1898年，美西战争爆发；6月12日菲律宾宣告独立，成立菲律宾共和国。之后西班牙战败，12月10日，美国和西班牙签订了巴黎和约，条约规定西班牙将菲律宾转让给美国统治，美国则付给西班牙 2000 万美元的转让费。
1899年1月4日，美国发表在菲律宾拥有主权的“开明同化宣言”，声明要将统治权伸向整个菲律宾群岛。次日，菲律宾政府发表声明，强烈抗议美国对菲律宾的侵略。同月9日，美国开始与菲律宾革命政府进行谈判。由于美国坚决不承认菲律宾共和国政府，使谈判陷入僵局。同月21日，阿奎纳多正式颁布宪法，并于同月23日当选为共和国总统，马比尼被任命为内阁总理兼外交部长。同月29日，美、菲谈判破裂。双方的军事冲突已无法避免。
次月4日晚8时，美军哨兵打死1名菲律宾士兵，这成为美菲战争的导火线。次日，菲律宾共和国正式向美国宣战。同年2月22日，卢纳将军率领的菲律宾军队一度攻入马尼拉，后因美军以优势的火力反击，才被迫退出马尼拉。次月，美军大举增兵，以两个陆军师和一个陆战旅的兵力，分兵三路进攻菲律宾共器的起义者将获得大赦，伤亡的起义者家属获得90万比索赔偿金，阿奎纳多和他的高级同僚可自动流亡香港，西班牙政府将提供一笔巨款作为生活费。
阿奎纳多竟答应而签下破石洞条约，并于同月27日率领40名亲信前往香港。阿奎纳多虽然投降了，但菲律宾人民反抗西班牙殖民统治的战斗仍然没有停止。许多地区的起义军不承认破石洞条约。1898年2月，宿务岛发生了由列昂.吉拉特领导的农民起义。次月，班乃岛的知识分子组织了“密谋者委员会”，展开武装斗争。同年4月14日，马卡布洛斯在打拉省召开大会，决定重整旗鼓再次起义，并建立中吕宋革命执行委员会，颁布了泰加洛文宪法。
不久后，因为古巴独立问题，西班牙向美国宣战，美国亚洲舰队驶进马尼拉海面援助菲律宾起义军，并因敏恩号舰被当地西班牙殖民军炸沉而准备进攻马尼拉。美国亚洲舰队司令杜威准将在香港力劝阿奎纳多返菲律宾重新发动反西班牙战争，并称美国将助菲律宾独立。同年5月1日，美国舰队在马尼拉湾一举击败西班牙舰队，但因缺乏陆战队支援，故无法立即占领马尼拉。
同月19日，阿奎纳多和他的13名亲信乘美舰返菲，很快组织1.2万名军队，并发表宣言，号召菲律宾人拿起武器驱逐西班牙人，战火蔓延全境，起义军包围了马尼拉。同年6月12日，阿奎纳多在甲米地省加威特镇发表独立宣言，宣布成立菲律宾共和国，并于同月23日组成中央革命政府。
同月30日，第一批美军在韦斯利.梅里特将军率领下于甲米地登陆。同年7月，第二批和第三批美军也先后到达。同年8月7日，美军向马尼拉的西班牙守军发出最后通牒，要求守军在48小时内投降。同月13日美军攻克马尼拉，开始抢占城池并布防，以阻止菲律宾军队入城。午后有4000多名菲律宾军队冲向美军防线，梅里特将军电告驻在巴科奥尔的阿奎纳多，要求他下令菲军不要强行入城，菲律宾军队乃暂时后撤。双方经过初步谈判，结果是菲律宾军队撤离马尼拉郊区，非武装菲律宾人可以出入马尼拉。次日，梅里特将军以菲律宾军事总督身份发表公告，宣布成立军政府，任命一批美军将领担任马尼拉宪兵司令、警察局长、财政局长和海关监督。
同年9月10日，菲律宾革命政府鉴于和美军关系的日趋紧张，决定将指挥部迁到布拉干省的马洛洛斯镇。同月15日，阿奎纳多在马洛洛斯的巴拉索艾恩教堂召开革命国会，选出136名议员。同月29日，国会任命以费利佩·卡尔隆德为首的宪法委员会，开始起草宪法。同年11月29日，国会通过了新宪法。同年12月10日，美国和西班牙签订了巴黎和约，条约规定西班牙将菲律宾转让给美国统治，美国则付给西班牙2000万美元的转让费。
