隆安三年（399）十二月，刘牢之率领北府军拿下吴郡，兵临浙江（今钱塘江），天师道首领孙恩再也不说自己要打进建康了，遂保守表示：“我割浙江以东，不失作句践！”十二月二十六日，刘牢之连战连胜，带领大军渡过浙江，迫近孙恩的大本营会稽。孙恩又转换态度表示：“孤不羞走。”这句话是当年曹操在赤壁惨败后的经典名言（注1），看来孙恩不愧是低级士族出身，说话引经据典，而且能屈能伸百折不挠，颇有句践曹操之风啊。
说完，孙恩便带着男女信徒二十多万人向东逃入海中，一路上扔掉了许多金银财宝和妇女孩童，官军在路上竞相争抢拣取他们扔下的东西，孙恩因此得以从容逃回海岛。由于沿海船只都被孙恩带走，北府军无法渡海攻击，只好暂且放他一马。不过，孙恩委任的几个部下如吴郡太守陆瓌、吴兴太守丘尪、余姚令沈穆夫等人都来不及逃走，而在会稽郡治山阴（今浙江绍兴环城河内）被杀。
从十月登岸起事到十二月逃回海岛，孙恩只风光了不到两个月。当然，留得青山在不愁没柴烧，孙恩向来以句践曹操自诩，他一定会找准时机再杀回来的，这就是中国第一“海贼王”的成功之路，你北府再强，能奈我何？
更糟的是，刘牢之军纪很差，他纵兵抢掠，士民大失所望。各处城里的居民几乎逃光，过了个把月，才慢慢地有人回来。孙恩跟刘牢之比赛暴虐，老百姓们也不知道到底要咋活了。
在这种情况下，朝廷只能暂时召回刘牢之，而任命门阀名臣谢琰为会稽太守、都督五郡军事，统率他的徐州旧部文武官员在东海沿线统驻防戍守，恢复当地民生。谢琰出身名门，弱冠时便以精明干练，风姿优美见称，兼是一代名相谢安之子，论资望朝野无出其右，当时舆论都认为有谢琰坐镇，朝廷“无复东顾之虞”。然而谢琰虽然确实能干，但也有着门阀的通病，那就是眼高于顶，常有目中无人的优越感与不接地气的贵族习气。有部将向他进言：“贼近在海浦，伺人形便，宜开其自新之路。”不料谢琰却完全看不起孙恩，表示：“苻坚之众百万，尚破于我手，送死淮南；孙恩小贼，败死入海，何能复出！若其果出，是天欲杀之也。”其实淝水战中苻坚大败，主要是前秦内部种种矛盾特别是民族矛盾（另外就是北府将士的忠勇善战）造成的；不能把胜利过多地归功于诸谢之军事才干（注2）；谢琰的实际能力恐怕也不能估计过高，他如此看不起孙恩，实在是没有什么道理。
就这样，谢琰完全轻敌，既不设备，也不抚“贼”。孙恩一看，这要是不上岸凑凑热闹，这也太对不起谢先生的照顾了。于是，在蛰伏海岛近半年后，隆安四年（400）五月，孙恩第二次“反攻大陆”，路线也跟上次一样，寇浃口（今浙江宁波市东甬江河口处，后称镇海口），入余姚，破上虞，下邢浦，一路势如破竹，向会稽进发。诸将都劝谢琰“持重严备，且列水军于南湖，分兵设伏以待之”，但谢琰都不听，设什么伏兵！区区孙恩有何可惧，待他来了，看我正面破他！
五月三十日，孙恩大军攻至会稽城下。
得知这个消息时，谢琰正准备用餐，结果被孙恩败坏了兴致，不由大怒，当即丢箸放言：“要当先灭此贼而后食。”
谢琰身为门阀名士，其文化水平自然是很高的，但他这句话的用典却是不太吉利。春秋时期，齐晋交战，齐顷公不把晋军放在眼里，就说“余姑翦灭此而朝食！”遂连马甲都不披，就冲去战斗。结果齐军却吃了败仗，骄傲的齐顷公险些被俘（《左传·成公二年》）。
但齐顷公只是吃了败仗而已，吃饭回来还是能接着吃，可惜谢琰的饭，却只能下辈子再吃了。孙恩先诈败诱敌，将谢琰大军引入弯曲狭窄的河塘小路之中，然后，在两侧河塘中埋伏的战船突然冲出，用箭猛射晋军薄弱的侧翼。鱼贯进军的晋军被切成几段，前后断绝，进退不得，顿时大败。谢琰的心腹小将帐下督张猛见势不妙立刻反水，从后面砍断谢琰的马腿，谢琰堕地被杀，两个儿子骠骑参军谢肇和建昌侯谢峻亦同时遇害。只有小儿子谢混因在建康尚主（谢混尚晋陵公主，拜驸马都尉）没在会稽而幸免于难。
此后，张猛就加入了天师道军，很是风光了几年，直到十年后刘裕讨伐卢循，取得左里之捷，生擒了张猛，便将其送给了时任尚书左仆射的谢混。谢混为给父兄报仇，竟剖开张猛胸膛，生食其肝脏。
谢混好歹是名门公子，为何如此暴戾呢？这其实也不能怪他，在孙恩之乱中死去的谢家人实在太多了，包括我们前面说的吴兴太守谢邈，黄门侍郎谢冲，南康公谢明慧，加上谢琰父子三人，陈郡谢氏真可谓遭受重创。而谢琰被杀后，东晋高门中的将才已经灭绝殆尽，此后直到陈朝灭亡，南朝的统兵将领绝大多数出自寒门，高门士族基本上与军队的指挥权无关了。遥想当年桓温、谢玄多少风流，如今高门士族却如此无用，这可真是“以庸劣当巨寇，若鸿毛之试于烈焰”（王夫之《读通鉴论》）。从此东晋朝廷再不乐意，也只得仰仗刘牢之、刘裕等寒门北府将了。祝总斌亦指出：“至东晋后期，经过门阀制度的腐蚀，高级士族已经没有军事人才足以承担维护封建统治、镇压农民起义的严重任务，甚至连原来的人才（如谢琰）也发生了蜕变。这就迫使当政的皇族，尽管内心畏惧迟疑，仍不得不把军权一点点交给有才干的低级士族，从而为他们后来执掌统治大权奠定了基础。”（注3）
谢琰死后，吴兴郡民心骚动，太守庾恒害怕郡民响应孙恩，竟抢先下手杀掉男女数千人。庾恒出身东晋一流高门颍川庾氏，乃庾楷堂兄、庾亮之孙，不料竟如此丧心病狂。而东晋朝廷对他居然不予责罚，反而升了他的官调他入京为尚书仆射。其吴兴太守之职则交给北府大将高素来收拾残局。东晋三吴太守、内史例以门阀士族居之，高素得为吴兴太守，与刘牢之继替王恭而居北府督将一样，说明刘、高二家在北府将中地位显赫，得以突破门阀士族禁区为官。
注1：《三国志·吴志·周瑜传》注引《江表传》：“瑜之破魏军也，曹公曰:‘孤不羞走。’”
注2：祝总斌：《门阀时代：魏晋南北朝的政治与制度》，北京大学出版社，2023年，第41页。
注3：祝总斌：《门阀时代：魏晋南北朝的政治与制度》，北京大学出版社，2023年，第35页。
