到了东汉后期，太监、宗室当道，到了汉灵帝掌权的时刻，又因为与西羌长达几十年的大战，人心已乱，苦力、税收过高，诸侯割据，官吏出卖爵位，民不聊生，人心惶惶。最终，在公元一八四年左右，张角总领，他的弟弟张梁，张宝三人联手，在河北冀州发动了一次大规模的带有宗教色彩的叛乱，也就是黄巾之乱。

在张角高调的号召下，以及一些具有迷惑作用的手段帮助下，黄巾军迅速扩张，短短一个多月就横扫了七州二十八地，兵锋直逼洛阳，对后汉王朝的首都构成了巨大的威胁。东汉朝廷大吃一惊，急忙出兵镇压。

何进总领，一开始，皇甫嵩和朱诩各自带着一支军队，北方则是卢植领着一支军队，董卓等人则是前去镇压叛乱，孙坚也是这个时候才来的。刚开始的时候，因为汉人士兵不太多，所以被黄巾军打跑很多次，于是，汉军只能用守卫代替进攻，整合部队。随后，曹操也带着自己的军队，参与到了剿灭叛军的战斗之中，让局势变得更加的有利。

最后，在卢植与皇甫嵩、朱儁与曹操的联手之下，黄巾军节节败退，而孙坚更是一路势如破竹，让汉军有了翻盘的机会。再加上黄巾军太过松散，无法将所有的力量都聚集在一起，形成一股强大的力量，这也是他们战败的原因。

这一年，传播了很多教义和信仰的黄巾军首领，因为一场突如其来的瘟疫死去，没有了首领，黄巾军就再也成不了气候，皇甫嵩趁此大捷，接连出兵，三翻四次大败张梁、张宝，剿灭敌军将近二十万，并将两个敌人活捉、杀死。从那以后，黄巾叛军就一直被打得溃不成军，四散奔逃，虽然偶尔也会卷土重来，但想要掀起一场大战，却是千难万难。可在黄巾起事后，响应的人很多，新的势力更替也很多，很快，东汉就被逼到了末路，汉灵帝开始扶植皇族，群雄并起，这才让东汉走向灭亡。