1899年1月4日，美国发表在菲律宾拥有主权的“开明同化宣言”，声明要将统治权伸向整个菲律宾群岛。次日，菲律宾政府发表声明，强烈抗议美国对菲律宾的侵略。同月9日，美国开始与菲律宾革命政府进行谈判。由于美国坚决不承认菲律宾共和国政府，使谈判陷入僵局。同月21日，阿奎纳多正式颁布宪法，并于同月23日当选为共和国总统，马比尼被任命为内阁总理兼外交部长。同月29日，美、菲谈判破裂。双方的军事冲突已无法避免。
次月4日晚8时，美军哨兵打死1名菲律宾士兵，这成为美菲战争的导火线。次日，菲律宾共和国正式向美国宣战。同年2月22日，卢纳将军率领的菲律宾军队一度攻入马尼拉，后因美军以优势的火力反击，才被迫退出马尼拉。次月，美军大举增兵，以两个陆军师和一个陆战旅的兵力，分兵三路进攻菲律宾共和国临时首都马洛洛斯。同月31日，马洛洛斯失陷。次月10日，美军占领了圣克鲁斯。后来，美军又连接占领了圣托马斯、圣费尔南多、圣伊西德罗和安加特等战略重镇。同年5月5日，美国政府授权以文官舒尔曼为首的“菲律宾委员会”在菲律宾建立一个带有自治性质的政府。由美国人担任总督，总督有权任命内阁成员，菲律宾人也可以进入内阁。阿奎纳多接受了这项建议，改组了以马比尼为首的主战派内阁，并暗杀了主战派将领卢纳将军。他还派代表团前往马尼拉和美军谈判，由于美军坚持要菲律宾军队放下武器后才能进行和平谈判，双方的会谈再次失败。
会谈期间，菲律宾军队在马尼拉南部的拉斯比尼亚斯至蒙廷卢帕建立了一条坚固的防线，它由一系列纵横交错的战壕组成，共有3000多名士兵驻守。同月12日，美军劳顿将军指挥两个旅进攻这条防线，结果打了大败战，美军阵亡898人。为了挽回面子，劳顿将军重整军队，补充兵员，在炮艇掩护下，终于攻克了这道防线。同年10月，美军占领吕宋岛大部分城镇，抓获了包括议会主席、内政部长和外交部长在内的许多菲律宾政府官员。次月12日，阿奎纳多在巴亚姆邦召开会议，决定把全国分成若干个军区，正规军分散到各区进行游击战。游击队采用化整为零、打了就跑的战术，给美军制造很多麻烦。同年12月19日，劳顿师长带领一支美军骑兵队在圣马特奥附近的马里基纳河与赫罗尼莫领导的一支游击队狭路相逢，劳顿师长在混战中被一名菲律宾神枪手击毙。
1900年6月21日，新任军政总督麦克阿瑟将军颁布了大赦公告，所有参加过反美武装斗争的菲律宾人，只要在90天内放下武器，签订一份自首书，就可以获得大赦。美军还释放一些被俘的菲律宾政府官员。这一举动使许多游击队员纷纷放下武器。
翌年1月8日，阿奎纳多派密使带亲笔信到吕宋岛中南部，要求那里的游击队增援他的根据地巴兰南。但是，这位信使在新怡诗夏被美军捕获。同年3月14日，美军在卡斯古兰海滩登陆，捉到阿奎纳多，并押送至马尼拉。阿奎纳多在马拉卡南宫受到麦克阿瑟款待，竟宣誓效忠美国，并于1901年4月19日发表宣言，规劝菲律宾人接受美国统治，停止流血斗争，结果马尼拉周围地区有1500多名游击队员放下武器，伊洛戈地区游击队领袖蒂尼奥宣布投降。到了同年8月，国内大部分地区菲军将领也先后率部解除武装，菲律宾共和国为之消失。阿奎纳多从美国处获得一笔丰厚的津贴后退隐，而美国也巩固了往后45年对菲律宾的统治。
1901年7月4日，文官政府在马尼拉举行就职典礼，威廉·塔虎脱担任民政总督。同年9月1日，美国总统麦金利根据塔虎脱的建议，任命3名菲律宾人为“菲律宾委员会”成员。翌年7月，美国国会通过了《菲律宾法案》，菲律宾的行政、立法和司法大权均由美国政府掌握。同时，美国资本大量介入菲律宾。1903年，美国在菲律宾拥有2000多家企业。1907年7月30日，菲律宾举行第一次立法议会选举，有10万名菲律宾人参加了选举，结果国民党获得59个席位，进步党只获得16个席位。国民党人奥斯敏纳当选为议长。同年，菲律宾议会选派两名代表常驻美国国会，但他们只有发言权，没有表决权。
