1979年，贾亦斌从上海调到北京，担任中国国民党革命委员会（民革中央）副主席，同时担任全国政协常委、政协统一工作组常务副组长。

不久后，这位蒋经国的老朋友就在杂志上发表了《向蒋经国先生进一言》的文章，指出祖国如今已经富强，和平谈判的条件已经成熟，只要国共双方进行谈判，实现第三次合作，蒋经国就可以为国家和民族尽大忠，还可以把他父亲蒋介石的灵柩归葬，以及为母亲扫墓，尽家族的大孝。千秋伟业就在一转念一反掌之中，历史等待着蒋经国去书写。

贾亦斌从前是蒋经国多年的部下和好友，在他看来，蒋经国等一些人还是具有民族意识的，比如1957年3月发生的“刘自然事件”。当时驻台美军上士雷诺枪杀少校学员刘自然，事后竟然被美国军事法庭宣判无罪释放，5月，愤怒的台北市民捣毁了美国驻台的“大使馆”，史称“五二四事件”。

此事件之后，美国报刊一致认为，此事的幕后主要策划者正是蒋经国及其亲信。

六七十年代，蒋经国逐渐从他父亲手中接过权力后，也始终坚持“一个中国”的原则立场，对台独势力采取了防范和压制措施，这些都是令人欣慰的举动。

据已经出版的蒋经国日记记载，1975年5月22日，蒋经国写道：

现在“台独”分子……在美国及其它地区活动，日趋狂妄，我宜慎防之。

5月25日，他又写道：

“台独”在某些恶势力的之支持下，在美举行示威游行。余决定指示“使馆”不可动怒，以免反上敌人之当。

进入八十年代后，蒋经国越发意识到“时代在变，环境在变，潮流也在变”，他排除阻力开放探亲，在学术、文化、科技、体育、教育等方面逐步恢复交流，做出了一系列缓和对立，有利于民族统一的举措。

1987年5月，贾亦斌陪同台湾学者陈学明博士游览溪口蒋介石故居，拍摄了不少照片，并赋诗一首托陈学明转交给蒋经国，之后传来消息，说蒋经国看到这些照片和诗作，心情很高兴。

在这以后不久，一个受蒋经国之托的人秘密来到大陆看望了贾亦斌，此人曾经是贾亦斌在国民党的部下。见面后，此人就向贾亦斌提出了两个问题，一是大陆对和谈有没有诚意，二是贾亦斌可不可以起到沟通的作用。

贾亦斌回答：确有诚意。我这个人没有别的本事，就是老实、不讲假话，因而有一些朋友，应该可以沟通。

接着他反问对方：经国先生有没有诚意，诚意来自什么地方？

对方回答道：“一是美国人在压经国，想把他换掉。美国人觉得他不太听话，‘抑蒋换马’的念头常年不散，蒋经国和美国的矛盾始终得不到缓解，尤其近几年，美国一直想逼经国先生放权。二是台湾内部也有许多不稳定的因素，比如老兵要求返回大陆探亲的呼吁越来越高，闹得很凶，经国先生说：这些人都是我带出来的，背井离乡这么多年来，我怎么好强压他们的请求呢？所以蒋先生是认真的。”

听到这些情况，贾亦斌非常高兴，当晚就把这些情况向上级做了汇报，小平同志作为蒋经国当年留苏时候的同学，还专门写了一封信，请这个来访者带回去给蒋经国，他在信中诚恳地写道，希望“统一大业能在你我这一代人手中完成”。

然而，历史总是充满突然性，谁也没有想到的是，1988年1月14日，正当蒋经国准备派重要代表进行谈判的时候，却突然在台北病逝了。

得知蒋经国病逝的噩耗，贾亦斌陷入了悲痛和震惊之中，这主要并不是因为他和蒋经国有着还不错的私人情谊，更因为一段可能不一样的历史进程就此被迫中断了。

回忆起蒋经国之死，贾亦斌常常充满遗憾地说：

蒋经国的去世很可惜，他为推进祖国统一做出了实际的努力，他突破了昔日蒋老先生设置的禁忌，这是非常难得的。我始终怀疑，为什么一切正朝着有利于统一的方向发展的时候，蒋经国却突然“病故”？此前他的身体状况基本稳定，没有一点征兆，而且死的时候七孔流血。当时就有人觉得蒋经国的死因很可疑，还出过一本叫《蒋经国死亡之谜》的小册子。我对此也有同感。蒋经国的猝然离世，对原本发展势头较好的两岸的关系是非常不利的，我更深为痛惜。

贾亦斌和蒋经国相识于1946年，当时贾亦斌刚刚从陆军大学毕业，就被推荐到了蒋经国那里，担任青年军复员管理处的少将组长，贾亦斌在这段时间的表现很突出，在工作结束后，蒋经国便邀请他留在自己身边。

不久后，贾亦斌和谭吟瑞（谭嗣同的孙女）结婚，蒋经国更是主动为他们证婚，操办婚礼。之后在蒋经国的保举下，贾亦斌一步步升任“国防部预备干部局”副局长、代局长，还想提名让他晋升中将。

但是，在后来成立“铁血救国会”和“上海打虎”这两件事上，两人发生了分歧，最终只能是渐行渐远。贾亦斌说：“蒋经国要对蒋介石尽孝，而我要对民族尽忠，我最终选择了人民的立场，投入了人民的怀抱。”

1949年3月，贾亦斌率领部下4000多名官兵在嘉兴起义，由于他之前是蒋经国的人，带领的部队又是蒋经国的“太子军”，这无异于让蒋氏父子颜面尽失。蒋经国对贾亦斌的起义非常愤怒，曾流泪向蒋介石做了检讨，蒋介石则批评他“用人失策”、“无能”。

最后，蒋介石为了帮儿子清理后患，指示国防部火速调集了10万重兵，一定要将这支起义部队消灭。用10万重兵围剿4000起义兵，此战的结局可想而知。最终，嘉兴起义的4000多名官兵大部分被俘虏，小部分牺牲，只有很少的一部分成功逃脱，贾亦斌也因为身负重伤，昏迷了三天三夜，如果不是被老百姓发现，估计也是凶多吉少。

贾亦斌苏醒后，陈毅司令员去医院看望了他，贾亦斌愧疚地说：“我没能将起义部队带到解放区……”话还没说完就被陈毅打断：“不，你已经完成了任务，你的爱国行动值得称赞。”之后，贾亦斌就留在了三野司令部，负责联络工作。

新中国成立后，贾亦斌在宋时轮的第九兵团从事对外联络，不久后奉命前往香港工作。蒋经国得知这一消息，立即指示其香港站站长王新衡，命令他务必设法除掉贾亦斌，如果能将其活捉，可以得到20万美金。

蒋经国之所以这么做，一是因为当年的嘉兴起义乃他的心头大恨，二是因为贾亦斌当年在青年军工作时和大量军官都有不错的关系，如果不除掉他，蒋经国不敢保证自己的这支嫡系部队不会再出问题。

这期间，贾亦斌经历过很多九死一生的时刻，但每次都凭借机警和一定程度的运气化险为夷，就这样他一直坚持到被组织召回上海。

87年蒋经国秘密派人和贾亦斌联系的时候，还担心贾亦斌记仇，但贾亦斌告诉对方：“统一是中华民族的大局，我会从大局出发，不会计较个人恩怨，何况经国先生对我还是恩大于怨的。”

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