王琼是明朝中期的一名官员，出生在太原，于成化二十年成功考中进士。起初，担任工部主事，后升为郎中。
之后，王琼被外调去治理漕河三年，其间把自己所经历过的事都罗列出来，撰写了一篇记叙文。
后来接任的人查考那些事，竟然是毫厘不差，由此，王琼就以勤勉、干练出了名。不久改任户部郎中，又转官河南右布政使。
正德元年，王琼被提升为右副都御史，负责督办漕运。第二年入朝，王琼担任户部左侍郎。
衡王府当时有朝廷赏赐的土地，荒芜得无法耕种，衡王还是勒令百姓按照正常情况交租，又反过来诬告赵贤等小百姓侵占了他的土地。
王琼负责前去检察，把旁边百姓家的土地夺过来给了衡王，把赵贤等人发配到边境充军，使得当地很多老百姓都怨恨王琼。
到了正德三年的春天，朝廷推举吏部侍郎，前后推上六个人，武宗皇帝都不同意。
最后直到把王琼推选出来，武宗皇帝方才同意了。
王琼在户部任职的时候，有边疆大臣用太仓的银子没有归还，而相关负责人员上报晚了，导致户部尚书顾佐被扣发了俸禄，而王琼也被调往南京。
过后，王琼又改任户部右侍郎。
正德八年时，王琼升任为户部尚书。
王琼这个人很有心计，善于查对。他在当户部郎中的时候，就把过去的文牍、规则抄了下来，全面掌握了户部钱财收支、亏盈的情况。
等王琼做了户部尚书之后，便更加熟悉了国家的财政计算。每当边境有将领来请拨发粮草，王琼稍稍屈指计算，便可以得出某仓库、某草场有多少粮草，各郡每年运送多少，边防士卒每年秋收粮草多少等等。
很多人就此对王琼刮目相看，认为其很有才干。
到了正德十年时，王琼接替陆完做了兵部尚书。
当时各地盗贼四起，官兵的将士都以斩杀敌人的头颅数论功升官。
王琼上书表示反对，认为“这是嬴秦式的败国政策。在边境上实行还可以，没有内地作战而以头颅数论功的。现在江西、四川的官兵乱杀平民百姓成千上万人，纵容了盗贼，留下了祸患，都是这条规定造成的。从现在起官兵在内地讨伐盗贼，只以扫荡、平息论功，不再计算斩获头颅数目。”
对此，武宗皇帝同意了。
武宗皇帝当时喜欢到边塞以外远游，长年不回，京郊的盗贼正悄悄兴起。
王琼便请求在河间设置一名总兵，在大名、武定各设一名兵备副使，责令他们平息当地盗贼，又传令顺天、保定的两个巡抚，严守要害地段防止外敌侵入，征集辽东、延绥兵马到武宗行宫附近地区，用以保护皇上。
王琼谋划出众，在平定盗贼方面，发挥了出色的能力，所以几次受到赏赐、封荫，逐渐做到了少师兼太子太师，儿子也被封为世袭锦衣千户。
王琼是六部尚书中，比较受到武宗皇帝宠爱的一个。
正德十四年，宁王朱宸濠造反作乱。
王琼请武宗皇帝命令南和伯方寿祥率领操江部队防守南京，南赣巡抚王守仁、湖广巡抚秦金各自率领自己的部队开往南昌，应天巡抚李充嗣镇守京口，淮扬巡抚丛兰扼守仪真。
当时武宗心里想要亲征，所以对于王琼的奏章内容并不同意，君臣两人为此争议了三天还决定不了。
不久后，大学士杨廷和催促武宗皇帝早作决定，武宗皇帝最后还是下诏亲征，让王琼与廷和等人在北京坐镇。
在此之前，王琼早已经任用王守仁巡抚南、赣，放权让他见机行事，提督军务。
等到朱宸濠造起反来，地方上报朝廷知道后，满朝大臣心里惴惴不安。