1913年，根据恩德伍德关税法的规定，美国商品可以免税输入菲律宾，菲律宾的蔗糖、椰子、烟草和檀木等也可以免税输入美国。1916年，美国国会通过了琼斯法案，又称菲律宾自治法案。它给予菲律宾人较大的自治权。法案规定总督由美国人担任，除教育部长外，政府各部的部长都由菲律宾人担任。另外，立法权由菲律宾人控制。这个法令还宣布一旦在菲律宾能建立一个稳定的政府，美国就同意菲律宾独立。
在1914年至1918年的第一次世界大战中，有2.5万名菲律宾人参加美国陆军赴欧洲大陆作战，还有6000多人加入了美国海军。战争期间，菲律宾人认购了大约4000万比索的自由公债。
1919年2月23日，菲律宾议会派出以参议院议长奎松为首的代表团出访美国。美国总统威尔逊对战争期间菲律宾人民的合作表示感谢，并支持菲律宾独立。翌年12月2日，威尔逊总统建议美国国会准许菲律宾独立，但当时国会被共和党控制，共和党人不赞成菲律宾独立。1923年至1927年，菲律宾议会先后6次派独立使团出访美国，要求美国国会通过菲律宾独立的议案，但都遭到否决。
1930年，一向支持菲律宾独立的民主党在美国国会选举中获胜，这个消息使许多菲律宾人欣喜若狂。1932年12月，美国国会通过了《黑尔·霍斯·卡延法案》，规定了菲律宾的独立日期，但被菲律宾议会拒绝了，因为它限制了菲律宾对美国的商业贸易和对美国的移民。1934年初，美国国会又通过了《泰丁斯·麦克达菲法案》，罗斯福总统予以批准，承认菲律宾自治政府，并于10年后完全独立，在正式独立前，美国仍保有对菲律宾国防和外交的管辖权。
1935年2月8日，菲律宾国会制定宪法。同年11月15日，举行总统选举，早已退出政坛的阿奎纳多也参加了总统竞选，结果遭到惨败，只好重新退隐，国民党人马努埃尔·奎松和塞西奥·奥斯梅纳当选正副总统。1937年4月30日妇女获得选举权，使菲律宾成为亚洲国家中妇女最早享有选举权的国家。从1940年6月14日起，总统任期由6年改为4年，可以连选连任一次。1941年11月11日，菲律宾再度举行总统选举，奎松和奥斯梅纳再次当选连任。
这时第二次世界大战已经爆发，日军飞机多次飞来侦察，大批日本舰艇也在附近海面集结。同年12月8日珍珠港事变，日本空军轰炸了菲律宾，太平洋战争宣告爆发，美空军所有驻菲飞机全被炸毁，从而失去制空权。1942年1月2日，日军占领了马尼拉，利用阿奎纳多等菲律宾政客组织行政委员会，与日军当局合作。同月23日，菲律宾傀儡政府在马尼拉组成，由原马尼拉市长何尔盖·瓦尔加斯担任行政委员会主席。
马尼拉失陷后，美菲联合部队对侵菲日军展开反击，各地菲律宾人民也组织游击队、抗日统一战线和抗日军队，打击日军行动从未停止。固守在巴丹半岛的1.5万名美军和6.7万名菲军，凭借有利地势顽强抵抗日军进攻。日军经过一个多月苦战，伤亡惨重，加上有1万多名日军因水土不服而患疟疾，因此同年2月8日日军被迫暂停进攻。此时，巴丹半岛的美菲联军也因粮食和药品缺乏，许多士兵以甘蔗和野果充饥，故无力反攻，双方处于对峙状态。同月20日，奎松总统和家属乘潜水艇离开科雷希多岛，再由澳大利亚乘轮船前往美国组织流亡政府。3月11日，麦克阿瑟将军将指挥权交给温赖特中将后，也乘鱼雷艇离开科雷希多岛前往澳洲。同年4月3日，进攻巴丹的日军得到两个步兵师和一个炮兵团的增援，遂向巴丹半岛发动总攻。同月5日，日军突破了巴丹半岛最后一道防线，直逼马里韦莱斯美菲联军司令部。同月9日，指挥巴丹守军的爱德华·金克少将被迫投降，包括16名将军在内的7.5万名美军和菲军官兵，被日军押送60公里外的圣费南多，在炎热、饥饿和疾病的煎熬下，死于途中的菲军战俘约有1万人、美军战俘约有1200人，故有“死亡行军”之称。
