兵勇应该朴实、勇敢、服从，以黑脚杆农夫为主。

鉴于当时湘军招募的兵勇大都是湘乡、宝庆（今邵阳） 一带的人，而且全国各地练勇也喜欢招募湘乡籍男丁 ，以一两县之人难以满足那么多地方的征调、需求，因此，左宗棠招募的团勇以长沙、湘阴、醴陵一带的人为主，其中还包括部分郴州、桂阳籍勇丁，为区别于湘军，他特地为之取名“楚军”。才气纵横又耐得烦剧的左宗棠还确定了楚军的营制，包括每营人数、军队规模、军粮配给、军饷数额等标准、训练项目、时间等等。长沙、湘阴一带的农夫听说“左三爹爹” 招兵买马，都踊跃报名，每天在校场上刻苦训练，击刺、射击技艺渐有长进。

楚军的招募、管理、 训练等繁琐之事渐渐有了头绪，左宗棠遂自任统帅，将楚军分为前、后、左、中、右5营，中营1280人，其余各营500人；另设前、后、左、右4大哨，每哨320人；亲兵8队，每队25人；另有伙夫、长夫、杂役等若干人。此外，他还聘请相关专业人士担任管理、统筹职务。至此，太平军的另一强劲对手——楚军组建完毕。

左宗棠组建的这支团练武装，从名称到内部架构、招募对象以及实际战斗力上都有别于湘军，他之所以为之取名“楚军”，既是为了与其恩公曾国藩的嫡系湘军有所区别，也表明他不甘久居于人下、有意另辟蹊径，更不愿意长期受制于曾国藩。当然，尽管左氏极力在这支军队身上赋予属于自己的色彩，但不可否认的是，它仍是中国近代史上广义的湘军之一部分，或被视为湘军分支。

据说，曾国藩得知左宗棠将其所募之军命名“楚军”，心中也有一丝不悦，曾国荃、彭玉麟更是质疑老左真实用意，但大敌当前，急需用人，也就不再去深究此事了。此事后来也为“曾左不和”埋下伏笔。

左宗棠在湖南招募了大批兵勇后，又将曾国藩弃将王錱的旧部收聚，共得5804人，史称楚军。这年8月份，他率楚军经醴陵直趋江西，先在江西东北部与太平军进行了几次交锋，后转战浙江，屡立战功，1861年被清廷任为浙江巡抚。

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