清代的总督和尚书都是从一品大员，从法律的角度来说，他们之间不属于上下级关系，只是在特定的工作范围内，总督和巡抚才会按照各部的规定行事。
从实际的工作中来看，各省督抚与吏部、户部、刑部打交道最多，与礼部、兵部、工部的交集较少。按照正常思路，吏部分管人事，是最重要的部门，事关官员的仕途前程。
可是清代的督抚们似乎对吏部并不那么畏惧。总督、巡抚作为封疆大吏，一旦出缺是必须皇帝钦点的，吏部起到的作用十分有限。既然在吏部无法从根子上牵制督抚，那么也就谈不上话语权。
那么各省督抚们最怕的是哪个部呢？答案是刑部，从实际的行政运作上来看，太平天国以前的清王朝，刑部对督抚有着极大的制约，甚至关系到他们的自身利益，所以督抚们都尊称刑部为“大部”，一旦在公事上得罪刑部那么将是十分危险的。
刑部之所以能让督抚惧怕，是因为手里有一个“部驳议处”权，部驳议处权的威力很大，其杀伤力主要表现在以下几个方面：
其一、在重大案件上，刑部凌驾于督抚之上。所谓的重大案件，是指充军、流放、发遣以上刑事案件。按照程序，地方官府经过层层审核之后由督抚最终拿出意见，尽管结果要报给皇帝决策，但是刑部在中间发挥了极大的作用。
因为皇帝在决策的过程中，大部分都要征求刑部的意见，所以“依部议”的情况占了绝大多数。说白了，在刑事方面，最终还是刑部说了算。
如果都督的意见是合理的，那么问题也不大，依法治罪便是。但很多时候，督抚们由于非司法专业出身，对各种律、例的掌握不全面，经常会出现重判或轻判的情况。
一旦出现失误，那么后果是很严重的，刑部将会令督抚重新审理。在清代的行政术语中，刑部与督抚意见不同，就称之为“驳”，具有一定意义上的上下级关系。
其二、刑部附带有处分建议权。案件被打回重审，对于督抚来说是一件很头疼的事情，一方面是面子上过不去，会被同僚乃至皇帝认为无能。另一方面重审有严格的时间限制，疲于奔命，且最终的结果也无法预知，一旦重审后刑部还不满意，那么后果将会十分严重。
同时，案件被打回重审时，刑部也会根据相关的律例对各级承审官员，向朝廷提出处分。清代皇帝由于很重视刑名，对官员的处罚力度也较大，一般情况下只要刑部提出处分意见，那么各级官员都会受到相应的处罚。
从清代的相关案例来看，督抚因审判失误而受惩罚十分常见，轻则罚俸，重则革职，所以督抚以及地方官对刑部尤其敬畏。
晚清时期，官僚机构腐败，官场之上处处透露着人情世故。在常理之外，刑部为了显示大部的威风，还经常鸡蛋里挑骨头，处处给督抚们穿小鞋。
各省督抚们经过长时间的磨练，也意识到凡事都要给刑部留面子。比如道光年间陕西按察使张集馨曾经手过一个案件，事实清楚、证据确凿，只要具备基本的法律常识，都不会出现误判。
可是张集馨由于初来乍到，是个愣头青，还不清楚里面的门道，他按照正常的司法程序上报刑部，结果遭到刑部的驳斥。
张集馨百思不得其解，时任陕西巡抚的林则徐为他指点迷津，林则徐告诫张集馨，说各省审理大小案件时，一定要给刑部堂官们留点颜面，如果各省官员都像你这样依法办事、正大光明，那么刑部不就成了摆设了吗？
林则徐言外之意就是说，张集温在审案的过程中一定要留下破绽，这样刑部才有存在感，即便是驳回重审，刑部也不会为难你。这就是所谓的办事要给大部留余地。
六部中除了刑部以外，户部对督抚也有一定的牵制作用，主要体现在“奏销”这一环节。
与刑名比起来，钱粮事务虽然重要但专业性不强，各省的收入支出都有定额，除非特殊情况，一般不会出现重大的差错。只有每年的奏销时，即地方开支到户部报销时，督抚才会受到户部的制约。
但这种制约有限，且主要是户部书吏们为了捞点好处而为难地方官。对于督抚们来讲，凡是银子能解决的事情都不算事，区区几个书吏根本不在话下。
