清朝在借助湘军和淮军度过危机的同时，也面临着新的挑战：地方督抚力量的增强与离心倾向的加剧，导致中央权力逐渐下移，形成了“外重内轻”的格局。

湘淮军的崛起，使清朝的兵制发生了根本变化。在湘军出现之前，清朝的常备军主要是八旗和绿营。绿营兵为本地世袭兵制，将领由选拔产生，粮饷由户部调拨，兵权则集中在兵部。然而，湘军的出现彻底改变了这一格局。湘军的士兵自行招募，将领必须由统帅亲自选定，粮饷也由统帅筹集，与绿营制度截然相反，导致士兵成为将领的私有财产。曾国藩对湘军拥有极大的指挥和调度权力，形成了独立的派系。

实际上，近代军阀的雏形正是源于湘军。1861年冬，曾国藩派遣鸿章前往安徽招募新兵，李鸿章依照湘军的建制，组建了淮军，成为另一支强大的军阀武装。自1860年后，湘淮军取代了八旗和绿营，成为清军的主力。随着湘淮军在各地的征战，各地的军政大权逐渐落入了湘淮系势力的手中。

湘淮势力的崛起对晚清政局产生了深远的影响。随着湘淮系地方势力的不断扩张，汉族士绅在中央政治权力结构中的地位逐渐上升。在道光至同治年间，满洲贵族在封疆大吏中的比例大幅下降，而汉族士绅的比例迅速上升，标志着满汉势力之间的根本性转变。

湘淮军的“兵为将有”特点控制了地方权力，使晚清政治出现了“内轻外重”和“督、抚专政”的局面。这一变化标志着以曾国藩、李鸿章为首的汉族经世派力量的崛起，从而改变了清中央与地方的权力结构。许多湘淮军的重要将领后来都担任了总督、巡抚等封疆大吏。按照清朝的制度，总督、巡抚原本应拥有行省大权，但实际上他们的下属布政使司和按察使司需听命于六部，六部则可以控制督、抚。

然而，随着湘淮军将帅担任督、抚后，这一原有的权力结构发生了变化。督、抚们不再听从六部的指令，导致督、抚的权力过度集中。随着这一外重内轻的局面的出现，清政府的重大决策都必须征求重要督抚的意见。这些督抚们也积极地干预中央决策。自咸丰、同治之后，这一趋势愈发明显。兵卒和粮饷都依赖于督、抚的支持。因此，湘淮军开启的督、抚专政的局面，也为后来的北洋军阀割据纷争埋下了伏笔。