1923年，美国动物学家莱德在厦门海域发现了文昌鱼。但在他发现文昌鱼之前，当地人捕捞这种“鱼”已有数百年的历史。不过人们不知道这种像鱼的生物其实不是鱼，而是存在了五亿年之久的“活化石——脊索动物。文昌鱼在生物学上的价值很高，但渔民们最关心的是，这种“鱼”能不能摆上餐桌，可不可以养殖？

莱德把发现文昌鱼的资料整理之后发到了美国的《科学》杂志上，引起了广泛关注，由于鱼的名字来自当地人信仰的“文昌帝君”，为了尊重传统，文昌鱼这个名字就约定俗成地沿袭了下来。不久后，世界上第一个，也是唯一个文昌鱼渔场在发现文昌鱼的同安刘五店海域建成。

最初，文昌鱼的产量非常高，仅1933年就达到282吨。因为产量高，当时厦门码头文昌鱼的价格也就几毛钱一斤，稍加烹制，佐以小酒。滋味鲜美滑嫩。吃不完的文昌鱼还可以晒成鱼干以供长期保存。20世纪50年代，刘五店的文昌鱼捕捞形成规模，文昌鱼也慢慢变成了厦门的标志，甚至被称作市鱼。

好景不长，由于过度捕捞，又没有完备的人工养殖条件，加上厦门建设经济特区填海造陆，文昌鱼的生活环境遭到严重破坏，文昌鱼的产量越来越少，价格也因此飙升，每公斤鱼干的价格暴涨到5000元，而且还经常有价无市。1980年，香港大学校长罗伯特教授来厦门访问讲学，当时的海洋研究所所长设宴款待他，第一道下酒菜就是文昌鱼干。罗伯特教授举着筷子半天没舍得夹，感叹道：“舍不得吃啊，一条文昌鱼要一美金呢！”