崇祯二年，李自成起义。不久，他跟随闯王高迎祥四处征战。他不但作战勇猛，还有谋略。荥阳大会时，他提出“分兵定向、四路攻战”的建议，受到了各部首领的赞赏。高迎祥牺牲后，李自成成了新的闯王。

当时，中原灾荒严重，社会阶级矛盾异常尖锐。李自成提出的“均田免赋”等口号，获得了广大老百姓的欢迎。因此，他的部队迅速扩大到百万人，成了起义军的主力。崇祯十六年，他在襄阳称新顺王，在河南汝州歼灭明陕西总督孙传庭的主力部队，乘胜攻占了西安。

崇祯十七年正月，李自成建立大顺政权，年号“永昌”。不久，起义军攻占了北京，推翻了明王朝。四月，多尔衮率领八旗军与吴三桂联手，在山海关内外同起义军交手。李自成战败，退出北京，带领部下在河南、陕西一带抗击清军。

顺治二年三月，大顺军占领了武昌。李自成本打算乘船东下，夺取东南地区以作为抗清的根据地。由于部队未做好充分准备，清军从水陆两路袭来，他仓促放弃武昌，向东南进发。五月初，大顺军到达通城九宫山时，李自成率领20余人登山探路，被当地民兵武装误杀，其尸首被秘密埋葬。

根据《明史》、《乾隆御批纲鉴》等史书的记载，李自成死于湖北通城。然而，他究竟是怎么死的，一直存在争议。

清军统帅阿济格向朝廷上奏说，李自成在九宫山被村民抓获后，没有办法逃脱，故自缢而死。但是，李自成久经沙场，什么样的大风大浪没见过。他坚强果敢，不可能自杀。

清初史书《绥寇纪略》中说，李自成到达九宫山后，命将士留在山下，独自一人上山拜谒元帝庙。村民误以为他是盗匪，在李自成跪拜元帝像时，从其身后用荷锸击伤头部。他立即倒地不起，村民一拥而上，砸碎了他的脑袋。村民搜刮李自成身上的钱物时，发现了金印，才知道杀错了人，大惊，仓惶逃走。

还有人说李自成没有死，而是隐居在甘肃青城镇。在青城镇苇茨湾村李文生家中发现了一本抄录并补修于民国三年的《李氏家谱》。经过考察，得出了一个全新的结论。李自成兵败后，打扮成和尚，投靠了在榆中青城的叔父李斌。晚年的他，生活在附近的深山大沟中，死后被安葬在龙头堡子山下。

但经过学者考证，《李氏家谱》中的李自成除了姓名与闯王李自成相同外，其籍贯等信息均不相同。不过，不排除李自成逃走后改编了身份信息的可能。最终李自成是不是隐居在青城，还有待考证。