谈论明朝的中枢运作，就不能绕开内阁这个话题。不过明朝之初，内阁不但不重要，还非常不起眼。

洪武十三年朱元璋罢丞相、废中书省后，六部就整体性的被抬升了一级，地位达到了历史的最高点。因自身的职权（考核、铨选官员）吏部尚书也一跃成为百官之首，被恭称为“天官”，而此时还没有内阁和内阁大学士。

明成祖登基后，为降低繁重的政务压力正式设立内阁。此时大学士们并不能主动接触政务以及发表意见，更别提做出决策了。他们只是在皇帝需要的时候，就某项政务为皇帝查阅和整理相关信息、数据、历史记录等等，以协助皇帝更为高效的做出决策。

成祖简翰林官直文渊阁，参预机务其时章疏直达御前，出宸断。儒臣入直，备顾问而已。

《明史·宰辅年表》

换句话说内阁成立之初大学士们不但执掌不了中枢而且也未被纳入政务处理流程，仅仅是没有话事权的“秘书”。此时的大学士们的官阶（五品翰林）也旁证了这一点，跟正二品的六部尚书们完全不可比。

仁、宣两朝因国家逐渐稳定、息兵修养，皇帝和朝廷更依赖奏疏这类公文的流转来掌控皇朝以及治理天下，这就皇帝对“秘书”的依赖逐渐增强。

为了更为高效的处理政务，仁宗让大学士们对指定的奏疏做出“预批”（类票拟）。为方便大学士们理事，仁宗也开始给大学士加“三公”虚衔，抬升他们在朝堂的地位。除此之外，更为重要的是仁宗给予大学士们起草诏令的权力，让他们正式参与进了朝政的处理流程。

不过皇帝在重视的同时还是视大学士为“秘书”，没有进一步提高内阁的权力和地位并改变朝堂格局的想法。宣宗在内廷（司礼监）设立内书堂，命翰林培养宦官辅助自己理政，而不是扩大内阁编制或职权，即可旁证这一点。

所以此时内阁虽然正式涉入朝政，但在朝堂的存在感和话语权仍然很低，更别说抗衡六部执掌中枢了。不过内阁的转机很快就出现了。

宣德十年宣宗英年早逝，年仅七岁的英宗登基。由于天子直领六部并独掌决策权，所以当皇帝无法理政时朝堂就要瘫痪。为了解决问题同时预防外朝势力膨胀侵蚀皇权，太皇太后张氏遂决定与内阁、宦官这两个“弱势”群体合作，推出了“票拟批红制度”。

注：“票拟批红”的大致流程是奏疏经通政司预处理（退回不合规、分类并誊抄存档）后转司礼监。司礼监对其分类，将只需依制办理转发对应部司执行，其余转内阁票拟。奏疏附上内阁票拟（另写在一张纸条上）转回司礼监，司礼监根据皇帝意思在奏疏上批红（同意则将票拟意见誊抄到奏疏上，不同意则退回内阁重新票拟）。

至此内阁从制度上成为了朝政处理的重要“节点”，大学士们也凭借“建议权”拥有了干涉朝堂各部司事务的权力。

此后为了更方便政务的处理，皇帝开始召各部司的堂官直接入阁，如景泰朝王文以左都御史进吏部尚书后入阁，成化朝李贤以吏部尚书的身份入阁等等。

这些部司堂官在增大自身职权的同时，也提升了内阁在朝堂的话语权和地位。加上宪宗和孝宗对内阁辅臣和六部尚书采用“平衡并重”策略，因此这一时期内阁和六部进入了相持阶段，但相互之间的摩擦也越来越多。

弘治六年这种“阁部之争”第一次被摆在了台面上。

当年京察，吏部尚书王恕认为官员们贪腐太甚，准备罢免两千多名官员。内阁大学士丘濬认为王恕的做法太过于激进不利于朝廷稳定，建议皇帝将那些情节不严重的官员记过留任。

吏部自然不能容忍内阁干涉自身最为重要的职权，因此本来敌对的双方爆发了激烈的攻讦。

而“和事佬”孝宗却一反常态，并未居中调和而是旗帜鲜明的支持内阁丘濬。而且孝宗借刘文泰弹劾王恕失职，直接把王恕给罢斥了。孝宗这手操作，让“受益人”丘濬也尴尬不已。此后两年直至病逝，为了避嫌丘濬一共上呈十三份请辞的奏章。

