第一，四级主任科员和副科级的性质不同。2019年6月1日起施行的新《公务员法》规定，公务员实行职务与职级并行制度，根据公务员职位类别和职责设置公务员领导职务、职级序列。领导职务层次分为：国家级正职、国家级副职、省部级正职、省部级副职、厅局级正职、厅局级副职、县处级正职、县处级副职、乡科级正职、乡科级副职。厅局级以下设置公务员职级，综合管理类公务员职级序列分为：一级巡视员、二级巡视员、一级调研员、二级调研员、三级调研员、四级调研员、一级主任科员、二级主任科员、三级主任科员、四级主任科员、一级科员、二级科员。因而，副科级属于领导职务，四级主任科员属于公务员职级，其职务可能是科员，也可能是副科级领导职务。

第二，四级主任科员和副科级可以实现转换或重叠。根据《公务员法》的规定，根据工作需要和领导职务与职级的对应关系，公务员担任的领导职务和职级可以互相转任、兼任;符合规定的资格条件的，可以晋升领导职务或者职级。因此，副科级领导可以直接对应兼任四级主任科员，在达到一定任职条件且在职数空缺的情况下，可以逐级晋升三级主任科员、二级主任科员，也就是说副科级领导可能兼任的是四级主任科员，也可能兼任的是三级主任科员、二级主任科员。不在副科级实职领导岗位上的四级主任科员，仅享受相应职级、级别的经济待遇，没有领导职务；当有职数空缺，工作成效突出，且经德、能、勤、绩、廉等综合考察，按领导干部选拔任用的相关规定和程序可以转任副科级领导职务；在职数空缺且条件符合的前提下，经组织综合考察，也可以逐级晋升三级主任科员、二级主任科员。因而，四级主任科员既可能是在副科级领导岗位上，也可能不在副科级领导岗位上。

第三，四级主任科员和副科级晋升的前景有区别。下面仅将四级主任科员作为不在副科级领导岗位的对象进行讨论。四级主任科员晋升职级实行逐级晋升，要晋升到二级主任科员至少需要四年，即先晋升到三级主任科员，满两年后才符合晋升二级主任科员的条件；四级主任科员若要晋升领导职务，除特别优秀的走破格提拔程序外，一般只有先转任为副科级后，才能提拔为正科级领导职务。副科级领导职务可以在任职两年后晋升到二级主任科员，即在任副科级领导职务满两年即提拔为正科级领导职务，对应二级主任科员，而不经过三级主任科员的晋升。

第四，四级主任科员和副科级享受的经济待遇不同。公务员的领导职务、职级与级别是确定公务员工资以及其他待遇的依据。副科级领导职务的职务工资高于四级主任科员，若副科级领导兼任的职级为三级、二级主任科员，其级别工资也比四级主任科员高得多。而医疗、住房、交通补贴等其他经济待遇则按职务而不是职级核定，副科级无疑比科员职务高。

第五，四级主任科员和副科级所承担的责任和享受的权利不同。担任领导职务且兼任职级的公务员，主要按照领导职务进行管理，由上级党委任免，接受上级纪委监督；按领导干部进行职责分工，承担领导责任；参与同级领导干部的相关会议，参与相关工作的决策。不担任领导职务的职级公务员一般由所在机关进行日常管理，承担科员或相应工作岗位的工作任务，接受相应的工作监督和考核，享受相应的权利。