同年5月5日，日军在强大炮火的支援下强行渡海登上了科雷希多岛。次日，温赖特少将被迫带领1.5万名守军投降。同月7日，温赖特少将通过广播下令菲律宾群岛所有美军投降。但是，驻守在岷答那峨岛的3.6万名美菲联军只有7000人投降，其余的2.9万人带着武器撤退到山里打游击战。日军占领菲律宾后实行恐怖的法西斯军事独裁统治，马尼拉的大街小巷都贴满了日军司令部的警告，扬言要以枪毙10名菲律宾人的办法来对付每一个企图伤害日军的行动。在日军占领的头几个月内，有数百名菲律宾人因反日而被处死。中国驻菲律宾总领事杨光注等8名领事馆外交官也被日军杀害。为了博得菲律宾的民心，日本首相东条英机于1943年5月访问马尼拉时允诺，尽快给予菲律宾独立。
同年9月24日，在日军的安排下成立了“独立的菲律宾共和国”，由何塞·劳瑞尔为总统。10月14日，马尼拉到处张贴日军海报，写着“亚洲人的亚洲”、“菲律宾人的菲律宾”等宣传口号，日本宣布撤销对菲律宾军事管制，并与菲律宾签订了“日菲同盟条约”，规定独立后的菲律宾在政治上要接受日本指导，军事上要为日军提供一切便利，经济上要为日本生产战时物资。因此许多种植椰子、甘蔗和烟叶的农场，被迫改种棉花，粮食产量急降，米价飞涨，日军还滥发军用券，造成菲律宾严重的通货膨胀，在短短的3年内，菲律宾生活指数上涨了650倍，造成大批工人失业，数以万计的菲律宾人被征入劳工营，从事军事工程建筑。
日本的血腥统治，遭到菲律宾人民的强烈反抗，广大的农村地区抗日烽火连绵，参加游击战的菲律宾人达27万。在吕宋岛、岷答那峨岛、班乃岛、内格罗斯岛和宿务岛，游击队到处伏击日军，破坏交通线，抢收谷子，还设法收集关于日军防御工事、战争计划和守军人数等军事情报，用无线电拍发给澳洲的美军司令部。当时多数游击队是亲美的，但在中吕宋一带的游击队，多数是共产党人领导的。
1945年8月6日，美国向日本广岛投下原子弹。同月9日，苏联百万红军对日本关东军发动总攻击。同月17日，日本政府正式接受无条件投降。同月21日，山下奉文率领的日军第十四集团军奉命停战。次月3日，山下奉文大将在碧瑶市正式向美军西太平洋部队副司令兼参谋长利威少将投降。在第二次世界大战中，菲律宾是东南亚各国中被战争破坏得最惨重的国家之一，共有118.1万名菲律宾人在战争中丧生，财产损失高达80.7亿多美元。
1945年3月3日美军光复马尼拉，麦克阿瑟将军恢复菲律宾的自治政府，这时奎松已逝世，由副总统奥斯梅纳出任总统，麦克阿瑟则扶持曾与日本人合作又与美军谍报机构有联系的罗哈斯为参议院议长。阿奎纳多被捕，以勾结日本人罪名被囚禁数月，后由总统特赦获释。同年7月在美军的协助下，菲律宾自治政府完全接管了国内统治权。同年10月24日，菲律宾加入联合国为创始会员国。同年11月10日是《泰丁斯·麦克达菲法案》中所规定菲律宾结束自治的最后限期，美国总统杜鲁门表示要遵守承认菲律宾独立的诺言。同年12月，美国国会宣布菲律宾将于1946年举行独立前的总统大选。同年4月23日，自由党候选人曼努埃尔·罗哈斯以微弱多数的选票，当选为菲律宾自治政府的最后一任总统，季里诺为副总统。
同年7月4日的美国独立纪念日，在礼炮齐鸣的欢呼声中，30万菲律宾人齐集在马尼拉鲁尼塔公园举行隆重的独立庆典，美国政府代表和首任驻菲大使麦克纳特、美国远东军司令麦克阿瑟将军、美国国会议员代表团团长泰丁斯参议员，以及27个国家和地区的使节与代表出席了这次庆典活动。上午九时五分，麦克纳特大使宣读了菲律宾独立宣言书，随后缓缓降下美国国旗。罗哈斯总统紧接着升起了菲律宾国旗，在场的菲律宾人眼里含着泪珠欢呼起来。随后，罗哈斯和季里诺宣誓就任菲律宾共和国首任正、副总统。罗哈斯总统宣告：“我们的独立是我们引为自豪的东西，是我们的光荣，我们要用生命来保卫自己的国家。”随后，在赞美歌声中，宿务大主教雷埃斯做闭会祈祷，一个盛大的民众大游行结束了这次历史性的盛会。
