清朝统治了台湾213年，自始至终都由官方主导推崇妈祖信仰，所以清朝妈祖信仰在台湾得到了很大的普及和发展。
史料和文物资料之中都能看出，但凡是去台湾履任的清朝文武官员，都会采用某种方式表达对妈祖信仰的倡导。
比如，他们非常热衷于倡导修建妈祖宫庙，根据地方志和碑文等史料的记载，清朝台湾地区的妈祖庙，有三分之一是官方直接插手创建或者重建的。
台湾第一座官建的妈祖庙就是康熙年间修建，是奉旨专征台湾的福建水师提督施琅主持修建的。
在一些水路交通要口或者市集繁荣的地方，著名的妈祖庙大多是官民合建。
清代的官员们不仅热衷于修建妈祖宫庙，还会想方设法为神庙维系香火。官员们都是首先带头捐献地产，比如施琅主持修建妈祖庙之后，上奏朝廷设置了官方的庄园，召集民众来开垦种地，收入都用来维系妈祖庙的经费。
清朝皇帝向妈祖庙献匾额也是十分普遍的现象，康熙三二十三年台湾府城天妃宫建成，康熙皇帝亲自赐匾额：辉煌海澨。后来雍正帝、乾隆帝和光绪帝都曾经给台湾妈祖宫庙赐匾额。皇帝如此，所以后来来这里履任的官员都纷纷前往宫庙朝拜。
从皇帝到履任的官员都如此重视妈祖信仰，这和当时的政治环境有着密切的联系。
统治者希望通过宣传妈祖来达到政治稳定的目的。台湾一岛孤悬海外，郑氏子孙20多年的统治是客观存在的，清朝要实现对台湾的治理，一定会经历一段时间的磨合期。在乾隆以前，大大小小发生过很多次冲突，甚至需要大规模的镇压才能平定。
清朝统治者很清楚，仅仅是靠武装镇压是不可能从根本上去解决问题的，想要谋求台湾的稳定，就需要安抚民心，所以就想到利用妈祖信仰来引导民心归顺朝廷。
最主要的一种方式就是官方将每一次镇压暴动美化成由妈祖保佑的正义的战争，并且通过各种手段来进行宣传。
妈祖从宋代开始，就有帮助官兵击退金兵、清剿海寇等克敌的神职功能，所以她也有“战神”的美名。到了清朝，助战已经是妈祖重要的神职之一。
例如当年只会镇压朱一贵暴动的水师提督蓝廷珍，就在雍正赐台南大天后宫匾额上面附款说：康熙辛丑夏四月，余统师平台，舟至鹿耳门时，海潮盈添数尺，舟师得被勇前进，先克安平，皆神明显应之力。
乾隆五十一年，台湾发生了历史上最大的以林爽文率领的以天地会成员为主的民暴。
这次天地会暴动之所以引起朝野震动，因为林部杀死了知府、知县等数十名官员。乾隆皇帝令闽浙总督常青督师入台平暴，另调两广总督李侍尧接替闽督，后来因为常青督师不力被撤换，才改特调陕甘总督福康安以钦差协办大学士衔办理将军事务，可以说是相当重视。
在整个平暴的过程之中，乾隆皇帝一直对天后的保佑寄予厚望，一再警告诫常青、李侍尧、福康安等大臣，一定要对妈祖虔诚供奉祭祀。
其实这种宣传方式也不是清朝官员的首创，郑成功收复台湾之后，也有传说称潮帮受到了妈祖的帮助。
清朝廷为了稳定岛内，曾经多次对台湾用兵，参战的大多都是闵浙沿海的水师，他们大多都信奉妈祖为保护神。
在渡海或者战争的过程之中，军中常常会遇到幸运的事情，所以有着各种妈祖显灵的传闻。而作为统兵的将帅，会肯定这种传说，因为他们也希望利用这种传说来凝聚军心，鼓舞士气。
军官们不仅会一同传播，还会将这些“显灵”的事情上报给朝廷，请求朝廷的褒奖。
清朝的官员们身份都比较特殊，大大小小的官员都是从内地调派的，从雍正年之后，无论是文官还是武官都不允许带着眷属前往台湾任职，雍正只恩准年四十尚无子嗣的青年官员可以带一名配偶随任。
统治者不允许台湾当地人在台湾当官，台湾当地的进士或者举人，只能前往内地任职。
所以，台湾的文武官员普遍都非常孤寂，这里没有亲朋，常常会思念家乡，就将这种思乡的情绪寄托在对神佛的崇拜之上。
当初他们乘船来到台湾的时候，就向妈祖祈祷过保佑海上平安，妈祖的形象亲切慈祥，流落在外的人容易将其视为慈母，这些人将妈祖视为心灵的寄托。
同时在这里任职的官员没有任何亲人协助，他们也随时可能面对暴动，为了自己的性命安全，也为了自己任职期间的政治稳定和官场利益，他们也希望妈祖能够庇佑自己，顺利平安度过任期。
到了嘉庆年间，台湾的社会主要矛盾不再是民间的反清运动，而是不同祖籍地的移民之间产生的矛盾，而且出现了多次族群的械斗，为的例如抢夺水源或者田地等等，后来愈演愈烈，引起的社会动乱已经到了非常严重的程度。
这些内地的移民主要来自福建的泉州、漳州和广东。他们供奉的乡土守护神各不相同，动了后期，为了侮辱对方，他们在械斗的时候最先对神庙下手，甚至盗走神像，以逼迫对方屈服。
执政者为了调解矛盾就不得不家加大推崇妈祖信仰，因为妈祖是唯一一位超地域、超阶层的神明，以这种方式矛盾慢慢得以平息。
从台湾妈祖庙的题匾可以看出，妈祖信仰成了该地区官民的巨大精神支柱，不仅仅是平民百姓渡海，海上护军也是她的神职之一。
另外，妈祖还护佑着军民抗击侵略者，帮助同乡联谊、保佑功名科举，乃至于赐人医药、祈雨求福等等。
妈祖在台湾地区成为如此重要的水神，和朝廷官员的推广以及多元化、与时俱进的职能有着密切的关系。在不同的历史时期妈祖都能够马上适应人们的精神需要，成了护国神、除寇神、助战神，