只能说孝宗就是要“挺”内阁。原因并不复杂，皇帝已经意识到想要掌控朝堂、乃至整个皇朝，光靠集权是不够的。因为皇帝没有能力和精力去使用庞大的皇权，必须依赖“助手”们。

虽然宦官可以辅助皇帝掌控和行使皇权也更容易控制，但是宦官在具体政务处理上的能力、效率又远不如职业官僚，因此孝宗才会抬升内阁来弥补这一缺失。

由于皇帝的倾向，内阁大学士等于宰辅的概念逐渐形成，内阁也跃升到六部之上成为了“百官之首”。正因为如此，正德十六年杨廷和才能独自与张太后议定嗣君人选，而且在等待朱厚熜入京登基的三十七天里，代皇帝总摄朝政，六部九卿几乎不得与闻。

以至于愤懑的吏部尚书王琼率九卿主要官员至左顺门参加朝会时，当面质问杨廷和：“九卿在廷，我为长，今日谁当立者，而不使闻？”这声不甘的怒吼实际上也是变相承认了，六部已屈居内阁之下了。

此后世宗因大礼议和自身的修仙怠政，加上他不喜宦官干政，对内阁的倚重也更深。张熜、夏言、严嵩、徐阶等内阁大臣间接管控着朝堂，六部九卿长期只能通过阁臣与皇帝沟通（世宗不召见他们），这也让六部开始沦为内阁的执行机关甚至下属机构。

隆庆三年深得穆宗信任的高拱还朝，为让高拱迅速总揽朝政，穆宗命其入阁的同时另授他吏部尚书一职。在高拱眼里内阁早已不是“秘书”，也不是六部那种执行部门，而是站得更高，负有为朝堂、皇朝指明方向的重任：

我国家之事，皆属部臣题请阁臣拟票。或未当则为之驳正，或未妥则为之调停。不嫌异同，务在参伍。是以事多得其理，而人不敢为奸。

《明穆宗实录·卷五十七》

到了万历初期，首辅张居正联合司礼监太监冯保更是将内阁的权势和地位推到了巅峰。一度形成了“（内阁）所理者，皇上之事也；所代者，皇上之言也”的局面，内阁也完全控制了六部，这也是张居正敢写那个惊天动地的对子的原因。

不过物极必反，神宗亲政后为收回权柄、重立皇帝威权对张居正展开了反攻倒算。这不但打压了内阁，也让六部看到了“翻身”的机会，因此阁部之间纷争再起，六部堂官们试图将内阁重新压到下面去。

万历十二年御史张文熙弹劾首辅申时行“专恣者四事”，并请皇帝将其革职永禁。申时行在申辩的同时，反劾吏部选任不公，想借机剥夺六部的重要职权之一“廷推”。

注：明朝在任用高级官职时（包括内阁大学士），一般由九卿组织朝臣公议后推选出人员名单供皇帝挑选（皇帝如果不满意名单则重新推选）并批准任用，称为“廷推”。而内阁一直想以票拟代替“廷推”。

后经激烈斗争阁部达成了妥协，廷推被六部保留，但是吏部也被剥夺了自主任命部属职官的权力（也改由九卿廷推），而且吏部也失去了地方府县一级官员任命上的主导权，改成了抽签决定职位归属的“掣签法”。

万历二十一年吏部尚书孙鑨等人再次向内阁发起挑战。当年京察在不知会内阁的情况下，大量内阁“私人”被评不合格。内阁自然不会善罢甘休，很快就借一桩陈年旧案“赵用贤绝婚案”（此时赵用贤为吏部左侍郎）挑起了战火。

事情的经过这里就不展开了，结果是内阁首辅王锡爵大获全胜，很多为赵用贤求情的六部高官被罢斥。

内阁能在神宗清算张居正的同时也持续赢得斗争的胜利，原因无它，就是皇帝支持。神宗虽然厌恶内阁膨胀侵蚀皇权，但是神宗一样明白内阁是其掌控皇权和皇朝的重要“助手”。所以整个神宗朝，无论朝堂如何斗争、为何而斗争，神宗在大方向一直是支持内阁的。

由此明显可以看出，内阁是在皇权一步步的扶持下逐步走向前台，成为百官之首并统摄朝堂。但皇帝的“扶持”也让内阁天然的无法抗拒皇权，进而沦落为皇权的工具，这也是明朝中后期外朝和阁臣尖锐对立的一个重要原因。

注：整个明朝也就杨廷和、张居正两位阁臣凭借“特殊天时”（一个是无皇帝、一个是皇帝无法理政）部分摆脱了皇权的束缚。