王琼却一脸从容地表示：大家不用担心，我任用王伯安到赣州去，正是为了现在这件事，反贼马上就会拿下的。
没过多少天，王守仁果然成功平定了宁王朱宸濠的叛乱。
王琼是一个很有才能的人，善于结交权贵。他恭敬地侍奉钱宁、江彬等受到武宗皇帝的人，由此得到施展才干的机会。
王琼递上去给武宗皇上的建议、请求，一经提出，往往就能够得到批准。
所以，王琼能够在兵部多次立功，也是借了江彬等人的力量。
等到陆完倒台后，王琼取代陆完做了吏部尚书。
王琼忌妒彭泽平定流贼，名望超过了自己，就勾结钱宁，用重罪中伤彭泽。
又把云南巡抚范镛、甘肃巡抚李昆、副使陈九畴等人诬陷下狱，一时间朝廷内外官员大多害怕王琼。
而大学士杨廷和也因为王琼所行赏罚大多得到武宗皇帝发自内宫的批复诏书，不经过内阁，所以无能为力。
第二年，嘉靖皇帝继了位，很多谏官前后不停地揭发王琼，他被关进了都察院的监狱。王琼于是竭力攻击杨廷和，嘉靖皇帝这下更认为王琼不正直，就交由大臣们议论，结果以触犯结交皇上左右侍卫的律令应判处死刑，后改为让他充军庄浪。
王琼又上诉说自己年纪大了，因而得以被改派到绥德充军。
张璁、桂萼、霍韬掌权后，因为王琼与杨廷和有仇，就推荐了他，嘉靖皇帝没有听从他们。
到嘉靖六年时，边境上有战事，桂萼等人坚决请求任用王琼，没有得逞。
但嘉靖皇帝也可怜王琼年老有病，就让他返回老家做个平民。
但没多久，嘉靖皇帝便命令让王琼官复尚书，等候任用。第二年就让他以兵部尚书兼右都御史的名义接替王宪提督陕西三边军务，在他的努力下，西域比起以往要安定很多。
在这之前，南京给事中丘九仞弹劾王琼，嘉靖皇帝加以安慰、挽留。
等到张璁、桂萼被罢免后，那些弹劾张璁、桂萼等人的大臣都出面攻击王琼，嘉靖皇帝于是命令他退休。
不久后又把先前的诏书搁下来，派人对王琼表示慰问。
正好番人前来临洮大肆掳掠，王琼征调兵力讨伐若笼、板尔各部，焚烧了他们的巢穴，斩杀了三百六十人，收附了七十多个部族。平定战功，被加升为太子太保。
王琼在边疆上，战备都整顿得很好。贼寇曾经打到山西，占了便宜，过了一年又来边境上抢劫，假装着要向东打，王琼命令在西边做好战斗准备。贼寇果然钻了进来，官兵沉重地打击了它。
各处番人被扫荡、平息后，西部边陲更加太平了。甘肃军民一向受吐鲁番人侵犯、欺凌，现在唯恐王琼离开，就一块请求当地守臣向朝廷上书，留下王琼别走。
于是巡抚唐泽、巡按胡明善都上书叙述他的功劳，请听从甘肃军民的请求。嘉靖皇帝为此颁发诏书，奖励了王琼一番。
当初，嘉靖皇帝厌恶杨廷和，怀疑朝中大臣都是他的同党，所以接连任用桂萼、方献夫主管吏部。
等方献夫离任后，嘉靖皇帝不想任用另外的人，所以久久不增补这个缺额。
到嘉靖十年冬季，方才派行人拿着敕书前往召王琼回朝。
不久后，花马池传来战报，兵部尚书王宪请派出部队。王琼上书表示：“花马池战备严整，敌人打不进去，大部队去了，敌人先撤了兵，只能空自耗费中国的人力、财力而已。”
王宪最终还是派出六千人，走到彰德，敌人果然逃走了。
第二年秋天，王琼死在任上。被追赠为太师，谥恭襄。
