PCR实验室，已逐渐成为检验领域必不可少的一部分，原则上临床基因扩增检验实验室应当设置以下区域：试剂储存和准备区、标本制备区、扩增区、扩增产物分析区。这4个区域在物理空间上必须是完全相互独立的，各区域无论是在空间上还是在使用中，应当始终处于完全的分隔状态，不能有空气的直接相通。

试剂贮存和准备区：主要用于贮存试剂的制备、分装，该区域的面积通常在15~20平方米左右。

标本制备区：主要用于核酸提取、贮存及其加入至扩增反应管。该区域应符合生物安全二级。区域面积大约也在15~20平方米左右。

扩增区：该区域的面积通常在15~20平方米左右。

扩增产物分析区：主要用于扩增片段的进一步分析测定。

同时，PCR实验室的空气流向要按照试剂存储和准备区流向标本制备区，再流向扩增区、扩增产物分析区的顺序进行，以防止扩增产物从空气气流流入扩增前的区域。